허임은 광해군의 침 치료에 차출되어 정성껏 치료하여 광해군의 신임을 얻지만 유진하는 점점 더 허임을 미워한다. 유인하는 송하연을 첩으로 삼으려고 회유하지만 하연과 허임의 연정은 더욱 깊어간다.
임진왜란이 발발하여 선조는 개성, 평양을 거쳐 의주로 피난가고 광해군은 세자로 책봉되어 관군과 의병을 격려하기 위해 남쪽으로 내려가면서 허임은 광해군의 전담의로 따라가며 정주 부호 양우경 등 지역 유지와 어려운 백성들을 치료한다. 허임은 잠시 광해군 진영을 이탈하여 나주의 어머니를 뵈러 가지만 어머니는 국사에 매진하라고 꾸짖는다. 허임은 광해군 진영으로 돌아가면서 전쟁의 폐해를 목격하고 괴로워한다. 광해군 진영에서 이항복을 치료하면서 이항복은 허임에게 마음에 항상 여유를 가져라고 충고한다. 허임은 광해군의 침과 뜸 치료를 유진하의 아버지 유후익이 보고 감탄한다. 허임은 광해군의 명에 의해 6개월 동안 군사들을 치료하기 위해 전라도로 내려가면서 병든 환자들을 진료한다. 구례에서 왜적의 잔당들에게 체포되어 죽음 일보직전에 의병들에게 구출되기도 하고 의령에서 왜군에게 체포되지만 제주도에 마의로 있을 때 왜군 첩자로 활동하던 전하성을 만나 구사 일생으로 탈출하여 동막개를 만난다.