국제선과 국내선 모두 필리핀항공을 이용하는 사람은 국제선이 도착한 센테니얼공항내에 국내선청사도 함께 있기 때문에 공항청사를 옮길 필요가 없이 같은 청사내에서 국내선을 바꿔 탈 수가 있지만 필리핀항공외의 모든 항공편을 이용한 사람들은 국내선을 이용하려면(세부퍼시픽 또는 경비행기) 국제선공항(NAIA1)에서 약 1.5Km 떨어진 마닐라 국내선공항(Manila Domestic Airport)청사로 옮겨가서 타야 한다.
세부퍼시픽의 경우에는 국제선청사에서 국내선 청사까지 무료셔틀버스를 운행하고 있지만 운행횟수가 자주 있지 않아서 시간을 가늠하기가 어렵다. 따라서 대부분은 쿠폰택시를 타고서 국내선공항으로 이동하게 된다.
국내선공항청사에는 반드시 항공권을 소지해야만 들어갈 수가 있는 바 항공권을 미리 티켓팅하지 않은 사람은 공항청사 왼쪽에 있는 티켓오피스에서 티켓팅을 한 다음에 공항청사로 들어가야 한다.
공항청사 입구에 들어 서면 먼저 X레이검색을 거쳐서 탑승수속장에 들어가게 되는데 그곳에서 탑승수속(짐을 붙이고 좌석표를 받음)을 한 다음에 공항이용료 납부창구에서 공항이용료 200페소를 내고 다시 한번 X레이검색대를 통과한 다음에 비행기를 탑승하게 된다.
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