임대료 연체 시 부가세신고?

[하늘]

안녕하세요. 편의점운영중입니다.
임대료를 4.5.6월분 연체중입니다.
부가세 신고기간이라 세금계산서를 띠어달라하니 임대인이 월세를 밀려서 안해주겠다고 합니다. 보증금 5000입니다. 보증금이라는게 그럴경우대비해서 임대인이 받는거 아닌가요? 어짜피 계약종료시 다 공제 하고 줄건데 임차인은 그대로 부가세 환불을 못받게 되는건지요?

[하늘]

답변감사합니다.