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BEYOND REASON
아플라톡신을 분비하는 곰팡이균은 아스퍼길루스 플라부스...
가장 흔한 곰팡이균은 아스퍼길루스 퍼미가투스...
아스페르길루스증(aspergillosis)은
Aspergillosis의 진단은 다양한 방법으로 이루어진다. 임상 검체에서 배양되면 대부분 형태학적으로
본 연구의 목적은 임상검체에서 분리된
2008년 1월부터 2012년 12월까지 서울 소재의 대형병원 미생물검사실에 의뢰된 98,697개의 임상검체를 대상으로 중복 의뢰로 분리된 균주를 제외한 51,462건의 배양검사에서 분리된 4,984건의 진균의 종류와 분리빈도를 분석한 자료에서
Number of fungus culture of clinical specimen in a single institution
Specimen | Number | No growth (%) | Growth (%) |
---|---|---|---|
Total specimen | 98,697 | 91,523 (92.7) | 7,174 (7.3) |
Except repeat specimen | 51,462 | 46,479 (90.3) | 4,984 (9.7) |
Results of fungus culture from clinical specimen in a single institution
Growth No. | Yeast | Dermatophytes | Other Mold | ||
---|---|---|---|---|---|
4,984 | 3,396 | 857 | 475 | 242 | 14 |
68.1% | 17.2% | 9.5% | 4.9% | 0.3% |
진균배양을 위한 검체는 병실에서 검체를 채취하여 검사실로 의뢰되면 Sabouraud dextrose agar (Hanil Komed Co., Korea)에 접종하여 30°C에서 3일간 배양하고 검체에 따라 무균검체는 실온(23~26°C)에서 3주간 배양하였고, 오염된 비뇨생식기, 호흡기, 그리고 소화기 검체는 실온에서 10일간 배양하였다. 피부과에서 의뢰하는 검체는 피부과 처치실에서 채취하여 바로 MYCO-B agar (SDA with chloramphenicol and cycloheximide, Hanil Komed Co., Korea)에 접종하여 검사실로 보내오면 실온에서 3주 동안 배양하였다.
배양된 사상균의 형태학적인 동정은 증식 속도와 색깔, 그리고 형태 등을 관찰하고 충분히 자란 것으로 확인되면 스카치테이프를 이용하여 도말 슬라이드를 만들어 lactopheol cotton blue (LPCB) 로 염색하여 광학현미경으로 균사와 분생자(conidia)의 모양과 배열의 특성으로 동정하였고. 일부 형태학적 구분이 어려운 균종은 슬라이드 배양을 추가로 시행하여 형태학적 동정을 시행하였다.
분자유전학적 동정은 형태학적으로 동정이 불가능하거나 형태학적으로 유사하여 동정이 까다로운 균주를 대상으로 종(species) 수준까지 동정을 sequencing 방법으로 시행하였다. DNA 분리는 자동핵산 추출기 MagNA pure LC 1.0 (Roche Diagnostics Corp,. Japan)를 이용하여 충분히 성장한 진균의 집락을 phosphate buffered saline (PBS) 완충액에 충분한 량을 풀어서 MagNA pure LC total nucleic acid isolation kit에서 제공하는 bacterial lysis 완충액과 proteinase K를 균 희석액과 혼합한 후 65°C에서 10분간 반응시키고, 95°C에서 10분간 끓인 후 식혀주었다. 전 처리된 검체는 magnetic-bead technology 원리를 이용한 MagNA pure LC 1.0 장비로 chatropic salt를 포함하는 buffer에 반응시켜 lysing 시킨 후, magnetic glass particles (MGPS) 표면에 DNA를 부착시키고 세척 과정을 거쳐 이물질이 제거된 순수 DNA를 분리하였다.
PCR은 thermal cycler model 9700 (Applied Biosystems Inc,.)를 이용하였고, 증폭된 산물의 염기서열 분석은 BigDye terminator cycle sequencing ready reaction kit (Applied Biosystems Inc.)와 API Prism 3100 genetic analyzer (Applied Biosystems Inc.)을 이용하였다. 증폭을 위한 표적부위로 ITS, D1/D2, β-tubulin을 선택하였으며, 시발체의 염기서열은 CLSI 가이드라인 MM18-A를 참조하였다. 염기서열 상동성 분석을 위한 데이터베이스로는 GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)를 이용하여 퍼센트 일치도를 산출하였다.
연구 대상 기간 동안 진균배양으로 의뢰된 98,697건의 배양검사에서 7,174건(7.3%)의 검체에서 진균이 배양되었고, 한 환자에서 의뢰된 중복 검체를 제외하면 4,984건(9.7%)의 환자에서 진균이 배양되었다. 진균이 배양된 4,984건을 분석한 결과 효모균 3,396건(68.1%), 피부사상균 857건(17.2%),
형태학적으로 속(genus)과 종(species)의 동정이 가능한 균종은
Result of 475
Name | Number | Rate |
---|---|---|
257 | 54.1% | |
101 | 21.3% | |
43 | 9.1% | |
29 | 6.1% | |
2 | 0.4% | |
1 | 0.2% | |
42 | 8.8% |
Morphology of
형태학적으로 동정된 결과를 기준으로 동정이 불가능한 진균, 형태학적으로 유사하여 동정이 까다로운 균주, 종(species) 수준까지 동정이 요구되는 진균을 대상으로 염기서열분석을 시행하였다(Table 4).
Phenotypic and Sequence-based molecular analysis data for 11 isolates
Specimen | Microscopic Morphological ID | Sequencing analysis | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Scequencing ID | ITS | D1D2 | β-tubulin | |||||
Accession No. | Identity | Accession No. | Identity | Accession No. | Identity | |||
Transtracheal aspi | JQ763433.1 | 531/542 (98%) | ||||||
Bronchial washing | JX231005.1 | 402/402 (100%) | JX174044.1 | 308/308 (100%) | ||||
Bronchial washing | JX231009.1 | 430/430 (100%) | ||||||
Sputum | JX174044.1 | 410/411 (99%) | ||||||
Sputum | JX232279.1 | 558/562 (99%) | HQ285593.1 | 496/512 (97%) | ||||
Sputum | HQ392478.1 | 414/415 (99%) | ||||||
EndoTracheal | JN943567.1 | 361/361 (100%) | JX174044.1 | 324/324 (100%) | ||||
Discharge, ear | EF567982.1 | 451/454 (99%) | ||||||
Fingernail | JX401544.1 | 450/450 (100%) | HE820800.1 | 450/450 (100%) | ||||
Tissue | AJ937750.1 | 584/584 (100%) | AJ937751.1 | 597/597 (100%) | ||||
Skin Swab | GU594759.1 | 384/384 (100%) | AB243111.1 | 469/470 (99%) |
임상 검체에서 진균이 배양되면 대부분 형태학적으로
본 연구에서
형태학적인 동정에서 가장 흔하게 분리되는
진균의 분자 유전학적 동정은 대개 PCR을 기반으로 제한절편길이다양성(RFLP), 교잡법(hybridization), 염기서열 분석(sequencing) 등이 사용되고 있으며, 이 중에서 염기서열분석법이 gold standard로 받아들여지고 있다[8,18]. 본 연구에서 시행한 염기서열분석에서는 증폭을 위한 표적부위로 ITS, D1D2, 그리고 β-tubulin을 선택하여 형태학적으로 종수준의 동정이 불가능했던
임상검사실에서 진균의 정확 동정은
이 논문은 2015학년도 세명대학교 교내학술연구비 지원에 의해 수행된 연구임.
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