공익법인과 법인세(Ⅱ)

[박정규 세무사]

공익법인과 법인세(Ⅱ)

상증법상 공익법인은 법인세법상 비영리법인에 해당되며, 비영리법인은 수익사업에서 생긴 소득에 대하여만 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세된다.
본고에서는 국세청이 발간한 ‘공익법인과 세무안내’의 내용 중 공익사업의 개념 및 수익사업이 있는 공익법인의 법인세 신고ㆍ납부에 대하여 2회에 걸쳐 살펴보도록 한다.

2014-07-28 오전 7:45:00

(국세청)

<목 차>

Ⅰ. 공익법인의 개요

1. 공익법인의 개념

2. 공익사업의 종류

3. 공익법인과 비영리법인의 구분

Ⅱ. 수익사업이 있는 공익법인의 법인세 신고ㆍ납부

1. 수익사업의 범위

2. 수익사업과 고유목적사업의 구분경리

3. 고유목적사업준비금 손금산입

4. 이자소득에 대한 법인세 신고 특례

5. 수익사업 개시 신고

상증법상 공익법인은 법인세법상 비영리법인에 해당되며, 비영리법인은 수익사업에서 생긴 소득에 대하여만 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세된다.

본고에서는 국세청이 발간한 ‘공익법인과 세무안내’의 내용 중 공익사업의 개념 및 수익사업이 있는 공익법인의 법인세 신고ㆍ납부에 대하여 2회에 걸쳐 살펴보도록 한다.

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수익사업이 있는 공익법인의 법인세 신고ㆍ납부

수익사업과 고유목적사업의 구분경리(법인세법 제113조, 법인규칙 제75조, 제76조)

비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분 기록하여야 한다.

비영리법인이 수익사업과 고유목적사업을 겸영하는 경우에는 자산과 부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 고유목적사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(1) 자산ㆍ부채의 구분경리

자산 및 부채는 구분경리의 대상이 되는 수익사업과 고유목적사업별로 각각 구분하여 기장하여야 하며, 수익사업의 자산 및 부채라 함은 수익사업의 수익을 획득하기 위하여 사용되는 자산과 수익을 발생시키는 원천에 직ㆍ간접적으로 관련하여 발생하는 부채를 말한다.

그러나, 수익사업과 고유목적사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

(2) 손익의 구분경리

① 개별손익금

- 수익사업과 고유목적사업별로 그 발생원천이 분명한 개별손익금은 그 원천별로 귀속시켜 각각 독립된 계정과목으로 구분기장한다.

② 공통손익금

- 수익 또는 비용을 구분경리함에 있어 그 구분이 불분명한 공통손익금은 다음 기준에 의하여 구분계산한다.

◇ 공통익금

- 수익사업과 고유목적사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분 계산

◇ 공통손금

- 수익사업과 고유목적사업의 업종이 동일한 경우：수입금액 또는 매출액으로 안분계산

- 수익사업과 고유목적사업의 업종이 다른 경우：개별 손금액에 비례하여 안분계산

☞ 수개의 업종을 겸영하고 있는 법인의 공통손익은 먼저 업종별로 안분계산하고 다음에 동일업종내의 공통손익을 안분계산 한다(법통칙 113-156…5).

☞ 수익사업과 비영리사업을 겸영하는 경우 종업원에 대한 급여 상당액(복리후생비, 퇴직금 및 퇴직급여충당금전입액을 포함)은 근로의 제공내용을 기준으로 구분한다. 이 경우 근로의 제공이 주로 수익사업에 관련된 것인 때에는 이를 수익사업의 비용으로 하고, 근로의 제공이 주로 비영리사업에 관련된 것인 때에는 비영리사업에 속한 비용으로 한다(법통칙 113-156…1).

(3) 수익사업의 자본금

- 비영리법인은 영리법인과 달리 자본금이라는 개념이 별도로 있지는 않지만, 세무조정 등에 필요하므로 다음 산식에 의하여 자본금을 산정한다.

수익사업의 자본금

= 수익사업 자산합계액 - 수익사업 부채(충당금 포함)합계액

(4) 수익사업과 고유목적사업간의 자본원입(법인규칙 제76조 제3항 제4항)

① 고유목적사업용 자산을 수익사업에 전입하는 경우

- 비영리법인이 고유목적사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입하는 경우 그 자산가액(시가)은 자본의 원입으로 함.

- 이 경우 시가가 불분명한 경우의 시가는 법인세법 시행령 제89조 제2항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다(법통칙 113-156…2).

② 수익사업용 자산을 고유목적사업에 전입하는 경우

- 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금 포함)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 처리함.

※ 관련 예규판례

(1) 수익사업과 비수익사업을 겸영하는 경우 종업원에 대한 급여는 근로의 제공내용을 기준으로 구분하는 것임(법인-553, 2009. 5. 12.).

(2) 비영리내국법인은 수익사업과 기타사업을 구분경리하여야 함.

비영리내국법인이 수익사업과 수익사업이 아닌 기타사업을 겸영하는 경우 「법인세법」 제113조에 의해 수익사업에 속하는 자산과 수익사업이 아닌 기타사업에 속하는 자산을 구분하여 경리하여야 하는 것임(법인-526, 2009. 5. 4.).

(3) 수익사업에 사용하던 자산을 사회복지사업에 전출하는 경우

사회복지법인이 수익사업에 사용하던 자산을 사회복지사업에 전출하는 경우 당해 자산의 시가상당액을 기준으로 법인세법 기본통칙 113-156…3 제2항에 따라 상계처리하는 것임(서면2팀-1376, ’06. 7. 20.).

(4) 공통 사용 자산의 처분손익은 수익사업에 해당함.

수익사업과 기타의 사업에 공통으로 사용되는 자산의 처분으로 인하여 생기는 손익은 수익사업의 개별손익으로 하는 것임(서면2팀-867, 2007. 5. 8.).

고유목적사업준비금 손금산입(법인세법 제29조)

비영리법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정한 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입한다.

- 손금산입 한도

이자소득금액, 배당소득 등 × 100%

기타의 수익사업에서 발생한 소득 × 50%(또는 80%)

조세특례제한법상 특례(100%, 80%)

- 고유목적사업이란 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법시행령 제2조 제1항의 수익사업 외의 사업을 말한다(법령 제56조 제5항).

(1) 고유목적사업준비금의 손금산입

비영리내국법인이 각 사업연도에 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하는 경우에는 손금산입한도액 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입함(법인세법 제29조 제1항).

<비영리법인별 고유목적사업준비금 및 지정기부금의 회계처리>

구분		고유목적사업 준비금	고유목적사업비 지출액의 회계처리
1. 법인격이 있는 민법상 비영리법인 등		설정 가능	고유목적사업준비금의 사용액으로 처리
2. 법인으로 보는 단체	(1) 지정기부금대상단체, 법령상 설치된 기금
	(2) 공동주택의 입주자대표회의 또는 자치관리기구
	(3) 기타단체	설정대상 제외	지정기부금으로 처리

※ 설정제외법인

① 조세특례제한법 제72조 제1항의 규정에 의하여 당기순이익과세를 적용 받는 조합법인과 청산 중에 있는 비영리내국법인은 법 제29조의 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없다(법통칙 29-56…1).

② 과세표준신고 특례적용 소득만 있는 비영리내국법인

법인세법 제62조의 규정에 의한 과세표준 신고특례를 적용받는 이자소득만 있는 비영리내국법인으로서 당해 규정에 의하여 분리과세방법으로 납세의무를 종결하는 비영리내국법인 (법인46012-1004, 2000. 4. 22.)

③ 법인세법 또는 조세특례제한법에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제 제외)을 적용받는 비영리법인(고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 제외)(법령 제56조 제8항)

④ 법인세법 제1조에도 불구하고 2013. 12. 31. 이전에 끝나는 사업연도까지 비영리내국법인으로 보는 도시 및 주거환경정비법 제18조에 따라 설립된 정비사업조합(조특법 제104조의 7 제2항)

※ 지정기부금으로 처리시 손금산입한도

- 지정기부금단체가 아닌 법인으로 보는 단체가 수익사업에서 생긴 소득을 고유목적사업비로 지출하는 금액은 지정기부금으로 손금산입 가능함(법령 제36조 제2항).

- 손금산입 한도액(법인세법 제24조 제1항)

=｛수익사업의 당해 사업연도 소득금액(기부금을 손금산입하기 전의 소득 금액) - 법정기부금 - 이월결손금｝× 10%

☞ 2011. 7. 1. 이전 지출한 조특법상 기부금도 차감하여 한도계산

(2) 고유목적사업준비금 설정대상소득(법인세법 제29조 제1항)

1) 법인세법상 준비금 설정대상 소득

① 다음의 소득에 대해서는 전액(100%)을 고유목적사업준비금으로 설정

ⅰ) 소득세법 제16조 제1항의 이자소득의 금액

- 비영업대금의 이익 제외(50% 적용대상)

- 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 금융보험업을 영위하는 법인에게 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득 포함

- 한국주택금융공사법에 따른 주택금융신용보증기금이 보증료 수입을 운영함에 따라 발생하는 이자소득금액 포함

- 법령 제2조 제1항 제 5호 나목의 규정에 의한 연금 및 공제업 법인의 채권투자 등 금융자산 운용소득 포함

ⅱ) 소득세법 제17조 제1항의 배당소득의 금액

다만, 상증법 제16조 및 제48조에 의해 상속ㆍ증여세가 과세되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득은 제외

ⅲ) 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 회원 및 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

② 기타의 수익사업에서 발생한 소득에 대해서는 그 소득에 50%를 곱하여 산출한 금액의 범위 내에서 고유목적사업준비금을 설정할 수 있음

다만, 공익법인의 설립 및 운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 50% 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 소득의 80% 범위 내에서 설정가능

2) 조세특례제한법상 준비금 설정대상금액(조특법 제74조, 제121조의23)

① 다음의 법인에 대하여는 2014. 12. 31. 이전에 끝나는 사업연도까지 해당 법인의 수익사업에서 발생한 소득금액 전액(100%)을 고유목적사업준비금으로 손금 산입

ⅰ) 학교법인, 산학협력단, 평생교육법에 의한 원격대학을 운영하는 비영리법인

ⅱ) 국립대학법인 서울대학교 및 발전기금, 울산과학기술대학교, 국립대학법인 인천대학교 및 발전기금

ⅲ) 사회복지법인

ⅳ) 국립대학교병원, 국립대학치과병원, 서울대학교병원, 서울대학교치과병원, 국립암센타, 지방의료원, 대한적십자병원, 국립중앙의료원

ⅴ) 해당 법률에 따라 등록한 도서관ㆍ박물관ㆍ미술관을 운영하는 법인

ⅵ) 지방문화원, 예술의전당, 기획재정부 고시 제2001-11호(국립발레단, 국립오페라단, 국립합창단, 정동극장, 서울예술단, 코리안심포니오케스트라)

ⅶ) 국제행사 조직위원회

ⅷ) 공익법인 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 해당 과세연도의 고유목적사업이나 지정기부금에 대한 지출액 중 80% 이상을 장학금으로 지출한 법인

② 농협중앙회ㆍ수협중앙회ㆍ산림중앙회의 이자ㆍ배당소득(100%), 명칭 사용료(70%～100%), 그 외 수익사업소득(50%)(조특법 제121조의 23)

(3) 고유목적사업준비금의 세무조정(원칙: 결산조정, 외감법인 신고조정 가능)

o고유목적사업준비금은 원칙적으로 결산서에 비용으로 계상한 경우에 한하여 손금에 산입되는 것이나(법인세법 제29조 제1항),

- 외부회계감사를 받는 비영리내국법인의 경우에는 신고조정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있음(법인세법 제61조 제1항).

o 신고조정의 경우에는 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액을 손금으로 계상한 것으로 보는 것임(법인세법 제61조 제1항).

- 손금산입한 준비금에 상당한 금액을 적립하지 않거나 해당 준비금의 익금산입시 익금산입액보다 적립금을 초과하여 처분하는 경우에는 미달적립금 또는 초과처분액을 해당 준비금을 손금 계상한 사업연도에 손금불산입함.

- 다만, 손금산입한 사업연도에 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가적립하여야 함(법인세법 통칙 61-98…1).

1) 고유목적사업준비금의 전입

결산조정	신고조정
고유목적사업준비금전입액 1,000(비용계정) / 고유목적사업준비금 1,000(고정부채 계상)	미처분이익잉여금 1,000 / 고유목적사업준비금 1,000(준비금 적립, 잉여금 계정)
[세무조정] 한도액 계산하여 한도초과액 손금불산입(유보)	[세무조정] 한도액까지 손금산입(△유보)

2) 고유목적사업준비금의 사용

결산조정	신고조정
【수익사업】 - 수익사업에서 비수익사업으로 전출 고유목적사업준비금 800(고정부채에서 차감) / 현 금 800	【수익사업】 - 수익사업에서 비수익사업으로 전출 고유목적사업준비금 800(잉여금계정에서 차감) / 현 금 800
⇒ [세무조정]없음	⇒ [세무조정] - 고유목적사업준비금 사용액 800 익금산입(유보) - 고유목적사업준비금 목적사업 전출 800 손금산입(기타)
【비수익사업】 - 수익사업에서 비수익사업으로 전입 현 금 800 / 고유목적사업준비금수입 800 - 비수익사업에서 사용 고유목적사업비 800 / 현 금 800	【비수익사업】 - 수익사업에서 비수익사업으로 전입 현 금 800 / 고유목적사업준비금수입 800 - 비수익사업에서 사용 고유목적사업비 800 / 현 금 800

※ 준비금의 사용순서 등(법인세법 제29조 제2항)

① 먼저 계상한 준비금부터 사용한 것으로 봄.

② 직전사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 고유목적사업 등에 지출한 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 봄.

3) 고유목적사업준비금의 환입

결산조정	신고조정
【수익사업】 고유목적사업준비금 200(고정부채) / 고유목적사업준비금환입 200(수익항목)	【수익사업】 고유목적사업준비금 200(잉여금 항목) / 미처분이익잉여금 200
⇒ [세무조정]없음	⇒ [세무조정] - 고유목적사업준비금 환입액 200 익금산입(유보)

고유목적사업준비금 관련 예규판례

(1) 교비회계로의 전출이 고유목적사업에 대한 지출에 해당하는지 여부

학교법인이 수익사업에 대한 각 사업연도 소득금액계산시 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계에 전출하는 경우에는 전출시점에서 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것임(법인-616, 2011. 8. 25.).

(2) 비수익자산의 고유목적사업 사용시 고유목적사업 지출 등에 해당여부

법인세법 제113조의 구분경리에 의하여 수익사업이 아닌 기타사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 지출 또는 사용하는 것은 같은 법 제29조 및 같은 법 시행령 제56조 제6항에 의한 고유목적사업의 지출 또는 사용으로 보지 않는 것임(재법인-31, 2011. 1. 14.).

(3) 의료법인이 직원 기숙사 등을 취득하기 위하여 지출한 금액

비영리법인인 의료법인이 병원건물에 해당되지 아니하는 직원 기숙사 및 연수원을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액에 해당되지 아니하는 것임(법인-1121, 2010. 11. 30.).

(4) 퇴직연금적립금에서 발생한 운용수익은 고유목적사업준비금 설정대상이 아님

비영리내국법인이 확정급여형 퇴직연금에 가입하고 퇴직연금운용사업자와 신탁계약을 체결하여 퇴직연금적립금에서 발생한 운용수익은 고유목적사업준비금 설정대상 이자ㆍ배당소득에 해당하지 아니함(법인-983, 2010. 10. 26.).

(5) 비영리법인간 일부 자산 및 부채 출연시 세무처리

의료법인이 운영하던 2개의 병원 중 1개 병원의 자산ㆍ부채를 사립학교법에 따른 사립학교법의 부속병원으로 포괄적으로 출연하는 경우 출연하는 병원과 관련된 고유목적사업준비금 및 의료발전준비금 잔액은 학교법인에 승계되지 아니함(법인-735, 2010. 8. 3.).

(6) 고유목적사업준비금을 예금으로 예치한 것은 준비금을 사용한 것이 아님

사립학교법인이 고정자산양도차익을 고유목적사업준비금에 적립 후 해당 금액을 수익용기본재산인 예금으로 예치시 고유목적사업준비금의 사용으로 볼 수 없음(법규법인2010-164, 2010. 6. 9.).

(7) 개별교회에 대한 교유목적사업준비금 손금산입 가능 여부

법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목의 비영리법인 소속단체(약칭 ‘개별교회’)에 대한 고유목적사업준비금 손금산입은 2009. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용됨(재법인-435, 2010. 6. 3.)

(8) 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받는 경우 고유목적사업준비금 손금산입 불가

비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 「법인세법」 또는 「조세특례제한법」에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외함)을 적용받는 경우에는 「법인세법」 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】규정을 적용하지 아니하는 것으로, 귀 질의와 같이 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 「조세특례제한법」 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】을 적용받는 경우에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입하지 아니하는 것임(법인세과-1317, 2009. 11. 27.).

(9) 학교법인이 연구적립금에서 발생한 이자를 기금회계로 전입한 경우 고유목적사업 지출임

「사립학교법」에 의하여 설립된 학교법인이 「사학기관 재무ㆍ회계규칙에 대한 특례규칙」 제26조에 따라 연구적립금 등을 적립하고 그 적립금에서 발생된 이자수익 등을 비영리사업회계인 기금회계로 전입한 경우에는 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것임(법인세과-24, 2010. 1. 12.).

(10) 사립학교법인의 고유목적사업준비금 사용시점

사립학교법에 의한 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 보아 법인세법 제29조 제2항의 규정을 적용하는 것임. 다만, 당해 전출의 행위가 명목뿐인 경우로서 당해 재산을 계속하여 수익사업에 사용하거나, 동 자산이 전출 후에도 수익사업과 비영리사업에 공통되는 경우에는 그 전출이 없는 것으로 보는 것임(법인46012-4050, 1999. 11. 22. 서면2팀-341, 2006. 2. 14. 서면2팀-1370, 2006. 7. 20.).

(11) 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 결산시 고유목적사업준비금을 설정하지 아니한 경우 경정청구를 통하여 과소 계상한 준비금 상당액을 손금에 산입할 수 없음(서면2팀-477, 2005. 3. 31.).

(12) 고유목적사업의 기본재산으로 편입한 경우 준비금 사용에 해당안됨

장학사업을 고유목적으로 하는 비영리내국법인이 수익사업에 사용하던 임대용 부동산의 처분으로 인하여 발생한 수입을 법인세법 제29조 제1항의 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 후 이를 다시 고유목적사업의 기본재산(수익용)으로 편입한 경우에는 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 볼수 없음(재법인46012-81, 2003. 5. 12. 서면2팀-1347, 2006. 7. 14.).

(13) 법인으로 보는 단체로 승인받은 노동조합의 준비금 설정 가능 여부

법인으로 등기된 노동조합 외에 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인 받은 노동조합은 수익사업에서 발생한 소득금액을 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 계상할 수 없는 것이나, 이 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 지출하는 금액은 지정기부금으로 보아 각 사업연도 소득금액을 계산하는 것임(법인 46012-2063, 2000. 10. 7.).

(14) 고유목적사업에 직접 사용하는 사무실의 임차보증금

비영리내국법인이 고유목적업에 직접 사용하기 위해 사무실을 임차하고 지급한 임차보증금은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액에 해당함(서면2팀-1115, 2005. 7. 18.).

(15) 수익사업용 고정자산 취득에 지출한 비용

비영리법인이 수행하는 사업이 당해 비영리법인의 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이라 하더라도 법인령 제2조 제1항에 규정된 수익 사업에 해당하는 경우에는 고정자산의 취득 등 동 수익사업을 위하여 지출하는 금액(의료법인의 의료기기 취득은 제외)은 고유목적사업에 사용한 것으로 보지 않음(서이46012-10969, 2002. 5. 7.).

(16) 고유목적사업준비금과 특례기부금의 한도액 계산시 우선순위

고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리내국법인이 특례기부금을 지출하는 경우 각각의 손금산입한도액은 각 사업연도 소득금액 계산순서에 따라 준비금한도액을 먼저 계산한 후 기부금 한도액을 계산하는 것임(서면2팀-844. 2004. 4. 22.).

(17) 수익사업에서 생긴 소득을 고유목적사업에 직접 지출한 경우

비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하지 아니하고 수익사업에서 생긴 소득을 당해 법인의 고유목적사업 등에 직접 지출한 경우에 그 금액은 고유목적사업준비금을 계상하여 지출한 것으로 본다(법인46012-2758, 1998. 9. 25. ; 서이46012-10111, 2003. 1. 16.).

(18) 이자상당가산액 계산방법

준비금을 손금에 산입한 과세연도에 동 준비금을 손금에 산입하지 아니한 것으로 하여 계산한 법인세액에서 준비금을 손금에 산입하여 계산한 법인세액을 차감하여 계산한 금액을 말하는 것임(서면2팀-592, 2006. 4. 5.).

(19) 의료법인의 의료기기 취득 위한 차입금의 상환은 준비금 사용에 포함 안됨

의료업 영위 비영리내국법인이 의료기기 등의 고정자산 취득 위해 차입한 금액을 상환하는 것은 ‘고유목적사업’에 지출 또는 사용한 금액에 해당 않음(제도46012-12671, 2001. 8. 16.).

(20) 고유목적사업준비금으로 지정기부금을 지출 시 시부인 규정은 적용하지 않음

고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 비영리내국법인이 지정기부금을 지출하는 경우 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금에서 순차로 상계해야 하며, 이 경우 지정기부금 시부인 규정은 적용하지 않는 것임(법인-1033, 2009. 9. 21.).

이자소득에 대한 법인세 신고 특례

(1) 비영리법인의 이자소득에 대한 과세표준신고특례

비영리법인의 이자소득은 다른 소득과 달리 과세표준 및 세액의 신고를 하지 아니할 수 있습니다. 이 경우 과세표준에 포함하지 아니한 이자소득(이자소득 중 일부도 가능)은 이자소득 수령시 원천징수 방법에 의해 납부한 것으로 신고의무가 종결된다. 즉, 법인세 신고납부와 원천징수방법 중 하나를 선택할 수 있다(법인세법 제62조).

과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한후신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함할 수 없다(법령 제99조 제2항).

(2) 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세 신고특례(법규칙 제82조 제2항)

이자소득만 있는 비영리법인은 고유목적사업준비금을 설정하여 법인규칙 제82조 제2항 각호에서 규정한 간이신고서식에 의하여 법인세 과세표준을 신고하여 기납부한 원천징수된 이자소득세를 전액 환급받을 수 있다.

이 경우 대차대조표, 손익계산서, 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서), 현금흐름표 등을 첨부할 필요가 없습니다.

<이자소득만 있는 비영리법인의 법인세 신고서류>

① 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세ㆍ농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서(법인규칙 별지 56호 서식)

② 고유목적사업준비금 조정명세서(법인규칙 별지 27호 서식)(갑)(을)

③ 원천납부세액명세서(법인규칙 별지 제10호 서식(갑)(을))

이자소득 관련 유권해석

(1) 이자소득에 대한 신고특례는 매사업연도마다 선택적용 가능

비영리내국법인은 이자소득의 분리과세 원천징수방법을 매사업연도마다 선택적용 가능하며, 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 않을 수 있음(서이46012-10574, 2002. 3. 21.).

(2) 신고기한내 법인세 신고를 하지 않은 경우 신고특례를 선택한 것임

비영리법인이 원천징수 이자소득에 대하여 신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 않았다면 원천징수 과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결된 것이므로, 기한 후 신고로 동 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 없음(조심2011부88, 2011. 4. 11.).

(3) 수정신고ㆍ경정청구로 신고특례 방식으로 변경할 수 없음

비영리내국법인이 법인세법 제60조의 규정에 의한 법인세 과세표준 신고시 과세표준에 산입한 이자소득에 대하여는 신고기한이 경과한 후 수정신고 또는 경정 등을 통하여 원천징수에 의한 과세방법으로 변경할 수 없음(법인-3688, 2008. 11. 28.).

(4) 비영업대금의 이익은 신고특례가 적용되지 않음

비영리내국법인의 비영업대금의 이익은 비영리내국법인의 과세표준신고 특례(법인세법 제62조)가 적용되지 아니하므로 법인세를 신고하여야 함(서면2팀-749, 2006. 5. 4.).

(5) 이자소득과 이자소득 외 수익사업이 있는 경우 첨부서류를 제출하여야 함

부동산임대소득(수익사업)과 이자소득이 있는 비영리법인은 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표 등 법인세법 제60조의 첨부서류를 작성하여 과세표준을 신고하여야 함(서면2팀-1355, 2006. 7. 19.).

수익사업 개시 신고

비영리법인이 새로 수익사업을 개시한 때에는 그 개시일부터 2월 이내에 수익사업 개시신고서(법인규칙 별지 제76호의4)와 함께 그 사업개시일 현재의 수익사업과 관련된 대차대조표 등을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다(법인세법 제110조).