현재 마이크로바이옴 분석은 실제로 존재하지 않는 종을 잘못 감지할 수 있습니다.

[아름이]

현재 마이크로바이옴 분석은 실제로 존재하지 않는 종을 잘못 감지할 수 있습니다.
모의 미생물 군집에 대한 연구는 불완전한 DNA 데이터베이스로 인해 분석에 결함이 있음을 보여줍니다.
날짜:
2023년 2월 8일
원천:
플로스
요약:
새로운 연구에 따르면, 마이크로바이옴(microbiome)이라고 불리는 미생물 군집에서 DNA를 분석하는 일반적인 접근 방식은 잘못된 결과를 산출할 수 있으며, 이는 주로 미생물 DNA 서열을 식별하는 데 사용되는 불완전한 데이터베이스로 인해 발생합니다.

전체 이야기
마이크로바이옴(microbiome)이라고 하는 미생물 군집에서 DNA를 분석하는 일반적인 접근 방식은 미생물 DNA 서열을 식별하는 데 사용되는 불완전한 데이터베이스로 인해 잘못된 결과를 산출할 수 있습니다. Sequentia Biotech SL의 Aiese Cigliano와 Centro de Investigaciones Biologicas Margarita Salas의 Clemente Fernandez Arias 및 Federica Bertocchini가 이끄는 팀은 2월 8일 오픈 액세스 저널 PLOS ONE 에 발표된 논문에서 이러한 발견을 보고합니다.

마이크로바이옴은 최근 수십 년 동안 집중적인 연구 노력의 초점이었습니다. 이러한 연구는 인간의 장을 검사하여 비만 및 자폐증과 같은 상태를 이해하려는 시도부터 환경 공동체를 연구하여 독성 화합물을 분해하거나 바이오 연료를 생성하는 미생물을 찾는 것까지 다양합니다. 미생물 군집 연구에 가장 일반적으로 사용되는 방법은 생물학적 샘플에서 얻은 DNA를 게놈 데이터뱅크의 서열과 비교하는 것입니다. 따라서 연구자들은 이미 데이터베이스에 있는 DNA 서열만 식별할 수 있습니다. 이는 예상치 못한 방식으로 마이크로바이옴 데이터의 신뢰성을 심각하게 손상시킬 수 있다는 사실입니다.

현재 마이크로바이옴 분석 방법의 일관성을 테스트하기 위해 연구원들은 컴퓨터 시뮬레이션을 사용하여 실제 박테리아 개체군을 모방하는 가상 마이크로바이옴 커뮤니티를 만들었습니다. 그들은 표준 기술을 사용하여 가상 커뮤니티를 분석하고 그 결과를 원래 구성과 비교했습니다. 실험은 DNA 분석의 결과가 군집의 실제 구성과 거의 유사하지 않을 수 있으며 분석에 의해 "발견된" 많은 종들이 군집에 실제로 존재하지 않는다는 것을 보여주었습니다.

이 연구는 처음으로 현재 미생물 군집을 식별하는 데 사용되는 기술에 심각한 결함이 있음을 보여줍니다. 연구원들은 미생물로부터 게놈 정보를 수집하고 미생물 분석의 정확성을 향상시키기 위해 공개 데이터베이스에서 해당 정보를 사용할 수 있도록 하기 위한 노력이 증가할 필요가 있다고 결론지었습니다. 한편, 마이크로바이옴 연구의 결과는 특히 해당 환경에서 사용 가능한 게놈 정보가 여전히 부족한 경우 주의해서 해석해야 합니다.

저자는 “이번 연구를 통해 현재의 데이터베이스 한계와 유전체 정보 활용 방식에 따른 메타게놈 분석의 내재적 제약을 밝혔다. 데이터에 매우 신중하게 접근해야 합니다."

출처 : https://www.sciencedaily.com/