논문 작성에 필요한 프로그램 (SW, Web)

[Kailas]

  이 글은 공대폭포(과기인)이 2021년 12월에 작성한 글을 인문 사회과학 분야의 학습자를 대상으로 내용을 일부 수정한 것이다. 이글의 원문은 다음 사이트에 있다. 이분은 자연과학-생물학 분야 연구자로서 해당분야 논문 검색과 실험과 관련된 내용이 많이 있는데 그 줄거리는 그대로 유지하면서 인문사회과학 분야에 해당되지 않은 사항은 삭제하고 필요한 내용은 추가하여 작성하였다.

  https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=isori&id=137223

1) 문서(논문,발표문)작성: 워드, 파워포인트

2) 참고문헌 관리: 엔드노트

3) 영어 문법 교정기: Grammarly

4) 그래프 예쁘게 그리기 : 그래프패드

5) 패러플라이징 도구: Quillbot

6) 표절방지, 연구윤리: Turnitin, 카피킬러

7) 그림그리기: 포토스케이프, 포토샵

8) 번역기: 구글 번역

9) 플라스미드 편집기: ApE (DNA sequence 보는 프로그램)

1) 엔드노트 : 참고문헌을 관리해 주는 SW

EndNote는 사용자가 자신의 참조 데이터베이스를 설정하고, 문서를 관리하고, 다양한 유형의 연구 논문에 대한 참고문헌을 생성해주는 전문적 사무용 도구이다. EndNote를 사용하면 사용자가 효율적으로 프로젝트를 구축하고 관리할 수 있다.

reference를 넣고 논문(PDF)을 정리하는 프로그램으로 사용하면 좋다.
이미 다운받은 논문(PDF) 정리: File -> Import -> File 또는 Folder -> Import file에 이미 다운받은 PDF 또는 폴더 선택 -> Import option: PDF 선택 후 OK => 가지고 있는 논문의 서지사항을 (절반 이상의 확률로) 자동으로 넣어준다.
서지사항 다운: 가장 편한 것은 Pubmed이다. 구글 또는 펍메드에서 논문 검색 후에 pubmed 사이트 -> Actions “Cite” 클릭 -> Download 클릭 -> 다운 후 열기
펍메드가 아닌 각 저널의 사이트면 “Download citation”, “Export” 등의 버튼을 찾아서 다운받은 후 열면 된다. (사이트마다 다 다르다.)
서지사항 자동 PDF 다운로드: 서지사항 우클릭 후 Find full text -> (유료 구독 논문 제외하고) 자동으로 PDF를 다운해서 서지사항에 연동시켜준다. 이건 생각 이상으로 위대한... 기능이다. 써보아야 한다.
서지사항 업데이트 (처음 online 버전으로 나오고, 추후 volume, issue, page가 정해질 때 사용하면 좋은 기능이다): 서지사항 우클릭 후 Find reference update 클릭
투고할 저널에 맞춘 레퍼런스 스타일 변형: 투고 단계에서 레퍼런스 스타일을 저널에 맞게 바꿔야 할 때가 있습니다. Cell 스타일을 썼는데, 미묘하게 다른 경우가 있죠. 실험실 사람들에게 가장 많이 받는 요청 중의 하나이다. "누구야, 이것 좀 어떻게 해줘....“

(1) 스타일 다운로드:https://endnote.com/downloads/styles/
(2) 스타일 직접 미세조정: (예시: Cell 스타일에서 미세조정이 필요한 경우)
Tools -> Output style -> Edit "Cell" -> (새 창) -> 왼쪽 Bibilography -> Journal Article "Author (Year). Title. Journal Volume|(Part/Supplement)|, Pages|, Article Number|. DOI|." 여기서 미세조정 하시고 창을 닫으시면 스타일이 저장된다 -> 워드로 가셔서 서지사항 업데이트. 몇 번 시행착오를 겪으시면 어떻게 변경하시는지 알 수 있다.
본문 검색: 제가 이번 논문에 in silico라는 단어를 써보고 싶었다. 이 단어에 적합한 문장 구조나 호응하는 주어, 동사, 부사는 무엇인지 알고 싶었다. 이때 쓰는 기능이 본문 검색이다. Advanced search -> PDF -> in silico 검색. 이렇게 하면 가지고 있는 논문의 본문에서 in silico를 검색해 준다. 구글에서는 대부분 제목과 abstract까지만 찾아주는데, 이를 극복할 수 있는 꿀팁이죠. 이를 잘 써먹기 위해서라도 엔드노트에 PDF로 논문을 잘 모아두면 큰 자산이 된다.
위의 기능만 잘 사용해도 엔드노트에서 논문 검색하고, 논문 읽고, 정리할 수 있다. (일일이 폴더 만들어서 논문 PDF 정리하고 계신 분들은 반드시 엔드노트 쓰세요)

2) Grammarly:https://www.grammarly.com/office-addin

영문으로 작성된 논문의 문법을 검사하여 문법에 맞는 단어를 제시해 주는 SW

프로그램 설치-실행한 후에 워드에 연동시키세요. 유료(프리미엄)는 1년 써봤는데 크게 도움이 안 되어 무료버전을 쓰고있다. 기본적인 오타, 문법들을 다 잡아준다. 워드가 빨간 줄 그어주는 것보다 훨씬 낫다. Grammarly 자주 사용하세요. 그리고 꼭 프린트해서 종이로 보세요. 안 보이는 오탈자가 많이 보인다.

3) 그래프패드(프리즘):https://www.graphpad.com/scientific-software/prism/

유료 프로그램이고, 비싸지만, 쓰시기를 권장합니다. 개인으로 구매하시든, 실험실에서 구매해서 같이 쓰시든 꼭 쓰세요. 직관적이고, 통계 처리하기에 쉽고, 나중에 그래프 크기나 형태를 변형하실 때 매우 좋다. 저는 그래프패드 내에서 arial, 폰트크기 14, 세로 5cm로 그래프를 제작한 후, PPT로 복사하고, 개체의 크기를 50%로 합니다. 그러면 PPT에서 arial, 폰트 크기 7로 일관적이게 쓸 수 있다.

4) Quillbot:https://quillbot.com/AI

기반의 패러프레이징 사이트이다. 빈약한 어휘력으로 매번 같은 표현을 쓰는 저에겐 단비 같은 사이트이다.

5) Turnitin: 표절 검색 프로그램

영어 논문에서 본인이 참고한 논문이 무엇인지 적나라하게 잘 알려준다. 표절을 정의하기는 어렵습니다만, 문제의 소지가 있다면 패러프레이징하시길 권장합니다. 유료이다만 학교 도서관에서 아이디를 구매했을 확률이 높다. 학교 도서관 홈페이지나 문의하여 사용이 가능한지 여부를 확인해보세요.

6) 카피킬러(copy killer): https://www.copykiller.com/

대학, 연구기관, 공공기간, 대기업 등 총 3,025개 기관에서 카피킬러를 사용하고 있다. 1,000만 명 이상의 사용자들이 논문, 리포트/보고서, 자기소개서 제출 전에 카피킬러로 최종 점검을 하고 있다.

7) 포토스케이프: http://photoscape.co.kr/ps/main/download.php

사진을 활용할 때 그림을 수정, 편집하는 앱인데 무료이다.

8) 포토샵: Photoshop: Adobe사에서 만든 그림을 수정, 편집하는 탁월한 기능의 앱, 단 겨격이 비쌈.

9) 구글 번역: https://translate.google.co.kr/?hl=ko
다들 잘 쓰고 계실텐데, 팁을 드리면 한글로 완전한 문장을 쓰시는 것이 좋습니다. 당연하지만, 번역된 영어는 다듬으셔야 합니다. 아래에 써놓은 어휘들을 참고해주세요.

10) ApE:https://jorgensen.biology.utah.edu/wayned/ape/
클로닝 하시거나 qRT-PCR primer 짜시는 분들은 쓰면 좋은 프로그램이다. 제한효소 리스트, ORF 찾아주기 등을 쉽게 할 수 있습니다. NCBI나 AddGene에서 'GenBank' 파일을 제공하는데, 이걸 열어서 볼 수 있는 프로그램이다.

11) 데이터 그림 정리 : PPT(Powerpoint)
- 파일 -> 옵션 -> 고급 -> 파일 이미지 압축 안 함 체크
- 디자인 -> 슬라이드 크기 -> 사용자 지정 -> 슬라이드 크기: A4 (세로).
- Arial, 글씨크기 10 (데이터가 많으면 8, 더 많으면 7).
- 쏠쏠한 단축키: Ctrl + Shift + 좌클릭 => 개체복사 기능인데 같은 자리에서 복사된다. 파워포인트 위에 쓴 label을 복사할 때 이보다 좋은 것은 없습니다 (써보시면 무슨 말인지 압니다).
- 상하좌우 0.5cm 정도 여백을 주면 그림을 보기가 더 편합니다. 18 cm x 24 cm 크기의 직사각형을 한가운데에 그려놓고 그 밖을 넘어가지 않게 데이터를 배치하시면 된다.

12) 통계 처리 : 그래프패드, 대체품으로는 SPSS, Origin, R 등이 있다. 엑셀은 좀 곤란하다.
2개 비교: Student t-test
3개 이상 비교: One-way ANOVA
2개 조건에서 실험 (예: genotype x diet): Two-way ANOVA
같은 개체를 여러 번 측정 (예: 몸무게, 키): Repeated measure ANOVA
데이터가 엄청 많음: Heatmap
두 변수 상관 분석: X-Y 그래프 그린 후 pearson correlation

13) 핸드폰 앱

핸드폰앱 중에서도 유용한 앱이 많이 있다.

(1) 음성으로 문서 입력하기 : 네이버의 클로버노트(무료), 에버노트,

(2) 책이나 기타 텍스트를 pc에 입력하기 : 텍스트 스캐너(어러 종류가 있다)로 문서 추출하여 pc로 이동하여 워드에 입력한다.

(3) 그 외에도 분야별 유용한 앱이 많이 있다.

14) 문서작성(논문 및 발표문)
(1) 워드프로세서 : 대표적으로 MS word와 아래한글(ᄒᆞᆫ글)이 있는데 국내에서는 아래한글을 많이 쓰고 있으며 외국의 전문지에 투고할 경우에는 MS Word로 편집하는 것이 유리하다. 또한 아래한글은 자체적인 문장교정 기능이 있으며, MS Word는 grammery 프로그램과 연동하여 단어와 문장을 교정할 수 있도록 되어있다.

(2) 엑셀: 구글에 vlookup 함수 검색하면 사용 방법이 나오는데 배워두면 두고두고 쓸 일이 있을 것이다.
(3) 파워포인트: 논문의 예비심사나 본심사시 논문내용을 발표할 때 사용하면 편리하다. 또한 그림파일을 ppt에 정리하여 사용할수도 있다. 사용법이 워드의 기능과 거의 비슷하다. 정렬 기능을 자주 사용하고 Ctrl + Shift + 좌클릭 많이 쓰면 편리하다.

(4) pdf문서에서 텍스트 추출하기: 구글드라이브(https://drive.google.com/)에 파일을 드래그하여 올리고 해당문서를 마우스 우측버튼 클릭하여 연결앱메뉴가 나오면 구글문서로 선택하면 pdf문서를 텍스트를 추출해준다.

15) 기타 학문의 분야별 필요로 하는 앱
사회과학 분야는 통계처리, 자연과학 분야는 실험 관련 등등 학문의 분야별 특성에 따른 앱이 추가로 필요하다.