합병시 세무실무 해설

[박정규 세무사]

합병시 세무실무 해설

 

 

<목 차>

Ⅰ. 합병과 관련된 세무실무                                                      (한국상장회사협의회)

1. 피합병법인에 대한 과세

2. 피합병법인의 주주에 대한 과세

3. 합병법인에 대한 과세

Ⅱ. 분할과 관련된 세무실무

1. 분할의 의의 및 종류

2. 인적분할시 분할법인 등의 주주에 대한 과세

3. 인적분할시 분할신설법인 등에 대한 과세

4. 물적분할의 과세특례

5. 분할시 이월결손금의 공제제한

Ⅲ. 현물출자ㆍ교환과 관련된 세무실무

1. 현물출자로 인한 자산양도차익 상당액의 손금산입

2. 교환으로 인한 자산양도차익 상당액의 손금산입

본고에서는 지난 12월 30일 한국상장회사협의회가 발간한 ‘상장회사 주식관련 세무실무 해설’의 내용 중 법인의 합병 시 발생하는 과세문제에 대해 살펴보도록 한다.

※ 본 내용은 2014년 1월 1일 공포된 개정사항이 반영되지 않았으므로, 실무 적용 시에는 관련 규정을 충분히 검토하신 후 처리하시기를 권고 드립니다.

합병과 관련된 세무실무

피합병법인에 대한 과세

(1) 원칙

피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 피합병법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 다음의 양도손익을 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액 계산시 익금 또는 손금에 산입한다(법인세법 제44조 제1항).

양도손익 = 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액(시가) - 피합병법인의 합병등기일 현재 순자산장부가액^*)

*) 피합병법인의 합병등기일 현재 순자산장부가액 = 피합병법인의 합병등기일 현재 [(자산의 장부가액 총액) - (부채의 장부가액 총액)]

다만, 다음의 적격합병요건을 구비한 경우 피합병법인에 대한 과세를 이연^*)하여 합병법인에게 과세한다.

*) 양도가액을 피합병법인의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익을 ‘0’으로 할 수 있음.

(2) 적격합병요건

다음의 요건을 모두 갖춘 합병은 형식적인 조직개편에 불과하므로 적격합병으로 보아 피합병법인의 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 즉, 합병으로 인한 과세의 시기를 이연하는 것이다. 다만, 부득이한 사유가 있는 경우 ②와 ③의 요건을 갖추지 못하더라도 적격합병으로 볼 수 있다(법인세법 제44조 제2항).

① 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인간의 합병일 것^*)

*) 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법‘이라 함) 제6조 제4항 제14호에 따른 기업인수목적회사는 제외(법인세법 시행령 제80조의 2 제3항)

② 피합병법인의 주주가 합병법인으로부터 받은 합병대가 중 주식가액이 80% 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식 등의 가액이 80% 이상인 경우로서, 피합병법인의 지배주주에게 다음 산식에 따른 가액 이상의 주식을 배정하고(법인세법 시행령 제80조의 2 제4항), 그 지배주주가 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것^*)

*) ②의 요건을 구비하지 못해도 적격합병으로 보는 부득이한 사유(법인세법 시행령 제80조의 2 제1항 제1호)
o 지배주주가 합병으로 교부받은 주식의 2분의 1 미만을 처분한 경우
o 지배주주가 사망하거나 파산하여 주식을 처분한 경우
o 지배주주가 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식을 처분한 경우
o 지배주주가 자산의 포괄적 양도(조세특례제한법(이하 ‘조특법‘이라 한다) 제37조), 주식의 포괄적 교환ㆍ이전(조특법 제38조), 주식의 현물출자 또는 교환ㆍ이전에 의한 지주회사의 설립(조특법 제38조의 2)에 따라 주식을 처분한 경우
o 지배주주가 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식을 처분한 경우

*) 2012년 2월 2일 이후 합병분부터는 지분의 연속성 판단시 포합주식에 대해 합병대가를 교부하지 않더라도 합병대가를 주식으로 교부한 것으로 보아 요건을 판단함(법인세법 시행령 제80조의 2 제3항).

*) 2012년 2월 2일 이후 최초로 신고하는 분부터 지배주주의 주식보유 요건을 모든 개별주주가 아닌 지배주주 전체를 기준으로 교부받은 주식의 1/2 이상 보유하고 있는 지로 판단함(법인세법 시행령 제80조의 2 제1항 1호 가목).

*) 2012년 2월 2일 이후 최초로 신고하는 분부터 지배주주간 주식처분시 지배주주가 교부주식을 처분한 것으로 보지 아니하며 합병으로 교부받은 주식 등과 합병 외의 방법으로 취득한 주식 등을 함께 보유하는 지배주주가 주식을 처분하는 경우 합병 외 방법으로 취득한 주식을 먼저 처분하는 것으로 봄(법인세법 시행령 제80조의 2 제1항 1호 가목).

(합병법인이 피합병법인의 주주에게 지급한 주식가액 및 금전 등의 합계액) × (지배주주의 피합병법인에 대한 지분비율)

여기에서 합병대가 중 주식가액이 80% 이상인지의 여부는 시가로 계산한다.

합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 피합병법인의 주식(합병포합주식)이 있는 경우 다음의 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 합병대가에 가산한다(법인세법 시행령 제80조의 2 제3항). 이 경우 신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우로서 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식이 있는 때에는 그 다른 피합병법인의 주식을 취득한 피합병법인을 합병법인으로 보아 다음의 1), 2)의 규정을 적용하여 계산한 금액을 합병대가에 가산한다.

1) 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 지배주주가 아닌 경우 : 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식이 피합병법인의 발행주식총수의 20%를 초과하는 경우 그 초과하는 주식의 취득가액

2) 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 지배주주인 경우 : 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 주식의 취득가액

③ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것^*)

*) ③의 요건을 구비하지 못해도 적격합병으로 보는 부득이한 사유(법인세법 시행령 제80조의 2 제1항 제2호)
o 합병법인이 파산함에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우
o 합병법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 사업을 폐지한 경우
o 합병법인이 자산의 포괄적 양도(조특법 제37조)에 따라 사업을 폐지한 경우
o 합병법인이 ‘채무자 회생 및 파산에 관한 법률’에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 주식을 처분한 경우

(3) 피합병법인의 양도손익

① 적격합병에 대한 특례규정을 적용받는 경우

적격합병에 대한 특례규정을 적용받는 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액을 양도가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다(법인세법 제44조 제2항).

양도가액(=순자산 장부가액) - (순자산 장부가액) = 양도손익(0)

이는 피합병법인이 보유하던 자산을 합병법인에 매각함으로서 발생하는 처분이익에 대하여 과세하여야 하지만, 이를 합병법인으로 이연한다는 의미이다.

적격합병특례를 적용받고자 하는 피합병법인은 과세표준신고시 합병법인과 함께 합병과세특례신청서를 납세지관할세무서장에게 제출해야 하고, 합병법인은 자산조정계정에 관한 명세서를 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에게 함께 제출하여야 한다(법인세법 시행령 제80조 제3항).

② 적격합병에 대한 특례규정을 적용받지 않는 경우

적격합병에 대한 특례규정을 적용받지 않는 경우 피합병법인은 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 다음의 양도손익을 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금산입한다.

(양도손익) =?(양도가액) - (순자산 장부가액)

1) 양도가액 : 양도가액이란 피합병법인의 주주가 합병법인으로부터 받은 재산가액^*)(시가)과 합병법인이 대신 납부하는 피합병법인의 법인세비용의 합계액을 말한다(법인세법 시행령 제80조 제1항).

*) 합병대가로 받은 재산가액 : 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식 포함)이 있는 경우 피합병법인의 주식에 대하여 합병법인의 주식을 교부하지 않더라도 그 지분비율에 따라 합병법인의 주식을 교부한 것으로 본다(법인세법 시행령 제80조 제1항 제2호 가목).

(양도대가) = (합병대가로 받은 재산가액) + (합병법인이 대신 납부하는 법인세비용)

2) 순자산 장부가액 : 순자산 장부가액이란 피합병법인의 합병등기일의 자산의 장부가액에서 부채의 장부가액을 빼고 피합병법인이 환급받는 법인세액을 더한 금액을 말한다^*)(법인세법 제44조 제1항, 같은 법 시행령 제80조 제2항).

*) 장부가액이란 세무상 장부가액을 말하는 것으로 결산상 장부가액에 유보(△유보)를 가감해야 함.

(순자산 장부가액) = (자산의 장부가액) - (부채의 장부가액) + (법인세 환급액)

피합병법인의 주주에 대한 과세

(1) 적격합병요건

다음의 요건을 모두 갖춘 적격합병의 경우 피합병법인의 주주에 대하여 합병으로 인한 의제배당액을 계산한다.

① 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인간의 합병일 것

② 합병대가 중 주식가액이 80% 이상일 것(주식보유요건은 없음)

(2) 의제배당 계산방법

피합병법인의 주주가 받은 재산가액에서 소멸된 주식의 취득가액을 차감한 금액을 의제배당으로 한다(법인세법 제16조 제1항 제1호, 소득세법 제17조 제2항 제4호).

합병시 피합병법인의 주주가 받은 재산은 다음과 같이 평가한다(법인세법 시행령 제14조 제1항).

① 취득한 재산이 주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다)인 경우

구분		재산평가방법
적격합병과 인적분할	주식만 받은 경우	종전 주식의 장부가액*)
	주식과 그 이외의 재산을 받은 경우	Min (종전 주식의 장부가액, 교부받은 주식의 시가)*)
비적격합병과 인적분할		시가

*) 투자회사 등이 취득하는 주식은 ‘0’으로 평가함(법인세법 시행령 제14조 제1항 제1호).

② 취득한 재산이 주식이 아닌 경우 : 시가

합병법인에 대한 과세

(1) 적격합병에 대한 과세특례

① 적격합병시 자산의 취득가액

피합병법인이 합병등기일 현재 순자산의 장부가액을 양도가액으로 보아 양도차익이 발생하지 않는 경우, 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다.

이 때, 합병법인은 피합병법인의 이월결손금(과세표준 계산상 공제가능한 이월결손금을 말한다)과 모든 유보를 승계한다(법인세법 제44조의 3 제2항, 같은 법 시행령 제85조 제1호).

② 자산조정계정

합병법인은 양도받은 자산과 부채를 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액을 차감한 금액을 자산조정계정으로 계상한다^*)(법인세법 시행령 제80조의 4 제1항).

*) 피합병법인의 장부가액은 세무상 장부가액을 의미함. 합병법인이 피합병법인의 유보를 승계하므로 세무상 장부가액에 △유보는 가산하고 유보를 차감한 가액을 자산조정계정 계산시 장부가액으로 함(법인세법 시행령 제80조의 4 제1항).

(양도받은 순자산시가) - (피합병법인의 장부가액) = [(+) 자산조정계정 (또는) (-)자산조정계정]

자산조정계정은 다음과 같이 처리한다.

1) 자산조정계정이 0보다 큰 경우 : 결산상 자산이 세무상 자산보다 자산조정계정만큼 과대계상되었다. 따라서 그 자산을 상각ㆍ양도할 때 비용과대계상액을 익금산입한다.

2) 자산조정계정이 0보다 작은 경우 : 결산상 자산이 세무상 자산보다 자산조정계정만큼 과소계상되었다. 따라서 그 자산을 상각ㆍ양도할 때 비용과소계상액을 손금산입한다.

그러나 자기주식소각손익은 익금이나 손금이 아니므로 자기주식을 소각하는 경우, 자기주식에 대한 자산조정계정은 세무조정 없이 소멸시킨다.

(2) 비적격합병시 과세방법

① 자산의 승계가액

합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 취득한 경우, 그 자산을 합병등기일 현재의 시가로 양도받은 것으로 본다(법인세법 제44조의 2 제1항).

② 피합병법인의 유보와 이월결손금 승계 불가

비적격합병의 경우 피합병법인의 유보와 이월결손금을 합병법인이 승계할 수 없다(법인세법 시행령 제85조).

③ 합병매수차손익

합병법인이 양도받은 피합병법인의 순자산시가^*)가 피합병법인에게 지급한 양도가액을 초과하면 그 초과액을 합병매수차익이라고 하고, 피합병법인의 순자산시가가 피합병법인에게 지급한 양도가액에 미달하면 그 미달액을 합병매수차손이라고 한다(법인세법 시행령 제80조의 3 제1항, 제3항).

*) 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 시가총액에서 부채의 시가총액을 차감한 금액을 순자산시가라 함(법인세법 제44조의 2 제1항).

[(+) 합병매수차익 또는 (-) 합병매수차손] = (피합병법인의 순자산시가) - (지급한 양도가액)

합병매수차익은 전액을 인정하나, 합병매수차손은 영업권^*)에 해당하는 경우에만 인정한다(법인세법 시행령 제80조의 3 제2항).

*) 합병법인이 피합병법인의 상호나 거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우

합병매수차익(합병매수차손)은 합병등기일부터 5년(60개월)간 균등분할하여 익금(손금)에 산입한다(법인세법 제44조의 2 제2항, 제3항). 월수는 역에 따라 계산하되, 1월 미만의 일수는 1월로 한다. 이 경우 합병등기일이 속한 월을 1월로 계산한 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속한 월은 계산에서 제외한다(법인세법 시행령 제80조의 3 제1항).

[해당 사업연도의 익금(손금)] = (합병매수차익(차손)) × (해당 사업연도 월수) ÷ 60개월

(3) 적격합병에 대한 사후관리

① 사후관리 사유

피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일로부터 3년 이내에 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우 사후관리한다. 다만, 적격합병 요건에 대한 부득이한 사유에 해당하는 경우에는 그러하지 않는다(법인세법 제44조의 3 제3항).

1) 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2) 피합병법인의 주주가 합병법인으로부터 받은 주식을 처분하는 경우

② 자산조정계정과 이월결손금공제액의 처리

사후관리사유에 해당하면 부적격합병으로 보므로 적격합병의 경우와 부적격합병의 차이에 대해서 다음과 같이 세무조정한다(법인세법 시행령 제80조의 4).

1) 자산조정계정 잔액의 익금산입 : 합병법인은 사후관리사유가 발생한 사업연도에 자산조정계정 총합계액(0보다 큰 경우에 한한다)을 익금산입한다. 이와 같이 자산조정계정을 합병법인에게 과세하는 것은 합병법인에게 사후관리의 책임을 묻기 위한 것이다. 그러나 자산조정계정 총합계액이 0보다 작은 경우 그 금액은 손금으로 인정하지 않는다.

2) 이월결손금 공제액의 익금산입 : 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금 중 공제한 금액을 익금산입한다. 이와 같이 공제받은 이월결손금을 익금에 산입하는 것은 비적격합병에서는 이월결손금을 승계받을 수 없기 때문이다.

③ 합병매수차익과 합병매수차손의 처리

합병법인이 익금산입한 자산조정계정은 피합병법인의 양도소득과 합병매수차익의 합계액이므로 사후관리사유가 발생한 사업연도에 합병매수차익을 익금불산입한 후 합병등기일로부터 5년간 균등분할하여 다음과 같이 익금산입한다.

구분	합병매수차익 중 익금산입액
사후관리사유가 발생한 날이 속하는 사업연도	합병매수차익 × (합병등기일부터 사후관리사유가 발생한 사업연도 종료일까지 월수) ÷ 60개월
사후관리사유가 발생한 사업연도의 다음 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도	합병매수차익 × (해당 사업연도 월수) ÷ 60개월

합병매수차손은 사후관리사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하되, 영업권에 해당하는 경우에 한정하여 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 손금산입한다.

(4) 합병시 이월결손금의 공제제한

① 합병법인의 이월결손금

합병법인의 합병등기일 현재 세무상 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서는 공제하지 않는다(법인세법 제45조 제1항).

② 피합병법인의 이월결손금 승계

적격합병의 경우 합병법인은 피합병법인의 세무상 이월결손금을 승계하여 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도 과세표준 계산시 이를 공제한다(법인세법 제45조 제2항).

③ 승계받은 자산의 처분손실 공제제한

합병법인이 피합병법인으로부터 양도받은 자산을 합병등기일 이후 5년 이내의 사업연도에 처분함으로써 발생한 처분손실은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 않은 처분손실은 피합병법인으로부터 승계한 결손금으로 본다(법인세법 제45조 제3항). 이 규정은 합병법인이 피합병법인이 부실자산을 승계하여 합병 후 처분하는 방법으로 조세를 회피하는 것을 방지하기 위한 것이다.

④ 구분경리

다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리해야 한다.

1) 합병등기일 현재 이월결손금이 있는 경우 또는 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우 이를 공제받는 기간

2) 그 밖의 경우 합병 후 5년간

다만, 중소기업간 또는 동일사업을 영위하는 법인간에 합병하는 경우 구분경리하지 않을 수 있다. 이와 같이 구분경리하지 않은 경우 소득금액을 합병등기일 현재 사업용 고정자산가액의 비율^*)로 안분계산한다(법인세법 제45조 제1항).

*) 고정자산가액이란 승계결손금을 공제하는 각 사업연도 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함)ㆍ사용하는 고정자산의 합병등기일 현재 가액을 의미함(법인세법 시행령 제81조 제1항).

※ [참고] 합병의 경우 합병당사자별 과세체계 (법인세법 집행기준 44-0-2)