■ 종중소유 임야 처분시 법인세 비과세 요건인 '3년이상 고유 목적 직접 사용'

[운영자]

■ 종중소유 임야 처분시 법인세 비과세 요건인 '3년이상 고유 목적 직접 사용'

종중이 그 소유의 토지를 매매하는 등 처분을 하면 원칙적으로 법인세를 내야 하지만, 예외적으로 법인세를 내지 않아도 되는 경우가 있습니다.

법인세법 제4조 제3항 제5호, 법인세법 시행령 제3조 제2항에 의하면 종중·의료법인 같은 비영리내국법인이 고정자산을 처분해 생기는 수입은 원칙적으로 법인세 과세소득의 범위에 포함됩니다. 다만 '해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속해서 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산'의 처분으로 생기는 수입은 과세소득 범위에서 제외하는 것으로 규정하고 있기 때문입니다.

이처럼 종중 같은 비영리내국법인이 고정자산을 처분할 경우 위 법인세 비과세 요건에 해당하는지 여부에 중요한 이해관계가 걸려 있어 관련 법적 분쟁이 적잖게 발생합니다.

이에 대해 근래 의정부지법이 법인세 과세대상 여부에 대한 하나의 기준을 제시하고 있어 살펴보고자 합니다(2021년 12월16일 선고 2021구합10960 판결).

A 종중은 2018년 7월13일 양주시 소재 임야를 B에게 매도하고 양도소득세를 납부한 후, 위 법인세법에 따라 3년 이상 계속 고유목적사업에 직접 사용했다는 사유로 납부한 세금의 환급을 청구하였지만 거부되자 법원에 법인세경정거부처분취소소송을 제기했습니다.

이 사건에서 A 종중은 법인세법상 '처분일 현재 3년 이상 계속 고유목적사업에 직접 사용한 경우'의 의미가 '고정자산의 취득일로부터 양도 시까지 3년 이상 계속 고유목적사업에 사용한 것이면 된다'는 주장을 했습니다.

1953년 6월쯤 토지를 취득한 후 2000년 5월쯤 위 토지상 묘소를 이장하기 전까지 묘소의 보존 및 관리를 위한 장소로 사용해 왔고, 묘소 이장 이후에도 토지를 양도할 때까지 묘소 관리 및 보존, 시제 및 벌초 작업을 위한 주차장, 통로로 사용하고 밤 농사도 지어왔다는 점을 근거로 들었습니다.

그러나 법원은 법인세법이 "고정자산의 고유목적사용기간인 3년의 기준시점을 '처분일 현재'로 한정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 처분일을 기준으로 거꾸로 3년 이상 계속고유목적사업에 직접 사용한 자산을 처분해 생기는 수입만이 법인세의 과세소득 범위에서 제외된다고 해석함이 타당하다"라고 보았습니다.

그러면서 A 종중이 제출한 증거만으론 묘지이장 후 묘소 관리 등을 위한 사용을 하거나 밤 농사를 지었다는 사실을 인정할 수 없다. 그 주장대로 사용했다 하더라도 그것만으로는 이 사건 토지를 고유목적사업에 '직접' 사용한 것으로 볼 수는 없다는 이유로 법인세 부과처분은 적법하다고 보았습니다.

※ 참조

■ 법인세법 제4조(과세소득의 범위) 

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득
② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.
③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득
4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입
5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.
6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입
7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
④ 외국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 각 사업연도의 국내원천소득
2. 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
⑤ 제4항제1호를 적용할 때 비영리외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득은 수익사업에서 생기는 소득으로 한정한다.
[전문개정 2018.12.24 제3조에서 이동, 종전의 제4조는 삭제] [[시행일 2019.1.1]]

■ 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위)
① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. [개정 1999.12.31, 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2007.2.28, 2008.2.22, 2008.2.29 제20720호(기획재정부와 그 소속기관 직제), 2008.6.5 제20799호(평생교육법 시행령), 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.12.30, 2011.12.8 제23356호(영유아보육법 시행령), 2012.2.2, 2012.8.3 제24017호(입양특례법 시행령), 2012.8.3 제24018호(아동복지법 시행령), 2013.2.15, 2013.6.28 제24638호(부가가치세법 시행령), 2014.3.24 제25279호(금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률 시행령), 2017.5.29 제28074호(정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률 시행령), 2018.2.13, 2019.2.12, 2021.2.17, 2022.2.15, 2022.2.17 제32449호(한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률 시행령), 2023.2.28, 2024.2.29] [[시행일 2024.7.1]]
1. 축산업(축산 관련 서비스업을 포함한다) 외의 농업
2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)
2의2. 선급검사(船級檢査) 용역을 공급하는 사업
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업
가. 「유아교육법」에 따른 유치원
나. 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교
다. 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」에 따라 설립된 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다)
라. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따라 설립된 비영리법인이 운영하는 국제학교
마. 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설
4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업
가. 「사회복지사업법」 제34조에 따른 사회복지시설 중 사회복지관, 부랑인·노숙인 시설 및 결핵·한센인 시설
나. 「국민기초생활보장법」 제15조의2제1항 및 제16조제1항에 따른 중앙자활센터 및 지역자활센터
다. 「아동복지법」 제52조제1항에 따른 아동복지시설
라. 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설(노인전문병원은 제외한다)
마. 「노인장기요양보험법」 제2조제4호에 따른 장기요양기관
바. 「장애인복지법」 제58조제1항에 따른 장애인복지시설 및 같은 법 제63조제1항에 따른 장애인복지단체가 운영하는 「중증장애인생산품 우선구매 특별법」 제2조제2항에 따른 중증장애인생산품 생산시설
사. 「한부모가족지원법」 제19조제1항에 따른 한부모가족복지시설
아. 「영유아보육법」 제10조에 따른 어린이집
자. 「성매매방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제9조제1항에 따른 지원시설, 제15조제2항에 따른 자활지원센터 및 제17조제2항에 따른 성매매피해상담소
차. 「정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률」 제3조제6호 및 제7호에 따른 정신요양시설 및 정신재활시설
카. 「성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제10조제2항 및 제12조제2항에 따른 성폭력피해상담소 및 성폭력피해자보호시설
타. 「입양특례법」 제20조제1항에 따른 입양기관
파. 「가정폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제5조제2항 및 제7조제2항에 따른 가정폭력 관련 상담소 및 보호시설
하. 「다문화가족지원법」 제12조제1항에 따른 다문화가족지원센터
거. 「건강가정기본법」 제35조제1항에 따른 건강가정지원센터
5. 연금업 및 공제업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업
가. 「국민연금법」에 의한 국민연금사업
나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)
다. 「근로자퇴직급여보장법」에 따른 중소기업퇴직연금기금을 운용하는 사업
6. 사회보장보험업중 「국민건강보험법」에 의한 의료보험사업과 「산업재해보상보험법」에 의한 산업재해보상보험사업
7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역중 「부가가치세법」 제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
8. 금융 및 보험 관련서비스업중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업
가. 「예금자보호법」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원·채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업
나. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」 및 「수산업협동조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
다. 「새마을금고법」에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
라. 「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」 제43조의2에 따른 구조조정기금을 통한 부실자산 등의 인수 및 정리와 관련한 사업
마. 「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
바. 「산림조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
9. 「혈액관리법」 제6조제3항에 따라 보건복지부장관으로부터 혈액원 개설 허가를 받은 자가 행하는 혈액사업
10. 「한국주택금융공사법」에 따른 주택담보노후연금보증계정을 통하여 주택담보노후연금보증제도를 운영하는 사업(보증사업과 주택담보노후연금을 지급하는 사업에 한한다)
11. 「국민기초생활 보장법」 제2조에 따른 수급권자·차상위계층 등 기획재정부령으로 정하는 자에게 창업비 등의 용도로 대출하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖춘 사업
12. 비영리법인(사립학교의 신축·증축, 시설확충, 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 법인에 한한다)이 외국인학교의 운영자에게 학교시설을 제공하는 사업
13. 「국민체육진흥법」 제33조에 따른 대한체육회에 가맹한 경기단체 및 「태권도 진흥 및 태권도공원조성에 관한 법률」에 따른 국기원의 승단·승급·승품 심사사업
14. 「수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률」에 따른 수도권매립지관리공사가 행하는 폐기물처리와 관련한 사업
15. 「한국장학재단 설립 등에 관한 법률」에 따른 한국장학재단이 같은 법 제24조의2에 따른 학자금대출계정을 통하여 운영하는 학자금 대출사업
16. 제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제15호까지의 규정과 비슷한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업
② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제25조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. [개정 2018.2.13, 2019.2.12, 2023.7.7 제33621호(지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법 시행령)] [[시행일 2023.7.10]]
③ 법 제4조제3항제7호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 「소득세법」 제46조제1항에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제1항제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권등의 매매익을 제외한다. [개정 2002.12.30, 2005.2.19, 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.6.8, 2019.2.12]
[본조개정 2019.2.12 제2조에서 이동, 종전의 제3조는 제4조로 이동]