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사법부에서 가지고 있는 검찰의 불기소에 대한 견제 제도이긴 하지만 인용율이 1% 내외이기 때문에 불기소에 대한 견제역할을 감당해야 할 재정신청이 형해화 되고 유명무실해지는 것 아니냐는 고소인들의 비판이 잦다. 이러한 비판은 단순 일반인인 고소인 뿐만 아니라 법조계 내에서도 상당히 많은 편이다.
하지만 법원은 검찰의 판단을 전면 부정하는 것이기 때문에 검찰의 독립성을 법원이 훼손한다고 비판을 받을 여지가 있어 보수적으로 판단할 수밖에 없다고 한다. 또한 형사재판은 엄연히 국가 형별권의 행사가 목적이므로 고소인들의 재정신청을 과도하게 인용할 경우에는 피의자(피고인)으로 하여금 부당하게 사법비용을 부담하게 하는 문제도 존재할 수 있으므로 사법부의 입장에선 이를 신중하게 판단해야 한다. 사실 기소할만 한 건은 수사과정에서 검사가 불기소를 안하고 당연히 기소를 할 것이고, 설사 기소할만 한 건을 불기소를 했다더라도 검찰항고를 인용하기 때문에 재정신청까지 가서 인용되는 경우는 극히 드믈 수 밖에 없고 고소(고발)인들이 무턱대고 검사의 불기소처분에 반발해 항고나 재정신청을 남발하는 경우도 왕왕 있어 안 그래도 낮은 인용율이 더 낮아지는 것도 있다. 고소인, 고발인들은 무조건 피의자는 범죄자라고 확신하고 굉장히 억울해 하는 경우가 많기 때문이다.
4. 기타
재정신청에 대한 인용 내지는 기각 결정 역시 법원의 결정에 해당하므로 재정신청인이 재정신청에 대해서 불복하는 경우에는 결정등본을 송달받고 7일 내에 대법원에 재항고할 수 있다[3]. 검사는 재정신청인용(심판회부)결정엔 불복 할 수 없다.
재정신청은 어디까지 유무죄를 가리는 게 아닌 검사의 불기소처분에 관한 적정성을 다투는 것이므로 재정신청이 인용되어 형사재판까지 가더라도 무죄가 얼마든지 나올 수 있다.
검찰항고와는 달리 재정신청의 경우 재정신청의 전부 내지는 일부를 인용해 심판에 부하는 재정신청인용(심판회부) 결정과 재정신청기각(재정신청각하) 결정만 있으며 재정신청에 대해서 법관이 다시 수사하라거나 공소제기하라곤 하지 못한다. 이러한 이유는 재수사하라거나 공소제기하라는 명령은 행정부(검찰청)의 처분에 대한 사법부의 월권행위가 될 수 있기 때문이다.
고소인만이 재정신청을 할 수 있다고 규정되어 있어 원칙적으로 고발인은 검사의 항고기각(각하) 결정에 대해 고등법원에 재정신청을 하는 게 아닌 대검찰청에 재항고를 해야 한다. 단, 고발인이어도 형법 제123조 내지는 제126조의 범죄(직무유기, 직권남용권리행사방해, 직권남용체포, 직권남용감금, 독직폭행, 독직가혹행위, 피의사실공표)에 대해서나 공직선거법위반에 대해선 재정신청을 할 수 있다. 역으로 재정신청을 할 수 있는 고소인이나 일부 범죄에 대한 고발인이 재항고를 하는 것 역시 불가능하다.
항고는 원처분청에, 재항고는 항고기각결정을 한 고등검찰청에 직접 제출해야 하지만, 재정신청은 고등법원에 직접하는 게 아닌 원처분청에 해야 하고, 원처분청은 이를 불기소 사건기록과 같이 상급청(고검)을 경유해 그에 대응되는 고등법원에 접수해야 한다. 간혹 이를 잘 몰라 고등법원이나 고등검찰청에 접수하다 반려되어 재정신청기간을 도과하는 사례도 왕왕 있다.
피의자가 자신의 불기소처분에 대한 당부를 다투기 위해선 재정신청이나 검찰항고가 아닌 헌법소원을 내야 한다. 실무상 검사의 부당 기소유예 처분에 대하여 헌법소원을 하여 인용되는 사례[4]가 상당건 있으며 헌법소원이 인용되면 검사는 피의자에 대한 기소유예처분을 재기수사하여 불기소처분이나 공소제기를 해야 한다.
재정신청은 공소시효의 진행을 정지시키는 효력이 있다.
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