농어촌특별세 환급방법

[주황규팀장]

농어촌특별세 환급방법	| 답변일자 : 2010-12-24
● 질문
수고가 많으십니다. 저희 법인이 2009년도에 설비투자를 하여 임시투자세액공제를 적용받고 세액공제분에 대하여 농어촌특별세를 납부하였습니다. 그런데 당기중 임시투자세액공제를 적용받은 설비를 부득이하게 처분하게 되어 2010년 법인세신고시 추가납부세액 및 이자가산세를 납부하여야 합니다. 이와 관련하여 당초 납부하였던 농어촌특별세는 농어촌특별세법 제12조에 따라 환급받을 수 있는데, 질의1. 당 사업연도 법인세신고시 농어촌특별세 환급분에 대하여 같이 신고를 해야하는지, 아니면 농어촌특별세 환급분에 대하여 따로 경정청구를 해야하는지가 명확하지 않습니다. 질의2. 만약 당 사업연도 법인세신고시 같이 신고를 해야 한다면 어떤서식을 어떻게 작성하여야 하는지, 또는 경정청구를 해야한다면 어떤 식으로 해야하는지 궁금합니다. 유사 인터넷상담사례를 살펴봐도 답변들이 일관되지 않은 것도 있고 명확하지 않아서 질문을 드립니다. 명쾌한 답변 부탁드립니다.
● 답변
귀 질의의 경우 질의와 같은 사항에 대한 농특세 환급절차 등에 대한 기 회신사례는 없으나, 아래의 질의회신사례와 같이 조세특례제한법 제146조의 규정에 의하여 공제감면세액을 추징하고 관련 농어촌특별세를 환급하는 경우 환급방법은 본세의 환급의 예에 의하는 것이며, 또한 농어촌 특별세법 제12조에서 " 농어촌특별세의 과오납금등(감면을 받은 세액을 추징함에 따라 발생하는 환급금을 포함한다)에 대한 환급은 본세의 환급의 예에 의한다."로 규정하고 있으므로 당초 추가납부사유가 발생한 사업연도의 법인세 신고시 법인세법 시행규칙 별지 제2호의 서식에 따라 환급 또는 충당신청하여야 할 것으로 판단됩니다. 아래에 관련 질의회신사례를 붙여 드리니 참고하시기 바랍니다. (서면2팀-2434,2004.11.24.) 【제목】 조특법 제146조의 규정에 따라 기공제ㆍ감면분에 대한 추징세액에 이자상당가산액을 가산하여 납부하는 세액은 납부하는 사업연도의 본세에 해당하는 것이므로 농어촌특별세의 환급도 본세를 납부하는 사업연도를 기준으로 결정 또는 경정하여야 하는 것임 【질의】 질의법인은 2002사업연도에 조세특례제한법 제26조에 의한 임시투자세액공제를 적용 받고 당해 감면세액에 대하여 농어촌특별세법 제5조 제1항의 규정에 따라 농어촌특별세를 납부하였음. 그 후 2003사업연도에 조세특례제한법 제146조의 규정에 의한 추징사유가 발생하여 2003사업연도에 대한 법인세 과세표준및세액조정계산서의 감면추가액 란에 해당세액을 신고하였으며 2003사업연도가 결손으로 인하여 원천세액 기납부액의 환급과 조정이 되었으며, 관련 농어촌특별세는 별도의 서식으로 환급신고를 하였음. 이 경우 농어촌특별세의 환급결정을 발생한 사업연도를 기준으로 경정 또는 결정하여야 하는지, 아니면 신고한 사업연도를 기준으로 하여야 하는지. 【회신】 조세특례제한법 제146조의 규정에 의하여 공제감면세액을 추징하고 관련 농어촌특별세를 환급하는 경우 환급방법은 본세의 환급의 예에 의하는 것이며, 이 경우 당초 공제감면 받은 세액에 이자상당가산액을 가산하여 납부하는 세액은 납부하는 사업연도의 본세에 해당하는 것이므로 농어촌특별세의 환급도 본세를 납부하는 사업연도를 기준으로 결정 또는 경정하여야 하는 것임. 2. 그리고 고객님께서 과다납부한 농어촌특별세에 대하여는 관할세무서에서 과다납부한 다음날부터 기납부한 양도소득 세액에 대한 환급시 국세기본법 제52조 제1호의 규정을 적용하여 납부일의 다음날부터 국세환급가산금을 계산하여 환급하여드리게됩니다. [참고사항] ○ 국세기본법 제52조 【국세환급가산금】 세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 이 경우 제1호를 적용할 때에는 세법에 따른 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 해당 세목의 법정신고기한 만료일에 납부된 것으로 본다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금 : 그 국세 납부일. 다만, 그 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우에는 그 마지막 납부일로 하되, 국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세의 각 납부일로 한다. (2010. 1. 1. 개정)

제43조의 3 [ 국세환급가산금 ]

① 법 제52조에서 “대통령령으로 정하는 국세환급금가산금 기산일”이란 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음 날로 한다.(2012.02.02 신설)

1. 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금: 국세 납부일. 다만, 그 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우에는 그 마지막 납부일로 하되, 국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세의 각 납부일로 하며, 세법에 따른 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 해당 세목의 법정신고기한 만료일에 납부된 것으로 본다.(2012.02.02 신설)

2. 적법하게 납부된 국세의 감면으로 발생한 국세환급금 : 감면 결정일(2012.02.02 신설)

3. 적법하게 납부된 후 법률이 개정되어 발생한 국세환급금 : 개정된 법률의 시행일(2012.02.02 신설)

4. 「소득세법」ㆍ「법인세법」ㆍ「부가가치세법」ㆍ「개별소비세법」ㆍ「주세법」 또는 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」에 따른 환급세액을 신고 또는 잘못 신고함에 따른 경정으로 인하여 환급하는 경우: 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일전인 경우에는 해당 법정신고기일)부터 30일이 지난 날. 다만, 환급세액을 신고하지 아니함에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급할 때에는 해당 결정일부터 30일이 지난 날로 한다.(2012.02.02 신설)

5. 법 제45조의2 제4항에 따른 경정청구에 의하여 원천징수의무자가 연말정산 또는 원천징수하여 납부한 세액을 원천징수의무자 또는 원천징수대상자에게 환급하는 경우 : 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한부터 30일이 지난 날(2012.02.02 신설)

② 법 제52조에서 “대통령령으로 정하는 이자율”이란 시중은행의 1년 만기 정기예금 평균 수신금리를 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율을 말한다.(2012.02.02 신설)

원천징수 환급세액 발생하여 원천징수의무자가 환급신청하는 경우 국세환급가산금의 기산일은 원천징수세액환급신청서를 제출받는 날부터 30일이 경과한 날의 다음날부터 기산하여 환급가산금의 이자율은 연 4%(2012.3.1 이후)을 적용하여 환급가산금을 추가로 지급하는 것입니다.

[관련예규]

재조세-1493, 2007.12.31

원천징수 환급세액 발생시 다른 원천징수세액에 충당 후 잔액만 납부하는 방식으로 조정하되, 원천징수의무자가 환급신청하는 경우 국세환급가산금의 기산일은 원천징수세액환급신청서를 제출받는 날부터 30일이 경과한 때의 익일임

[관련조문]

국세기본법 시행령 제43조의 3 【국세환급가산금】

① 법 제52조에서 “대통령령으로 정하는 국세환급금가산금 기산일”이란 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음 날로 한다. (2012. 2. 2. 신설)

5. 법 제45조의 2 제4항에 따른 경정청구에 의하여 원천징수의무자가 연말정산 또는 원천징수하여 납부한 세액을 원천징수의무자 또는 원천징수대상자에게 환급하는 경우: 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한부터 30일이 지난 날 (2012. 2. 2. 신설)

국세기본법 시행규칙 제19조의 3 【국세환급가산금의 이율】

영 제43조의 3 제2항에서 “기획재정부령으로 정하는 이자율”이란 연 1천분의 40을 말한다. (2012. 2. 28. 신설)

구 국세기본법 시행규칙 제13조의 2 【국세환급가산금의 이율】 (2011.04.11. 기획재정부령205)

영 제30조 제2항에서 “기획재정부령으로 정하는 이자율”이란 연 1천분의 37을 말한다. (2011. 4. 11. 개정)

◎ 국세환급가산금 결정시 적용할 이자율

적 용 기 간	이자율	고시번호
2012.03.01 이후	연 4.0%	국세기본법시행규칙 제19조의3
2011.4.11~2011.02.29	연 3.7%	국세기본법시행규칙 제13조의2
2010.4.1~2011.04.10	11.8/100,000(연 4.3%)	기획재정부고시제2010-5호, 2010.04.01
2009.05.01~2010.03.31	9.3/100,000(연 3.4%)	기획재정부고시 제2009-6호, 2009.05.01
2007.10.15 ∼ 2009.04.30	13.7/100,000(연 5.0%)	국세청고시 제2007-10호, 2007.10.15
2006.05.01∼ 2007.10.14	11.5/100,000(연 4.2%)	국세청고시 제2006-10호, 2006.05.01
2004.10.15 ∼ 2006.04.30	10/100,000(연 3.65%)	국세청고시 제2004-28호, 2004.10.15
2003.04.02 ∼ 2004.10.14	12/100,000(연 4.38%)	국세청고시 제2003-10호, 2003.04.02
2002.04.06 ∼ 2003.04.01	13/100,000(연 4.75%)	국세청고시 제2002-15호, 2002.04.03
2001.04.01 ∼ 2002.04.05	16/100,000(연 5.8%)	국세청고시 제2001-11호, 2001.03.31

법인세 수정신고 추가납부로 인한 농어촌특별세 환급방법 2012.11.22

1.사실관계<구체적으로 기재>
2007년귀속~2011년도 법인세 수정신고를 하게 됐습니다.
2010년귀속은 법인세 수정신고로 인해 법인세추가납부세액이 발생하고, 농어촌특별세는 환급받게 되었습니다. 환급받을 농어촌 특별세는 기존에 납부했던 전체금액 9,938,639원입니다.


2.질의사항
기존 법인세 추가납부세액에 농어촌특별세 환급액을 충당하고자 합니다.
법인세 시행규칙 [별지 제2호서식] 농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서를 작성하는지요?
만약작성시
16번 국세환급금충당신청
가. 환급법인세 나.충당할 농어촌특별세
위 가. 나. 중 어떤란에 금액을 기재하는지요?

• 안녕하십니까?
• 국세행정에 대한 관심과 협조에 감사드립니다.

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[법인세 분야]

1. 2010년귀속은 법인세 수정신고로 인해 법인세추가납부세액이 발생하고, 농어촌특별세는 환급받게 되어 기존 법인세 추가납부세액에 농어촌특별세 환급액을 충당하고자 하는 경우 법인세 시행규칙 [별지 제2호서식] 농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서 서식 작성 방법(파일첨부)으로 보아 농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서 작성 대상에 해당하지 아니할 것으로 보입니다.

2. 법인세 시행규칙 [별지 제2호서식] 농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서 16번란은 신고분 법인세가 환급에 해당하는 법인으로서 법인세분 농어촌특별세를 납부하여야 하는 경우 해당 환급금 중 농어촌특별세에 충당하려는 금액을 적는 것입니다.

[국세기본법 분야]

농어촌특별세의 환급액을 법인세 수정신고로 인한 자진납부금액에 충당하고자 하는 경우에는 국세기본법 제51조 제2항에 따라 관할세무서장에게 국세환급금충당동의서[별지 제19호의2 서식]를 작성하여 제출하시면 될 것으로 판단됩니다.

[참고조문]

국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】
② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(「국세징수법」 제14조에 따른 납기전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다. (2010. 1. 1. 개정)
1. 납세고지에 의하여 납부하는 국세 (2010. 1. 1. 개정)
2. 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비(다른 세무서에 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 포함한다) (2010. 12. 27. 개정)
3. 세법에 따라 자진납부하는 국세 (2010. 1. 1. 개정)

국세기본법 기본통칙 51-0…17 【국세환급금의 충당시기】
세무서장은 국세환급금을 결정한 후에는 법 제51조 제2항의 규정에 의하여 국세 등에 충당할 수 있으나, 영 제33조 규정에 의하여 국세환급금의 환급결정을 하고 이를 한국은행에 통지한 후에는 납세자가 국세의 충당에 동의하거나 체납된 국세가 있더라도 그 환급금으로 충당할 수 없다. (2004. 2. 19. 개정)

• 오늘도 좋은 하루 되시길 바라며, 늘 행복이 충만하시길 기원합니다.감사합니다

농어촌특별세법 제7조

국세기본법 제51조