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암 종양의 게놈 시퀀싱은 종종 사람이 앓고 있는 암의 유형과 그에 대한 최상의 치료법을 식별하는 데 사용됩니다.
암 유전체학이 사용된 지 몇 년이 지났지만 과학자들은 유전체 정보를 사용하여 암을 분류하고 분류하는 가장 좋은 방법에 대해 여전히 배우고 있습니다.
지금까지 거의 주목받지 못한 영역 중 하나는 특정 유전자를 둘러싼 암 게놈의 메틸화 상태입니다.메틸화신뢰할 수 있는 출처유전자 발현 여부에 영향을 미칠 수 있는 유전자 내 기본 분자의 메틸기의 존재 또는 부재를 나타냅니다. 이러한 유전적 발현의 조절을 후성유전학(epigenetics)이라고 합니다.
특정 유전자의 발현 수준은 또한 CNV(카피 수 변이체) 에 의해 영향을 받을 수 있습니다 . CNV는 DNA의 일부 섹션이 반복되기 때문에 발생하며 DNA의 결실 또는 복제로 인해 반복 횟수가 개인마다 다릅니다.
이로 인해 일부 사람들은 특정 DNA 서열의 많은 사본을 갖게 되지만 다른 사람들은 훨씬 적습니다. 개인 간의 이러한 변화는 정상일 수도 있고 무해할 수도 있지만 질병을 뒷받침할 수도 있습니다.
수막종(meningioma)이라고 불리는 일종의 뇌암은 서로 다른 종양의 게놈 사이에서 발생하는 CNV의 다양성으로 알려져 있습니다. CNV는 또한 유전자 발현에 추가로 영향을 미치는 메틸화에 영향을 미칠 수 있습니다.
일리노이주 에반스턴에 있는 노스웨스턴 대학의 연구원들의 연구에서 과학자들은 수막종 게놈의 메틸화 수준과 다양한 CNV의 반복 횟수를 모두 조사하기로 결정했습니다. 그들은 성장과 복구를 제어하는 것으로 알려진 암 게놈에 특정 유전자를 포함시켜 이것이 결과에 대한 통찰력을 제공하는지 확인했습니다.
연구 결과는 저널에 게재자연 유전학신뢰할 수 있는 출처.
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암 종양 게놈 프로파일링
연구자들은 5~6년 동안 추적 관찰한 2개의 환자 집단에서 채취한 565개 종양의 게놈 데이터를 사용하여 암 게놈의 DNA 메틸화를 프로파일링했습니다. 그런 다음 그들은 게놈의 특정 지점에서 DNA 반복의 존재와 함께 이것을 분석하고 종양에 존재하는 RNA를 조사하여 어떤 유전자가 발현되고 발현되지 않았는지 결정했습니다.
그들은 특정 유전자 내의 반복 수를 보는 것만으로는 환자의 결과를 정확하게 예측할 수 없지만 메틸화 수준과 함께 유전자의 반복 수를 보면 세 가지 다른 등급의 종양이 밝혀짐을 발견했습니다.
코호트의 종양 중 3분의 1 이상이 "멀린 손상되지 않은" 수막종으로 지정되었으며, 여기서 환자는 최상의 결과를 얻었습니다. 이 종양은 멀린이라는 단백질을 코딩하는 유전자의 비정상적인 반복 횟수를 포함하지 않았습니다.종양억제제 역할을 한다신뢰할 수 있는 출처. 또한 이 유전자 주변에 정상적인 메틸화가 있어 정상적으로 발현될 수 있었습니다.
반대로, 38%는 환자가 중간 결과를 보인 면역 강화 수막종이 있었습니다. 이 종양은 멀린을 코딩하는 유전자의 손실과 메틸화로 인한 다른 종양 억제 유전자의 하향 조절을 특징으로 합니다.
이를 통해 면역 체계의 정상적인 반응을 극복할 수 있었습니다.
추가로 28%는 환자가 멀린을 코딩하는 유전자의 반복이 더 적을 뿐만 아니라 성장을 증가시키거나 종양 억제를 감소시키는 다수의 다른 유전자 반복을 갖고 있는 과다분열성 수막종을 가지고 있었습니다.
그들은 또한 세포 성장을 촉진하는 것으로 알려진 유전자의 증가된 발현을 허용하는 메틸화를 가지고 있었습니다. 이 환자들은 가장 불리한 결과를 보였습니다.
뇌종양에서 유방암 치료제 테스트
이 정보를 사용하여 연구자들은 이미 유방암에 사용되는 항암제인 아베마시클립(abemacilib)이라는 약물을 쥐의 세포주의 종양 세포, 오르가노이드 및 이종이식편에 테스트했습니다.
이러한 실험의 결과에 따르면 이 약물은 면역 강화 종양이나 세포분열 과다 종양이 있는 것으로 확인된 개인을 치료하는 데 사용할 수 있습니다.
이전 연구에서는 수막종을 안정적으로 치료할 수 있는 약물을 식별하는 데 실패했지만 바이오마커의 식별은 특정 치료의 혜택을 받을 수 있는 환자를 식별하는 데 도움이 될 수 있다고 수석 연구 저자 인 Dr. Stephen Magill 이 말했습니다 .
Magill 박사는 Northwestern University Feinberg School of Medicine의 신경 외과 조교수입니다. 그는 Medical News Today 와의 인터뷰에서 다음과 같이 말했습니다. .”
"따라서 우리는 이를 바이오마커로 사용하여 임상 시험에 참여할 사람을 계층화할 수 있습니다."
연구 에 참여하지 않은 이스라엘 텔아비브 대학의 Sackler 의과대학의 암 연구원인 Noam Shomron 교수는 Medical News Today 에 다음과 같이 말했습니다.
"나는 그것이 매우 포괄적이고 분자 및 임상 발견과 구조적 변이와
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