항내 면적 4.15㎢의 무역항이며, 부산에 이은 한국 제2의 수산항이다.
여수시 남동해안의 돌출부를 이루는 자산공원을 중심으로, 북쪽 수정동 일대에는 북항이라고 하는 신항이 있으며 남서쪽 교동과 중앙동 일대에는 남항이라고 하는 구항이 있다. 여수 앞바다에는 금오도·오동도·돌산도·대경도·소경도·가장도·야도·장군도 등의 섬들이 천연의 방파제를 이루고 있으며, 항내 수심이 깊고 항만이 넓어 항구로서 훌륭한 자연적 조건을 갖추었다.
전라좌도 수군절도사영이 설치되었던 군사상 중요한 해상전략기지였으며, 일본이 대륙침략의 목적으로 광주-순천-여수로 이어지는 철도를 부설하면서 신항을 축조했다. 1931년 여수-시모노세키[下關]간에 연락선이 취항되었고, 1949년 6월 개항장이 되었다. 1990년 현재 접안시설인 안벽이 1,179m, 물량장이 1,961m, 외곽시설인 방파제가 1,698m, 파제제 407m, 호안 2,860m, 도류제 85m이다.
접안능력은 신항의 경우 6,000t급 2척과, 5,000t급 2척을 포함해 20여 척의 대·소형선박을 동시에 접안할 수 있는 시설을 갖추었고, 구항은 잔교 6기를 이용하고 있다. 연간 하역능력은 248만 5,000t이다. 입항화물은 1990년 현재 174만 7,126t으로 시멘트·무연탄·유류·비료·양곡 등이 주종을 이루며, 그중 시멘트가 79%를 차지한다. 출항화물은 244만 5,288t으로 유류·양곡·비료·시멘트 등이며, 그 가운데 유류가 95%를 차지한다.
구항은 여수시·고흥군·완도군의 해상 일대에서 어획되는 수산물의 집산 및 유통업의 중심지이며, 연안항로의 기항지이다. 반면 신항은 일반 화물을 주로 취급하고 있다. 여수항은 영남지방과 호남지방을 해상으로 연결하는 남해안의 주요항구로서 여수를 중심으로 돌산도·거문도·완도·연도·백야도·직포·조발도·목포·부산 등과의 정기항로가 개설되어 있으며, 낙도와의 보조항로로 운항된다.
제주 및 일본과도 정기항로가 있었으나, 최근에 폐쇄되었다. 구항에는 여객수송의 편리를 위한 현대식 연안여객선 터미널을 비롯해 여수수산업협동조합, 국립수산진흥원 여수지원, 여수수산연구소 등이 있으며, 신항에는 해운항만청·검역소·세관·출입국관리사무소 등이 있다. 여수항 연근해 일대의 주요어획물은 쥐치·정어리·멸치를 비롯하여 갈치·도미·전어·고등어·조개·문어 등이며, 일대의 간석지에서 키조개·피조개·굴 같은 조개류와 미역을 양식한다. 따라서 여수에는 어류를 이용한 제빙·냉동·조선·어망제조 등의 수산업 관련 제조업이 발달했다. 여수항은 한려수도와 뱃길로 이어지며, 동백나무숲과 시누대(신이대)숲이 우거진 오동도를 비롯해 돌산도·금오도·남해도 등에 연결되는 관광항구이기도 하다.