제38회 정기총회(2008년 11월 25일 전북 삼례동부교회)는 87개 노회 662명이 참석한 가운데 북전주노회 삼례동부교회 남상훈 장로를 회장으로 선출하다.
총회장 최병남 목사가 설교하다(엘리야의 믿음, 왕상18:30-40).
남한나 집사 특송하다. 격려사 증경회장 정동원 장로, 축사는 한국장로회총연합회 대표회장 하태초 장로, 총회 총무 이치우 목사, 기독신문 사장 김원래 장로, 호남지역장로회연합회 회장 최병철 장로 환영사하다. 총회장 공로패는 회장 박계윤 장로가 받다. 회장 공로패는 부회장 남상훈 장로, 천충길 장로, 전갑성 장로, 이용화 장로, 정동현 장로, 장광수 장로, 정상권 장로, 김재은 장로가 받다. 총무 조재근 장로, 서기 권정식 장로, 회록서기 서병호 장로, 회계 이호영 장로, 감사 이명준 장로가 받다. 해외선교위원회 위원장 고석진 장로, 민족복음화위원회 위원장 정병섭 장로, 회관건립추진위원회 위원장 강대실 장로, 사회복지위원회 위원장 염채화장로, 대외협력위원회 위원장 김신길 장로, 교육문화위원회 위원장 유도조 장로가 받다.
개선된 임원은 다음과 같다. 명예회장 박계윤 장로(황동·동원). 회장 남상훈 장로(북전주·삼례동부). 부회장 김용태(남대구·대명), 권정식(경북·원일), 강신홍(대구중·남흥), 남충정(남부산·석포), 조세현(부산·초량), 류춘웅(경동·포항성남), 정동만(동부산·온천제일), 조세현(부산·초량), 박해석(경남·동광), 김재은(평양·영암), 장광수(경기·낙원), 송정현(황동·봉성), 이강봉(동서울·개포동), 라도재(평서·성은), 이호영(서울강남·대남), 라도재(평서·성은), 이태식(수도·삼성), 곽종남(목포·해남제일), 신신우(전남·광주동명), 심완구(남광주·송정중앙), 전봉춘(경기남·새에덴), 고석진(서수원·영화), 서청재(동인천·낙원제일), 황병호(강원·춘천제일), 이성만(이리·이리성락), 홍덕선(서중·목동중앙). 총무 이재천(한서·대한).
부총무 김주락(대구·남현), 윤정길(대구중·대성), 김성태(대구수성·한샘), 김명식(동대구·신창), 신형종(경안서·동문), 박응용(김천·대신), 이상우(경신·군위장로), 정동현(울산·신광), 윤중근(남울산·서현), 이익도(경상·진해서부), 박종화(동부산·장전), 이춘만(부산·부광), 박석환(경향·자양동), 최공열(동서울·늘푸른), 방두현(황해·봉신), 강정일(남평양·성문), 문규한(경일·백봉), 장윤근(한성·장암), 맹금식(남서울·장성), 송병원(경평·늘사랑), 조대형(성남·한남), 문광선(서울동·하남주사랑), 고재규(중앙·흰돌), 김용재(종부·신창제일), 박동헌(중경기·과천중앙), 천충길(서대전·대전새미래), 전갑성(함평·학다리중앙), 홍열(무안·무안감돈), 김두봉(북강원·산호), 김기주(목포서·회진), 서병호(동전주·대전동부), 유도조(인천·계산), 문재논(동대전·대전동부), 김대규(제주·제주남전), 심요섭(전서·정읍성광), 박요한(여수·여수제일), 정건일(순천·동명). 서기 염채화(황동·심림동신). 부서기 정상권(평남·암사제일), 서성문(군산남·군산서문), 김대원(경남동·양덕). 회록서기 윤선율(안동·대흥읍). 부회의록서기 김성기(경기·원남), 원영태(강동·강릉제일), 손병학(경북·왜관). 회계 서기영(대전·대전남부). 부회계 유경선(경일·대서울), 김명일(전남·광주중앙), 이시홍(서대구·명일). 감사 남승찬(수원·수원삼일), 이명준(남부산·성산), 김원래(서울강남·성림), 조재근(서울·홍제동), 이용화(동대구·북성). 해외선교위원회 위원장 정볍섭(경기남·새에덴). 민족복음화위원회 위원장 신종극(서수원·수원중부). 회관건립추진위원회 위원장 이완수(남평양·성문). 사회복지위원회 위원장 박명웅(남중·성광). 대외협력위원회 위원장 지원영(경남동·풍성한). 교육문화위원회 위원장 김신길(동대구·북성). 농어촌선교위원회 위원장 공상호(동부산·동부). 특수선교위원회 위원장 정찬홍(중서울·돌다리)
이때부터 농어촌선교위원회와 특수선교위원회가 신설되다. 전국장로회협의회 통합에 관한 1차 회의(2009년 4월 20일), 제39회 정기총회에서 실시할 회장 직선제 선거를 준비하다.
임역원세미나는 “양무리의 본이 되라”는 주제로 120여 명이 참석한 가운데 2009년 4월 28일-5월 1일까지 중국 북경에서 가지다. 강사는 이강률 목사, 이상돈 목사, 이석원 목사.
제31회 하기수련회는 “너희 성숙함을 모든 사람에게 나타나게 하라”(딤전4:14-15)란 주제로 4.000여명이 모인 가운데 2009년 7월 14일-16일까지 강원도 홍천 대명비발디파크에서 가지다. 이때부터 본격적인 하기수련회 강원도 홍천 대명비발디파크 시대를 열다. 총회장 최병남 목사 설교하다(나의 힘이 되신 하나님, 시18:1). 격려사 부총회장 서정배 목사, 부총회장 강자현 장로. 축사는 한국장로회총연합회 대표회장 박정호 장로, 통합 회장 황명호 장로, 고신 회장 김창대 장로, 환영사는 김진선 강원도지사. 강사는 길자연 목사, 이석원 목사, 김기원 목사, 소강석 목사, 김종주 목사, 김동청 목사, 김태일 목사, 김종혁 목사, 김성일 목사, 장광우 목사, 이강률 목사, 유태영 목사, 김영길 목사, 이성화 목사, 김동안 목사, 남태섭 목사, 이정춘 목사, 공정용 목사, 이은익 목사, 문석민 장로, 김인호 장로, 양형일 장로, 이일웅 집사. 채택된 결의문 요지는 다음과 같다. “제93회 총회 결의를 거역하고 사회법에 고소고발하는 행위 응징, 총신대 총장 조속히 선출, 총회 임원선거 직선제 환원, 나라의 안정과 평안을 추구하라, 북핵환금지 6자회담복귀 촉구”이다.
주요사업으로는 4개 교단 전국장로회연합회 임원초정간담회(2008년 12월 4일 상제리제, 2009년 3월 25일 서울 동보성, 10월 19일 서울 세종호텔, 11월 2일 부산 더파티뷔페). 소록도교회 방문(2008년 12월 10일), CBS전북방송 방문(2009년 1월 9일), (주)장로신문사 제7대 사장 조병선 장로 취임축하에배(2009년 2월 6일), 정상권 장로 출판기념 감사예배(2009년 3월 26일 엘타워매리골드), 前대통령 김영삼 장로 면담(2009년 6월 11일 상도동자택), 총신대학교 정일웅 박사 제4대 총장 취임예배(2009년 10월 15일 총신대 종합관), 증경회장 박정하 장로 제94회 부총회장 당선감사예배(2009년 10월 20일 세종호텔2층), 부회장 송정현 장로 한국찬송가공회 총무 취임예배(2009년 11월 11일 한국백주년기념관), 증경회장 박계윤 장로 원로장로 추대(2009년 11월 14일 동원교회), 증경회장 심판구 장로 원로장로 추대(2009년 11월 18일 광주동명교회).
해외선교는 필리핀 마닐라(2009년 3월 3일-7일), 필리핀 산페드로(2009년 7월 27일-29일), 동유럽 선교지 방문(2009년 5월 12일-22일 루마니아 브라쇼브교회).