LEED는 가장 잘 알려진 친환경 인증 시스템이나 아직 많은 논란의 대상이 되고 있다. 최근 프랭크 개리는 LEED의 중요성과 효용가치에 대한 비판을 하였으며, 이와 같은 논란은 지속되고 있다. 다른 논란으로 LEED 인증을 받는 것에 따른 비용의 문제이다. 이와 같은 비용과 이득의 문제를 명확히 하기 위하여 BuildingGreen.com은 이 문제를 다룬 보고서를 만들었다. 이 보고서에서는 LEED 인증과 관련된 비용을 4가지로 구분하였다. 이들 비용을 1. 등록비, 2. 문서 작성에 따른 시간과 노력에 따른 비용, 3. 연구, 디자인과 자문 및 모델링에 따른 비용, 4. 시공에 따른 비용으로 구분하였다. 자문에 따른 비용의 결과 에너지 사용을 20% 줄일 수 있다면, 이는 평방피트 당 $0.50-$1.00 정도이며, 이는 가치 있는 결론을 내리고 있다. 또한 자문의 문제는 LEED 인증의 경우가 아니더라도 받아야 하는 과정이기도 하다.
시공비는 건물을 소유하고 운영하는 비용의 일부이다. 운영과 유지관리는 건물의 생애주기 동안 많은 비용을 필요로 한다. 친환경 건축물의 경우 에너지 효율적 장비와 단열 등이 나중에 운영비에서 보상을 받게 된다