세무에서 보는 비영리 사단법인

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항상 국세행정에 협조해주셔서 감사드립니다.
비영리 사단법인(고유번호증 발급)의 위탁연구용역 수행과 관련된 질문을 해오셨고, 
각각의 질문에 대하여 답변합니다.
1. 비영리법인은 정부부처에서 발주한 연구용역사업을 수행하기 위하여 사업자
등록을 하여야 하는가? 
- 국세청 등에 문의해보니 연구용역사업도 수익성이 없더라도 대가성이 인정되면 
사업자등록증을 발급받아야 한다고 들었습니다. 맞는지요? 
- 전에 얼핏 국책사업, 기금, 실비지급 등에 의한 일부 연구용역의 경우 예외가 
인정되어 고유번호증만으로도 가능하다고 들었던 것 같은데... 
답변 : 
비영리 사단법인이 정관에 명시한 고유목적사업만 수행할 경우 고유번호증 만으로도
가능합니다. 하지만 법인세법상의 수익사업에 해당되는지 여부를 판단하려면
그 사업이 법인세법 제3조에 열거된 사업에 해당되는지 여부로 판단을 해야하며,
고유목적사업 여부와는 별개의 사안입니다. 고유목적사업 이외의 수익사업을
영위할 경우 법인세법 제110조에 의하여 "비영리법인의 수익사업 개시신고서"를
관할 세무서에 제출하여야 합니다. 이때 비영리법인의 사업이 수익성 또는
초과이윤을 가지는지에 대한 여부는 고려대상이 아닙니다.
2. 만약 비영리법인이 사업자등록증을 발급받지 않고 연구용역을 수행하게 되는 
경우 어떤 처벌을 받게 되는가? 
- 관련 근거 법령 등을 구체적으로 알려주시기 바랍니다. 
- 또한, 세금을 부과 받는지... 만약 받는다면 어떤 세금을, 어떤 법령에 근거하여 
부과받는지... 
답변 :
비영리내국법인은 수익사업에 따른 법인세와 법인세법 제55조의 2에 따른 토지 등
양도소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있으며, 불이행시 가산세 포함하여
납부하셔야 합니다. 비영리내국법인이 해산한 경우에도 청산기간 중 수익사업에서
발생한 소득에 대해서는 법인세를 납부하셔야 합니다. (법인세법 기본통칙 3조)
3. 비영리법인이 수익사업을 영위하려면, 정관에 이를 명시적으로 적시하여야 하는가? 
- 민법 제40조(사단법인의 정관) 제4호에 자산에 관한 규정을 넣도록 되어 있는데, 
운영비용 등의 규정에 운영의 필요한 경비로 "기타 수입금"이 있다고 명시만 하여도
 되는지... 아니면, 수익사업을 영위함을 명시적으로 규정하여야 하는지... 
답변 : 
정관에 명시하지 않아도 됩니다. 비영리법인의 수익사업 해당여부는 법인세법
제3조의 규정에 의하여 한국표준산업분류상 사업으로서 계속적 행위로 인한 수입이
발생하는 사업을 영위하는 경우에 수익사업을 영위하는 것으로 간주합니다.
(서면2팀-1927, 2005.11.28.)
4. 비영리법인이 사업자등록증을 발급받으면 영리법인이 되는가? 만약 영리법인이 
된다면, 설립근거 규정이 민법 제32조 및 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 
법률인데, 주무관청의 설립등기를 다시 받아야 하는 것인가? 
답변 : 
법인세법상 영리법인, 비영리법인 분류여부는 법인의 설립근거법령, 법인의
고유목적사업, 법인세법 규정에 따라 종합하여 판단할 사항입니다. 단순히
설립근거법령, 외양에 따라서 결정되는 것이 아닙니다. 비영리법인이 사업자등록증을
발급받으면 영리법인이 되는 것이 아니라 수익사업의 개시 대상이 되며,
고유목적사업과 구분경리 하셔야 합니다. 만약에 영리법인인 경우 주무관청의
설립등기를 받으셔야 합니다.
5. 비영리법인이 사업자등록증을 발급받지 않고 위탁연구용역 또는 수익사업을 
영위하면 민법 제32조 및 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 법률에 위반되어 
허가가 취소되는가? 
답변 : 
비영리법인이 사업자등록증을 발급받지 않고 위탁연구용역 또는 수익사업을
영위할 경우에는 법인세법 제3조에 의하여 수익사업 여부를 판단, 과세합니다.
사단 또는 재단에 대한 허가사항은 주무관청이 하며, 관할 세무서에서 허가취소
여부를 판단하는 것은 아닙니다.

관련법령 : 법인세법제110조(비영리법인의 수익사업 개시신고), 법인세법제3조(과세소득의 범위), 법인세법제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)
작성부서 : 국세청 중부지방국세청 이천세무서 납세자보호담당관, 031-644-0215

[비영리 사단법인] 수익사업