뿌린 대로 거두리라 동물원에 놀러 온 한 꼬마의 인형이 하수도에 빠진다. 꼬마가 우는 모습을 보고 안타까워하던 펭귄들은 리코가 아끼는 인형을 꼬마에게 갖다 준다. 리코가 슬퍼하자 프라이빗은 착한 일을 하면 반드시 좋은 일이 생길 거라고 위로한다. 하지만, 동물원으로 돌아가는 길에 동물관리국의 요원 X를 만나고, 펭귄들은 오히려 위험에 처한다. 요원 X를 따돌리고 동물원으로 가려 하지만 하는 일마다 꼬이고, 결국 요원 X에게 잡히고 만다. 착한 일을 하면 좋은 일이 생길 거라던 프라이빗의 말은 과연 부질없는 것일까?
두 얼굴의 너구리 동물원의 여러 동물을 우리에 도둑이 든다. 소중히 생각하던 물건들을 도둑맞은 동물들은 회의를 소집하고 펭귄들이 도둑잡기에 나선다. 도둑질을 하다가 현장에서 잡힌 범인은 너구리 아처. 불쌍한 바깥세상의 동물들을 돕기 위해 도둑질을 한 것이라고 주장한다. 아처의 말에 감동을 받은 동물원의 동물들은 불쌍한 동물들을 돕기 위해 먹을 것들을 나눠 준다. 프라이빗은 아처를 영웅으로 삼고, 금고 속에 숨겨두었던 소중한 사탕을 기부하기 위해 아처를 찾아 나선다. 아처의 집에서 그의 본모습을 보게 되는데, 너구리 아처의 정체는 과연 무엇일까?
흥을 잃다 개코원숭이들이 춤을 춰서 관람객들에게 인기를 끈다. 질투가 난 줄리언은 개코원숭이들의 우리에 스컹크 폭탄을 투하한다. 개코원숭이 달라는 줄리언에게 사과할 것을 요구하지만, 줄리언은 사과를 거부한다. 화가 난 달라는 줄리언의 몸속에서 춤을 출 수 있는 흥을 빼앗아 마법의 병 속에 가둔다. 흥을 빼앗긴 줄리언은 더 이상 춤을 출 수 없게 되고, 펭귄들에게 도움을 요청한다. 과연 펭귄들은 잃어버린 줄리언의 흥을 되찾아 줄 수 있을까?
정글의 법칙 동물원에 전기가 나가고 정전이 되자 동물들은 당황한다. 펭귄들이 나서서 사태를 수습하려 하지만, 줄리언은 정글의 왕인 자신을 믿고 ‘정글의 법칙’에 따라 행동할 것을 명령한다. 동물들은 서로 먹을 것을 빼앗고, 힘이 센 고릴라들은 약탈에 나서는 등 동물원 전체가 혼란에 빠지고 만다. 동물들을 다스려야 할 줄리언은 겁이 나서 숨고, 이제 문제를 해결할 수 있는 것은 펭귄들뿐이다. 무법천지로 돌변한 동물원이 다시 예전처럼 평화로워질 수 있을까?
난 좀비가 아니야 스키퍼는 날개가 부러져 병원에 실려 간다. 스키퍼의 상태를 확인하러 병원에 간 펭귄들은 TV 소리만 듣고, 스키퍼의 뇌가 감염돼 죽었다고 생각한다. 붕대를 감고 채 병원을 탈출한 스키퍼를 보고, 펭귄들은 좀비가 나타났다고 생각하며 두려워한다. 계속 도망만 다니던 펭귄들은 결국 좀비를 잡아 생체실험을 하겠다며 스키퍼를 공격한다. 약 때문에 혀가 마비돼 말도 제대로 하지 못하는 스키퍼는 자신의 신분을 밝힐 길이 없다. 스키퍼의 운명은 과연 어떻게 될까?
말벌 퇴치 작전 동물원에 말벌집이 생긴다. 펭귄들은 어린이들을 생각해 말벌들에게 이사를 해 달라고 하지만, 심술궂은 말벌들은 어린이들을 공격하겠다고 한다. 펭귄들이 말벌들을 퇴치하기 위해 나서 보지만, 말벌 침이 두려워서 싸울 수가 없다. 단순무식한 모트처럼 되기 위해, 뇌의 기능을 퇴화시키는 기계를 만들지만 실수로 모든 펭귄의 뇌 기능이 퇴화되고 만다. 펭귄들이 모두 바보가 된 상태에서 어린이 손님들이 동물원으로 몰려오는데, 과연 누가 말벌들로부터 어린이들을 구해낼 수 있을까?
복수의 화신 블로홀 박사 펭귄들은 숙적인 돌고래 블로홀 박사의 함정에 빠졌다가 간신히 탈출한다. 프라이빗은 동물원의 친구들에게 블로홀에 대해 이야기해 주지만 아무도 믿지 않는다. 한편, 블로홀은 펭귄들에게 복수하기 위해 최첨단 장비를 동원해 펭귄들의 위치를 파악하고, 줄리언을 인질로 잡아간다. 줄리언을 구출하기 위해 펭귄들은 블로홀의 기지로 찾아간다. 블로홀의 기지에서 펭귄들은 뜻밖의 현실에 직면하게 된다 줄리언은 어느새 블로홀의 편이 되어 구출하러 온 펭귄들을 당황시킨다. 함정에 빠진 펭귄들은 블로홀에게 붙잡혀 묶여 있는 신세가 된다. 게다가 북극에 설치해 둔 ‘불타는 고리’까지 가동되기 시작해 온 세상이 위기에 빠지는 상황에 처한다. 뜻밖의 행운으로 몸은 풀리지만, ‘불타는 고리’를 중지시킬 수 있는 방법을 찾지 못한다. 북극의 빙하가 녹아 바다의 수위가 점점 높아져 가는데, 펭귄들은 이 위기를 넘기고 세상을 구해낼 수 있을까?