연말정산결과 추가징수세액이 근로소득을 초과하는 경우 징수방법

[박정규 세무사]

연말정산결과 추가징수세액이 근로소득을 초과하는 경우 징수방법

주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 합산하여 연말정산 할 때 징수하여야 할 소득세가 지급할 근로소득의 금액을 초과하는 경우에는 「소득세법」 제139조에 따라 근로소득을 지급할 때 이월하여 징수하는 것임

【문서번호】서면법규-580, 2014.06.10

【질의】

(사실관계)

o 당해 대학교에서 근무하는 의과대학의 교수의 경우 대학교(주된 근무지)와 대학교병원(종된 근무지)에서 급여를 지급받고 있으며, 대학교에서 매년 근로소득을 합산하여 연말정산하고 있음.

* 종된 근무지의 급여가 주된 근무지의 급여보다 훨씬 많음

o 연말정산결과 근로소득 합산에 따른 추가징수세액이 과도하게 발생하여「소득세법」 제139조(징수 부족액의 이월징수)에 따라 2월 급여와 3월 급여에서 이월하여 징수하였으나 추가징수세액이 전부 징수되지 않고 남아있는 상황임.

- 이 경우 추가징수세액을 다음 달의 근로소득에서 계속하여 이월하여 징수가 가능한 지 규정이 명확하지 않음.

(질의내용)

o 근무지가 2 이상인 근로자가 근로소득을 합산하여 연말정산하면서 징수하여야 할 소득세가 지급할 근로소득의 금액을 초과하는 경우

- 계속하여 그 다음 달(2월, 3월, 4월…)의 근로소득을 지급할 때에 징수할 수 있는 지 여부

【회신】

주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 합산하여 연말정산 할 때 징수하여야 할 소득세가 지급할 근로소득의 금액을 초과하는 경우에는「소득세법」 제139조에 따라 근로소득을 지급할 때 이월하여 징수하는 것임.

【관련 법령】

o 소득세법 제85조【징수와 환급】

③ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에「국세기본법」 제47조의5제1항에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는「국세기본법」 제47조의5제1항에 따른 가산세액만을 징수한다.

1. 납세의무자가 신고ㆍ납부한 과세표준금액에 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액이 이미 산입된 경우

2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과ㆍ징수하는 경우

o 소득세법 제127조【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

4. 근로소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

가. 외국기관 또는 우리나라에 주둔하는 국제연합군(미군은 제외한다)으로부터 받는 근로소득

나. 국외에 있는 비거주자 또는 외국법인(국내지점 또는 국내영업소는 제외한다)으로부터 받는 근로소득. 다만, 제120조 제1항 및 제2항에 따른 비거주자의 국내사업장과「법인세법」 제94조 제1항 및 제2항에 따른 외국법인의 국내사업장의 국내원천소득금액을 계산할 때 필요경비 또는 손금으로 계상되는 소득은 제외한다.

o 소득세법 제128조【원천징수세액의 납부】

① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 상시고용인원 수 및 업종 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 원천징수의무자는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 원천징수세액 외의 원천징수세액을 그 징수일이 속하는 반기(半期)의 마지막 달의 다음 달 10일까지 납부할 수 있다.

1.「법인세법」 제67조에 따라 처분된 상여ㆍ배당 및 기타소득에 대한 원천징수세액

2.「국제조세조정에 관한 법률」 제9조 및 제14조에 따라 처분된 배당소득에 대한 원천징수세액

3. 제156의5제1항 및 제2항에 따른 원천징수세액

o 소득세법 제134조【근로소득에 대한 원천징수시기 및 방법】

① 원천징수의무자가 매월분의 근로소득을 지급할 때에는 근로소득 간이세액표에 따라 소득세를 원천징수한다.

② 원천징수의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 제137조, 제137조의2 또는 제138조에 따라 소득세를 원천징수하며, 제1호의 경우 다음 연도 2월분의 근로소득에 대해서는 제1항에서 규정하는 바에 따라 소득세를 원천징수한다.

1. 해당 과세기간의 다음 연도 2월분 근로소득을 지급할 때(2월분의 근로소득을 2월 말일까지 지급하지 아니하거나 2월분의 근로소득이 없는 경우에는 2월 말일로 한다. 이하 같다)

2. 퇴직자가 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때

o 소득세법 제137조의2【2인 이상으로부터 근로소득을 받는 사람에 대한 근로소득세액의 연말정산】

① 2인 이상으로부터 근로소득을 받는 사람(일용근로자는 제외한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 근무지와 종된 근무지를 정하고 종된 근무지의 원천징수의무자로부터 제143조 제2항에 따른 근로소득 원천징수영수증을 발급받아 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득을 받기 전에 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하는 경우 주된 근무지의 원천징수의무자는 주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 더한 금액에 대하여 제137조에 따라 소득세를 원천징수한다.

② 제1항에 따라 근로소득 원천징수영수증을 발급하는 종된 근무지의 원천징수의무자는 해당 근무지에서 지급하는 해당 과세기간의 근로소득금액에 기본세율을 적용하여 계산한 종합소득산출세액에서 제134조 제1항에 따라 원천징수한 세액을 공제한 금액을 원천징수한다.

o 소득세법 제139조【징수 부족액의 이월징수】

제137조, 제137조의2 또는 제138조에 따른 원천징수를 하는 경우 징수하여야 할 소득세가 지급할 근로소득의 금액을 초과할 경우(그 다음 달에 지급할 근로소득이 없는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 세액은 그 다음 달의 근로소득을 지급할 때에 징수한다.

o 소득세법 시행령 제197조【재취직자에 대한 근로소득세액의 연말정산】

① 해당 과세기간의 중도에 퇴직한 근로소득자가 다른 근무지에 새로 취직한 때에는 그 새로운 근무지의 원천징수의무자는 해당 근로소득자로부터 전 근무지의 근로소득원천징수영수증과 근로소득원천징수부의 사본을 제출받아 전 근무지의 근로소득을 합계한 금액에 대하여 제196조를 준용하여 연말정산을 한다.