이 책은 과학자이며 인도주의자인 나가이 다카시의 전기이다. 나가이 다카시는 의사인 아버지의 영향으로 의과대학에 진학한다. 부모로부터 신도(神道)를 물려 받았지만 그는 과학적 이성주의의 영향으로 조상대대로 믿던 신도(神道) 신앙을 버리고 무신론자가 된다. 갑작스런 어머니의 죽음으로 비과학적으로 생각한 종교에 눈뜨게 되고, 인생의 의미를 찾게 된다. 특히 그 시기에 읽게 된 파스칼의「팡세」는 그리스도교로 입문하기위한 도화선이 되고, 중국과의 전쟁에 소집 당한 그는 하느님을 찾는 데 없어서는 안 될 귀중한 체험을 한다.
군 복무를 마치고 나가사키로 돌아온 그는 영적인 갈망을 더 이상 미룰 수 없어 영세를 받고, 삶의 동반자로 일본 교회사의 250년 산 증인의 딸 미도리와 결혼한다. 그러나 의사로서 학생들에게 방사선학을 가르치고, 그 당시 많았던 결핵 환자를 치료하기 위해 과다한 노출로 방사선과 씨름했던 13년의 세월은 나가이 다카시에게 백혈병이라는 시한부 인생을 선고한다. 이를 계기로 아내를 통해 하느님의 영광을 위한 것이라면 삶도 죽음도 아름다운 것임을 깨닫게 된다. 1945년 8월 9일 미군에 의해 발사된 원자폭탄이 나가사키에 떨어지고, 순식간에 한 도시는 잿더미로 변한다. 20만 인구 중 80%가 죽었고, 사랑하는 아내의 목숨도 앗아갔다. 그는 자신도 원폭 피해자면서 의료진과 남은 사람들을 하나로 모아 이웃사랑을 실천하며 신앙인으로서 모범적인 삶을 산다.
또한 원자폭탄의 영향으로 죽어가는 수 많은 희생자들을 치료하면서 얻게 된 경험과 관찰을 토대로 쓴 의학보고서는 세계 최초의 과학적인 글로 나가사키와 히로시마에서 죽어가는 희생자들의 치료에 도움을 준다. 뿐만 아니라 신앙인의 관점으로 나가사키를 제2차 세계대전과 연루된 모든 민족의 죄악을 보속하기 위한 '희생제물'로 보고 남은 생애를 집필에 전념한다. 이 책은 일본교회사와 문화를 이해할 수 있도록 도와주고, 평화를 추구한 한 인간의 고뇌와 원폭의 결과가 인류사에 미친 영향을 한 눈에 보게 해 준다.