최초 인도네시아 거주인은 4백만년 전 직립보행 원인 피테간트로푸스 에렉투스 (일명 자바인)인 것으로 추정되며, 그 이후 BC 3000년경 부터는 아시아 대륙에서 이주해온 몽골계 말레인이 원주민을 구축하고 인도네시아에 정착했다. BC 1000년경 부터는 이들 몽골계 말레인들은 인니 원주민 뿐아니라 인도 아리안 이주민들과도 혼인 등을 통해 자연스럽고 평화적인 방법으로 인니에서 확고한 지위를 확보했다. 1세기경 인도상인이 향료, 금속 등의 통상을 위해 왕래함으로써 힌두문화가 자연스럽게 인니에 유입되기 시작되었으며, 5세기경부터 칸타리, 쟘비 및 말라유 힌두왕국(644-689)이 번성했다. 13세기 말경 인니 역사상 최대의 힌두왕국인 마쟈파히트 왕국이 동부자바를 중심으로 출범, 전성기에는 현재 전인니 군도는 물론 말레이지아와 필리핀 남부지역까지 그 영토를 확장했다.
그러나 힌두교는 15세기 후반기에 접어들어 마쟈파히트 왕국이 왕위 쟁탈전으로 쇠퇴하게 되고 신흥 이슬람교가 세력을 확장함에 따라 점차 세력이 약해지게 되었으며,
현재 힌두문화가 지배하고 있는 유일한 지역은 발리섬이다. 불교를 신봉하는 이주민들은 7세기 후반경 힌두왕국인 말라유 왕국을 멸망시킨후 수마트라 팔렘방을 중심으로 스리위자야 불교왕국을 건설, 수마트라, 말레이반도, 자바섬까지 지배권을 확장하는 한편 중국 및 인도와의 교역을 활발히 함으로써 불교문화와 상업 및 무역의 중심국가로 번성했다. 9세기 전후 중부자바의 족자카르타에 건립된 보르부드르 불교사원은 1,000여년 동안 땅속에 묻혀있다가 100여년 전에 새로이 발굴된 세계 7대 불가사의 중의 하나인 불교유적으로 평가 받고 있다.
이슬람교는 13세기초 말라카를 중심으로 수마트라, 자바 등 해안지방에 근거를 둔 인도 및 아랍 향료상인들을 통해 유입됐다. 그 이후 15세기초 말라카 왕국이 출범, 향후 6세기 동안 말라카는 물론 북부 수마트라, 자바 등 인근 도서지역에서 가장 중요한 무역중심지로서 이슬람 전파의 주요 역할을 했다.
인도네시아의 이슬람교는 기존 힌두.불교문화 터전위에서 수세기에 걸쳐 정착되었기 때문에 중동 이슬람교와는 달리 다소 세속적인 특징을 띠고 있다. 1511년 포루투갈이 말라카제도의 향료무역을 독점하기 위해 서구열강중 가장 먼저 말라카 왕국을 점령하였으나 말라카가 지배하고 있었던 거대한 아시아 무역망은 장악치 못했다.
화란(네덜란드)은 포루투갈 세력을 말라카제도로부터 축출하고 1602년 동인도회사를 세워 향료무역의 전권을 장악하였으며, 그 이후 화란은 동인도회사를 거점으로 하여 340여년 동안 인도네시아 전역에 대한 식민 통치를 실시했다.
1942.3월 일본은 화란과 전쟁상태로 돌입, 인니 수도인 바타비아 (현 자카르타)를 점령, 3년 반동안 군정통치를 실시했다. 2차 대전이 일본의 항복으로 끝나자 45.8.17 인도네시아 공화국의 독립이 선포되고,
수카르노와 하타가 인도네시아공화국의 초대 대통령, 부통령으로 각각 취임했다. 2차 대전이 끝난 후 인도네시아는 4년간에 걸쳐 대화란 독립 무력항쟁을 계속해 오던중 49.11.2. 화란은 인도네시아의 독립을 인정하는 협정에 서명하였으며 50.9월 인니는 유엔회원국이 됐다.
수카르노 대통령의 건강상태가 급격히 악화되자 65.9.30 인도네시아 공산당(PKI)은 수카르노 사후에 예상되는 정세에 대처하기 위해 군부의 기선을 제압할 목적으로 쿠데타를 일으켰으나, 당시 수하르토 전략사령관을 중심으로 하는 군부의 신속한 진압 때문에 실패했다.
당시 수하르토 전략사령관은 66.3월 수카르노 대통령으로부터 실권을 이양 받고 67.3월 5년 임기의 대통령으로 취임한 이래 계속 연임, 32년간의 장기집권을 해오다가 98.5월 소요.폭동 사태로 인해 대통령직을 하비비 대통령에게 이양됐다.
1대: 수카르노
2대: 수하르토
3대: 바라루딘 유수프 하비비
4대: 압두라흐만 와히드
5대: 메가와띠
6대: 수실로 밤방 유도요노
7대: 수실로 밤방 유도요노
6,7대 대통령인 수실로 밤방 유도요노는 2009년에 재임에 성공해서
2014년까지 인도네시아의 대통령직을 수행합니다.
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