국토부는 민간사업자에게 노선을 자율적으로 맡겼다는 입장이다. 국토부 관계자는 "정부는 지하화를 검토한 것이 맞다"면서도 "시설사업본계획(RFP) 고시를 할 때 노선을 강요하지 않고 민간사업자에게 자율로 맡겼다"고 답했다. 이어 "(민간사업자가) 지하철 1호선과 4호선의 교량이 지상인 점을 고려해 수평 환승을 할 수 있게 "환승편익"에 포커스를 맞춰 제안했다"고 설명했다.
또 지역주민들은 기존 노선에서 발생하는 피해에 대한 개선책이 없는 상황에서 GTX 노선이 추가된다고 토로한다. 노선이 추가되면 소음과 분진 등이 늘어나 일상생활에 지장이 있다고 주장했다.