치료방법은 증상, 요석의 구성성분, 크기, 위치와 요류장애 및 요로감염 여부 등에 따라 달라집니다.
1) 대기요법
요석의 크기가 5mm이하로 작고, 증상이 경미하며, 요석에 의한 이차적인 합병증이 없고, 요로에 이상이 없는 경우에 자연배출을 유도하기 위해 하루에 2.5리터 이상의 수분 섭취를 하는 대기 요법을 할 수 있습니다. 대기요법 기간 동안 통증의 예방을 위해 진통제를 복용하기도 합니다. 특히 임산부의 경우는 요관 부위에 부목(관)을 삽입하여 통증 조절, 감압, 자연 배출 등을 기대하면서 출산 때까지 기다리는 것이 보통입니다. 자연배출은 대부분 증상 시작 후 6주 이내에 일어납니다.
2) 체외충격파쇄석술
체외충격파쇄석술은 수술 조작 없이 몸 밖에서 충격파를 발사하여 결석을 잘게 분쇄하여 자연 배출이 되도록 유도하는 치료법입니다. 입원하지 않고 시술할 수 있다는 장점이 있습니다. 요로폐색, 출혈 경향이 있는 환자, 임산부, 가임기 여성 등에서는 금기이거나 시행 여부를 신중하게 결정해야 합니다. 쇄석술 후에는 분쇄된 요석은 대개 2주 이내에 자연적으로 배출되며 3개월 후 시술의 성공 여부를 판정합니다. 결석이 크거나 단단하면 반복하여 시술하기도 합니다.
그 외 요관내시경수술, 신장내시경수술, 드물지만 복강경수술이나 개복수술 등을 하기도 합니다. 또한 감염이나 폐색 없이도 배출되지 않고 신장 기능을 저하시키는 경우가 있습니다. 따라서, 증상이 없더라도 결석 배출 여부에 대한 평가를 주기적으로 받아야 합니다. 필요한 경우에는 신장 기능의 보존을 위하여 요관부목을 삽입하기도 합니다. 만약 결석이 자연적으로 빠져 나오지 않거나, 빠져 나올 가능성이 많지 않은 경우에는 적극적으로 요석을 제거하는 치료를 하게 됩니다.