우간다의 거주자들은 1,700 ~ 2,300 년전까지 수렵채집꾼들이었다. 아마도 중앙 아프리카와 서 아프리카 출신이었을 반투어를 말하는 인구들이 우간다의 남쪽 지역에 이주했다.[1][2]
이 무리들이 와서 철을 다루는 기술과 사회적이며 정치적인 기구의 새로운 생각을 발달시켰다. 14세기와 15세기에 있어 키타라 제국이 가장 이른 예전 조직의 형성을 대표하여, 분요로-키타라와 수세기 후에 부간다와 앤콜레 왕국이 뒤따른다.[3]
과거 영국의 식민지였고 1962년 옛 왕인 무테사 2세를 대통령으로, 밀턴 오보테를 총리로 삼아 영국으로부터 독립하였다. 그러나 콩고민주공화국과 비슷한 각 민족들 간의 분규로 1966년 밀턴 오보테의 쿠데타로 무테사가 실각하고 오보테가 대통령으로 올랐다.
이후 오보테는 공포 정치를 펴다가 1971년 부하 이디 아민의 쿠데타로 실각하였고 이디 아민의 오보테보다 더 심한 공포 정치를 폈다. 그러나 아민 역시 1979년 줄리어스 니에레레 대통령이 이끄는 탄자니아 정부의 지원을 받는 요웨리 무세베니의 혁명군에게 쫓겨났고 1980년 다시 오보테가 돌아와 대통령에 올랐다.
이에 오보테와 무세베니 간의 내전이 발생해 1986년 무세베니가 승리하여 수도 캄팔라에 입성해 대통령이 되면서 우간다는 다시 안정되었다.
우간다의 국민중 기독교 신자가 84%를 차지해 압도적으로 많으나, 12%를 차지하는 이슬람교 신자도 수십만 명 있다. 우간다의 대표적인 기독교 교단은 성공회, 천주교이다.