노무현은 2002년 12월 19일 대통령 선거에서 역전극을 반복하다가 한나라당의 이회창 후보를 57만 표 차로 이기고 당선됐다. 참여정부를 표방하며 이듬해인 2003년2월 25일 대한민국 제16대 대통령으로 취임하였다. 대선 과정에서 인터넷의 젊은 지지층을 만들어 이끌어냈다. 대통령 취임 전인 2003년 1월 14일, 대통령 당선자인 노무현은 “토론을 국정운영 방법으로 정했으면 한다”라면서 “토론공화국이라 말할 정도로 토론이 일상화되면 좋겠다”라고 덧붙였다.
그는 대선 전부터 반미주의자로 여겨졌는데, 2002년 대선 당시 이는 약점보다는 강점으로 작용했다. 당시 대한민국 국민들은 미군 장갑차 여중생 압사 사건, 불평등 SOFA 협정 등 때문에 미국에 대해 우호적이지 않았다. 노무현은 “미국에 할 말은 한다”며 대미 관계에 있어 독자노선을 갈 것처럼 보였다.
당시 미국은 조지 W. 부시를 위시한 네오콘이 장기 집권하고 있었다. 이로 인해 참여정부와 미국 정부와의 정책적 충돌이 자주 일어났다. 취임 후 부시 행정부와 대북 정책의 입장 차이가 발생하자 미국의 공화당 보수파는 그를 의심스럽게 쳐다보았고, 당시 야당인 한나라당은 이에 가세하여 그를 좌파라고 강력하게 비난했다. 그러나 실제로 노무현 정부가 미국에 대해 대북 정책 이외엔 독자노선을 걸었던 흔적은 드러나지 않고, 반대로 부시 행정부의 요청에 따른 이라크 전쟁 파병, 주한미군 용산 기지 이전 문제, 한미 FTA의 추진 등에서 오히려 부시 행정부의 요구를 받아들이면서도 실리는 챙기지 못했다.
2007년 9월 호주에서 아시아·태평양 경제협력체(APEC) 정상회담이 열렸을 때, 당시 노무현은 부시에게 “평화조약에 대해 더 분명히 말해 달라”고 여러 차례 외교적 결례에 해당하는 요구를 하자, 부시가 짜증내는 사태까지 발생했다. 워싱턴 정가의 소식을 전하는 넬슨리포트는 “노 대통령의 의전상 결례에 대해 부시 대통령뿐 아니라 현장의 (미국) 기자들도 놀란 것 같았다”고 전했다. 양국의 외교관들이 서둘러 진화에 나섰지만 두 정상 간의 껄끄러운 궁합을 보여주는 상징적 사건이 되었다.
2008년 2월 마이클 그린 전 미 NSC 선임보좌관은 인터뷰에서 “노무현 대통령의 한미동맹에 대한 그의 기여는 전두환·노태우 이상이다. 그가 퇴임하는 2008년 2월 현재 한미 동맹은 훨씬 강하고 좋아졌다. 노 대통령은 미국·영국 다음 가는 대규모 이라크 파병에다 한미 자유무역협정(FTA)체결, 주한미군 용산기지 이전 등 정책적으로 한미 동맹에 크나큰 기여를 했다” 고 평가하였다.
*대일 관계
고이즈미 준이치로 정권 출범 이후 일본의 우경화 추세에 맞물려서 일본과의 관계는 악화일로를 걸었다. 2004년 3·1절 치사에서 그는 제2차 세계 대전 당시 전쟁을 일으켰던 A급 전범들의 위패가 안치된 야스쿠니 신사 참배와 관련하여 일본의 지도자(구체적으로 적시하지 않았지만 문맥상 고이즈미를 가리킨다고 판단됨)를 강하게 비판했다. 이는 야스쿠니 신사 참배에 대한 국민 감정을 대변하려는 것이었지만, 보수 언론 및 야당으로부터 감정적 대응이라는 비판을 듣기도 했다.
2005년야치 쇼타로 일본 외무성 사무차관이 한국의 야당 의원들과의 대담에서 북핵 문제와 관련하여 대북 유화 정책을 지속하려는 노무현 행정부를 비판하자 김만수 청와대 대변인이 외교적 결례로서 공식 항의하는 일도 벌어졌다. 2006년 일본의 시마네 현이 “다케시마의 날”을 제정하는 등 독도 문제에 관해 일본과의 긴장이 높아가자 4월 25일에는 특별 담화를 발표하여 일본에 대해 강하게 경고했다. 아베 정권 출범 이후로도 점점 우경화 되는 일본과 마찰을 빚는 일이 빈번해졌다. 그는 또 3월 23일에 일본의 행태를 “더 이상 묵과할 수 없는 사태”로 규정하고 독도 문제에 대해서는 “지난날 침략을 정당화하고 대한민국의 광복을 부인하는 것”이라고 성토하면서 외교적 갈등이 시작되었다.
2006년 11월 APEC 정상회의와는 별도로 열린 아베 신조 총리와의 양자 회담에서 동해를 예를 들어 ‘평화의 바다’ 또는 ‘우의의 바다’로 부르면 어떻겠느냐고 제안했다고 청와대가 확인했다. 그러나 청와대측은 정식으로 제안한 것이 아니라 “발상의 전환의 한 예로 든 것을 언론이 전격 제안으로 보도했다”고 해명했다.
미국의 UPI 통신은 ‘한국, 동해를 놓고 제안을 했다’란 제목의 기사에서 “한국과 일본 사이의 바다(명칭)에 대한 타협안으로 노무현 대통령이 ‘평화의 바다’로 바꿔 부를 것을 제안했다”고 보도했다. 이 같은 제의는 외교ㆍ안보 라인과 사전 협의도 거치지 않은 돌출 발언이었던 것으로 알려졌으며. 전문가들은 국제무대에서 국가 수장의 돌출 발언은 국익에 적잖은 문제를 초래할 수 있다고 지적했다. 노 대통령의 일관성 없는 대일 영유권 시각도 문제가 있다는 지적이다.한나라당은 “노 대통령은 국민의 자존심과 역사의식에 상처를 입혔다”며 “반역사적 발언에 대해 깊이 반성하라”고 지적했다. 네티즌들도 “한 국가의 최고 통치권자로서 적절치 못한 역사관 표명이었다”며 노 전 대통령을 비난했었다.2007년 10월 발행한 '2007 방위백서'의 한글번역본에는 독도를 다케시마로 표기하고 있다.
이와는 별개로 2003년 한일 정상회담 후에 가진 기자회견에서 '일본에서는 다케시마라고 하지요?'라며 독도를 ‘다케시마’라는 표현을 써 파문이 일었다. 일본 언론들이 이를 “한국 대통령이 일본의 견해를 용인?”했다는 식의 보도를 했다. 한나라당 원희룡 최고위원은 22일 오전 상임운영회의에서 “노무현 대통령이 ‘독도’를 ‘다케시마’라고 불렀다”며 비판하고 나섰다. 또한 “임기 중 과거사 문제를 쟁점화하지 않겠다”고 밝힌 데 대해서도 비판을 하고 있다. 노 대통령이 이런 약속을 함으로써 일본내 극우들이 과거사 문제를 들고 나올 경우 정부의 발목에 스스로 족쇄를 채운 게 아니냐는 지적이다.민주노동당 박용진 대변인도 논평에서 “일제 강점기 만행을 정부가 공식적으로 제기하지 않으면 누가 하겠는가”라고 반문했다. 그러나 청와대 대변인은 “기자가 ‘다케시마 문제’라고 질문에 언급해서 이를 받아서 설명하는 과정에서 ‘다케시마’라는 언급이 한 번 있었다”면서 “기본적으로 대통령의 대답 내용은 ‘독도 문제는 재론의 여지가 없는 것’이라는 점인데, 이 내용을 가지고 문제 삼아야지, 기자의 질문을 받아 대답하는 과정에서 ‘독도’를 ‘다케시마’라고 표현했다고 이를 왜곡하는 것은 문제가 있다”고 불쾌감을 드러냈다.
2003년2월 25일, 제16대 대통령으로 취임함으로써 참여정부가 출범하였다. 2003년 2월 26일에는 고건 총리 임명 동의안이 국회에서 통과되었고, 2003년 2월 27일 참여정부 조각 발표로 새 내각을 출범시켰다.
2003년 3월 9일, 검찰 개혁의 향배와 검찰 인사를 놓고 검찰이 일선 검사들과 마찰을 빚자 노무현은 강금실법무부 장관과 일선 검사들이 함께하는 ‘대통령과 전국 검사와의 대화’(토론회 명칭)라는 제목의 토론회가 방송 3사를 통해 전국에 생중계되었다. 이 자리에서 검사들은 검찰 개혁을 외치면서 대통령이 인사위원회도 거치지 않고 인사 개입을 하는 것은 검찰 개혁이 아니라며 대통령 검찰 인사의 부당성을 지적했으나, 노무현은 “지금 인사위원회에 앉아 있는 사람들이 모두 인사 대상”이라며 “여기서 인사하지 않으면 낡은 검찰로 몇 달 더 가자는 것”이라며 검찰 인사의 불가피성을 강조했다. 검사들의 친인척 의혹 등 부적절한 발언이 거론되자 대통령이 “이쯤 되면 막 하자는 거죠”라는 발언을 하였는데, 보수 언론은 이를"이쯤 되면 막가자는 거죠"라고 구설수에 올렸다. 검사들은 토론회의 의도에 대해 “대통령께서 토론의 달인으로 알고 있는데, 토론의 아마추어인 검사들을 말로써 제압하려 한다면 무의미하다”는 비판을 했다. 당시 이 토론회는 권위적이고 군림하는 대통령이 아닌, 탈권위적인 ‘토론하는 대통령’을 보여준 모습으로 평가받았다.
2003년 3월 20일, 미국이 이라크를 침공하고 한국을 비롯한 동맹국에 파병을 요청하자 그는 “국익을 위해 파병해야 한다”라며 이라크 파병이 ‘전략적 선택’이라고 표현한 대국민 담화문을 발표했다.
2003년 3월 24일, 원칙대로 운용되지 못하고 자의적으로 운용되거나 국회의원들이 유용해 온 특별 교부금에 대해 폐지 또는 보통 교부금에 통합하는 등 개선을 명령했다. 그러나 2008년 12월까지 이러한 관행은 개선되지 않았다.
2003년 4월 18일, 노무현의 지시에 따라 청남대가 개방되고 모든 관리권이 충청북도로 이관하였으며 현재는 관광지로 이용되고 있다.
2003년 5월 21일, 각종 사회적 갈등이 봇물 터지듯 쏟아져 나오자 그는 “이러다가 대통령직 못해먹겠다는 생각이, 위기감이 생긴다”며 국정 운영의 어려움을 호소했다.
2003년 9월, 새천년민주당을 탈당하였다.
2003년 10월, 청와대 총무비서관인 최도술이 SK 비자금을 수수했다는 의혹이 터지고, 10월 10일에는 대통령 측근 비리 의혹에다가 김두관행정자치부 장관 해임 건의안 가결, 윤성식감사원장 임명 동의안 부결 등의 문제가 계속해서 발생하자, 그는 청와대에서 열린 기자 회견에 “국민에게 재신임을 묻겠다”고 선언했다.
2004년 3월 3일, 중앙선거관리위원회는 민주당이 고발한 노무현의 열린우리당 지지발언에 대해 노무현 대통령이 선거중립 의무 위반이 있다고 인정하고 선거중립의무 준수요청을 했다. 민주당은 이 조치를 근거로 노무현이 선거법 위반에 대해 사과하지 않으면 탄핵을 발의하겠다며 야3당과 함께 노무현 대통령 탄핵 소추를 추진하기 시작했다.
2004년 3월, 그의 형인 노건평이 대우건설 사장 남상국으로부터 청탁성 명목으로 뇌물을 수수한 사실이 언론에 보도되었다. 노무현은 언론 브리핑에서 “대우건설의 사장처럼 좋은 학교 나오시고 크게 성공하신 분들이 시골에 있는 별 볼일 없는 사람에게 가서 머리 조아리고 돈 주고 그런 일 이제는 없었으면 좋겠다”면서 남상국을 질타했고, 2004년 3월 11일 남상국은 한강에서 투신했다. 이 사건으로 노건평은 유죄가 인정되어 집행유예 판결을 받았다. 이와 관련해 일각에서는 남상국의 자살이 노무현에서 비롯됐다는 주장을 펴면서 노무현이 사과해야 한다고 주장했다. 민주당 송영길 최고위원은 국회에서 열린 최고위원회의에서 이 사건의 본질에 상관없이 무조건적으로 노무현 대통령을 마녀사냥하는 언론의 태도에 대해 비판하였고, 노무현 대통령이 기자회견을 통해 자신의 형에 대한 인사청탁에 대해서 관련된 당사자의 실명을 거론하며 공개적으로 비난한 부분에 대해서 적절치 못한 행동이라는 의견을 제시했다. 그 당시 송영길의원은 열린우리당 소속으로 탄핵반대투쟁에 참가하였다.
2004년 3월 12일, 대한민국 국회가 찬성 193표, 반대 2표로 노무현 대통령 탄핵 소추안을 가결시켰다. 그로 말미암아 노무현의 대통령 직무 수행이 정지되고, 고건국무총리가 직무 권한 대행의 역할을 맡았다.
2004년 3월 12일 ~ 3월 27일 보름 동안 서울을 중심으로 전국 각지에서 ‘탄핵무효 부패정치 척결을 위한 범국민행동’(약칭 탄핵무효 국민행동)이 주도하는 노무현 대통령 탄핵 소추 무효를 주장하는 촛불 집회가 열린다. 13일 날에는 가장 많은 인파가 촛불을 들고 탄핵 무효를 주장했는데, 주최 측 추산 10만, 경찰 추산 5만 명의 인파가 모였다. 한편 80여 개의 보수 단체로 이루어진 ‘바른선택 국민행동’이 주도하는 탄핵 찬성 집회도 3월 27일에 2000여 명(경찰 추산)이 운집한 가운데 이루어졌다.
2004년 4월 15일, 총선에서 ‘정신적인 여당’인 열린우리당이 탄핵 후폭풍으로 지지도가 크게 상승하여 원내 과반수를 차지해 제1당이 되었다.
2004년 5월 14일, 헌법재판소가 노무현 대통령 탄핵 심판 사건을 기각했다. 헌법재판관들의 개별 의견은 공개되지 않았다.
2004년 5월 21일, 노무현은 열린우리당에 “수석 당원”으로 입당하여 열린우리당은 공식적인 여당이 되었다.
2004년 8월 11일, 1월에 공포한 신행정수도법에 따라 국회는 신행정수도를 연기군과 공주시의 일부를 신행정수도의 입지로 정했다.
2004년 8월, 노무현에게 숨겨놓은 딸이 있다는 악성 댓글을 인터넷에 올린 혐의로 기소된 H(49세) 씨에 대해 징역 1년 3개월을 선고했다. 재판부의 증거 조사 결과 그런 사실은 없는 것으로 확인됐다.
2004년 10월 21일, 헌법재판소가 “신행정수도특별법은 서울을 수도로 보아온 관습헌법에 어긋나는 일”이라며 수도 이전은 위헌이라는 판결을 내렸다. 수도는 서울이라는 것이 관습 헌법에 해당하므로, 수도 이전을 위해서는 헌법 개정을 통해 수도의 위치를 삽입하거나, 수도가 서울이라는 법적 확신이 소멸해야 한다는 것이다. 헌법재판소는 8:1로 위헌 판결을 내렸지만 ‘관습 헌법’이라는 일반에 생소한 개념까지 동원하며 헌법재판소에서 기각되자 수긍할 수 없다는 일부 여론이 있기도 했다. 어쨌든 이에 따라 그가 선거 공약으로 내걸었던 행정수도 이전이 차질을 빚게 된다.
2005년 2월 142005년3월 2일, 행정도시 특별법이 국회에서 가결되었다. 그가 직접 고안한 청와대 업무관리시스템 ‘e지원’이 노무현과 청와대 업무 혁신 비서관인 강태영 등 시스템 구축에 관여한 5명 명의로 특허를 출원해 특허를 취득했다. 2005년 7월 행정자치부에 시범 도입됐다.
2005년 3월 7일, 중국과 일본의 역사 왜곡과 영유권 주장 등 일본과 중국의 역사 왜곡에 체계적으로 대응하기 위한 동북아 역사재단을 지시, 설립하였다.
2005년 6월 29일, 헌법재판소법 개정안이 통과되어 탄핵 심판에서도 소수 의견 공개가 의무화되었다.
2005년 8월 3일, 국가보훈처는 광복 60주년을 맞아 사회주의 계열 독립운동가 47명을 포함한 214명의 순국선열과 애국지사에게 서훈이 추서되었다. 지난 3·1절여운형 등 54명의 사회주의 계열 독립투사 서훈에 이어 주요한 사회주의 활동가에 대해 재조명해 뒤늦게 서훈이 추서되었다. 하지만 보수파의 반대와 훈격 논란이 일기도 했다.
2006년3월 23일, 노무현은 청와대 영빈관에서 네티즌들과 “국민과의 인터넷 대화”를 갖고 포털 사이트를 통해 온라인 생중계로 대국민 토론회를 진행했다. 사회 양극화 문제와 주요 국정 현안에 대한 입장을 밝혔다. ‘양극화, 함께 풀어갑시다’ 등의 주제로 이날 오후 1시부터 네이트, 다음, 야후, 엠파스, 파란 등 5개 포털사이트가 생중계했다. 세계 최초로 시도된 인터넷을 통한 전자 민주주의 구현에 초석을 쌓은 ‘사건’이다.
2006년 6월 3일, 미국에서 4월에 귀국한 딸 노정연이 딸을 출산했다. 이로써 노무현은 친손녀 1명, 외손녀 2명 등 손녀 3명의 할아버지가 됐다. 청와대 관계자는 “원정출산에 대한 사회적 시각이 곱지 않은 점을 감안해 노정연 씨가 곽 변호사와 상의해서 한국에서 출산키로 결정한 것으로 알고 있다”고 말했다.
2006년 11월 30일, 노무현은 여당 내 신당 창당 움직임에 대해 “나는 신당을 반대한다. 말이 신당이지 지역당을 만들자는 것이기 때문이다”라며 신당 창당에 반대했다. 이어 “당적을 유지하는 것이 당을 지키는 데 도움이 된다면 그렇게 할 것이고, 탈당을 하는 것이 당을 지키는 데 도움이 된다면 그렇게 할 것이다”라고 말해 열린우리당 사수 의지를 피력했다. 그는 “다시 지역당 시대로 돌아갈 수는 없다. 지역당으로는 어떤 시대적 명분도 실리도 얻을 것이 없다”고 지적했다.
2006년 12월 6일 5.7%대의 낮은 지지도를 기록하였다. 이는 당시까지 재임했던 대한민국의 대통령 가운데 최저치였다. 이는 그 당시까지 역대 최저치였던 임기 말 김영삼 전 대통령의 8.4%보다 2.7%포인트 낮은 수치였다. 2006년12월헤럴드 경제는 여론조사기관인 ‘케이엠조사연구소’에 의뢰하여 노무현 정부에 대한 ‘최근 국정현안에 대한 국민의식 조사’를 설문 실시했다. 이 조사에서 ‘노 대통령의 국정운영에 대해 어떻게 평가하느냐’는 질문에 대해 ‘매우 잘한다’는 1.0%, ‘잘한다’는 4.7%로 집계돼 국정운영 지지도는 5.7%에 불과했다. 반면 ‘못한다’(37.0%), ‘매우 못한다’(27.7%)는 부정적인 답이 주류를 이뤘으며 ‘보통이다’(29.6%)는 응답도 많았다. 이번 조사와 유사하게 실시된 한국사회여론연구소 조사에 따르면 노 대통령의 지지도는 지난 5월 9일 31.0%로 정점에 달한 후 8월 16일 20.6%, 10월 24일 12.9%, 11월 14일 11.0%로 하락 추세를 보여왔다. 이는 현 대통령 지지율 산출방식인 4분척도와는 달리 통상적으로 지지율이 낮게 측정되는 5분척도로써 조사된 결과이다.
2006년 12월 8일, 기자 회견에서 북한이 “미국이 한국 내 핵무기를 배치하고 있다”고 거듭 주장하고 있는 것과 관련, “북한은 미국이 한국에 핵무기를 배치하고 있다고 믿고 있기 때문에 핵개발을 포기하지 않는다는 언론 보도에 대한 의견을 말해 달라”는 질문에 “한국에 미국의 핵무기는 없다”며 “미국의 핵우산이라는 것은 한반도에 핵무기를 두는 것을 전제로 하는 것이 아니라는 점은 공지의 사실”이라고 말했다.
2007년 6월 3일, 참여정부 평가포럼(약칭 참평포럼) 특강이 열린 서울 양재동 교육문화회관에서 강연하였다. 참여정부와 역대 정부의 성장률, 수출 증가, 주가 추이 등에 대한 지표를 조목조목 들면서 “어느 정부와 비교해서 실패라는 얘기냐”라고 반박했다. 이어 “아무런 전략도 없이 참여정부의 성과를 파탄이니, 실패니 공격하는 것만으로 우리 경제를 일류로 만들 수 없다”라며 한나라당과 이명박, 박근혜 대선 주자를 비판하였다.
2007년 6월 8일, 참여정부 평가포럼에서 한나라당 후보들에 대한 내용을 발언하였고, 한나라당은 노무현을 선거법 위반으로 선거관리위원회에 고발하였다. 이에 선거관리위원회는 선거 중립 위반이라고 결정했다. 노무현은 그 결정에 대해 선거 중립 의무에서 “어디까지가 선거운동이고 정치중립인지 모호한 구성요건은 위헌”이며, “세계에 유례가 없는 위선적 제도”라고 주장했다.
2007년 6월 10일, 6월 민주항쟁 기념일로 지정한 이래 처음으로 열리는 공식 기념식에서 노무현은 6월 민주항쟁은 국민의 정의와 민주주의가 승리했다는 점과 군사 독재의 시대를 끊어내었다는 점을 강조했다. 또 민주 세력의 분열과 수구 세력의 기회주의가 6월 민주항쟁의 성과를 반으로 깎아내리고 있음을 덧붙였다. 이어 기득권 세력과 수구 언론이 개혁을 반대하고 진보를 가로막고 있음을 말하면서, “민주 세력 무능론까지 들고 나와 민주적 가치와 정책이 아니라 지난날 개발 독재의 후광을 빌려 정권을 잡으려 하고 있다”라고 지적했다. 과거 언론 보도와 관련하여 수구 언론이 지난날 독재 권력의 앞잡이에서 지금은 그들 스스로 권력으로 등장해 민주 세력을 흔들고, 수구의 가치를 수호하는 데 앞장서고 있다고 말하며 “1987년 이후 숙제로 남아 있는 지역주의 정치, 기회주의 정치를 청산해야 한다”라고 강조했다. 그러나 “수구 세력에게 이겨야 한다는 명분으로 다시 지역주의를 부활시켜서는 안 될 것이고 기회주의를 용납해서도 안 된다”라고 말했다.
2007년 9월 12일, 노무현은 제주도서귀포에서 열린 ‘제주 혁신도시 기공식’에 참석하여 축사를 통해 “균형 발전 정책은 참여정부의 상징적인 국가 발전 전략”이라고 소개하였다. “균형 발전 정책이 국가의 정의로운 목표로 뿌리 내려 어떤 정부도 이를 흔들 수 없도록 해야 한다”라고 말하면서 수도권 규제 완화 등 과거로의 회귀를 주장하는 세력이 있고, 그에 따라 2단계 균형 발전 정책으로 세제 혜택 등 유인책을 제공하고 있음을 강조했다. 한편으로는 성공 여부는 그 지방의 역량에 달려 있음을 아울러 강조하면서 국토균형 발전 정책의 지속적이고 자발적인 추진을 강조했다.
이명박이 대통령으로 취임한 첫날에 노무현 정권 인사들이 고의적으로 청와대의 컴퓨터 시스템에 보안 장치를 걸어 새 정권이 시스템을 사용 못하게 막아 놓았다는 뉴스가 나왔고, 그 후 약 2주간 시스템을 사용하지 못했다고 한다. 알고 보니 단순히 화면 보호기에 암호가 걸렸으며, 이는 남아 있는 ‘e-지원’ 담당자에게 물어보면 충분히 알 수 있는 일이었다고 한다.
2007년 12월 20일, 남상국의 처 김선옥과 동생 등 유가족이 남상국의 명예훼손 혐의로 소송을 제기하였다. 이는 노무현의 당시 그의 실명을 언급하며 “대우건설 사장처럼 좋은 학교 나오시고 크게 성공하신 분들이 시골에 있는 별 볼일 없는 사람에게 가서 머리 조아리고 돈 주고 그런 일 이제는 없었으면 좋겠다”라고 한 것이 원인이 됐다. 당시 노무현의 공개적인 발언 직후 남상국은 자살했다.
2008년2월 25일, 차기 대통령인 이명박의 취임식에 참석한 후 KTX를 타고 밀양을 거쳐 고향인 경상남도김해봉하 마을로 귀향했다. 그는 퇴임 후 고향으로 내려간 첫 대통령으로 꼽혔으며, 봉하 마을에 대한 관심이 또한 특정 누리꾼의 화제가 되었다. 노무현의 귀향으로 김해시 봉하 마을에 지지자 및 관광객들의 발길이 끊이질 않아 관광지로 급부상했다. 언론에 비친 모습을 통해 특정 누리꾼들에게 친근한 대통령으로 다가왔다. 또한 특정 네티즌들은 ‘노간지’라는 애칭을 붙여 줬다.노무현이 봉하 마을 귀향 이후 관심을 갖고 추진한 사업으로 오리쌀 농법과 화포천 정화, 생태숲 조성 등 친환경·친농촌 생태사업이 있다.
2008년 4월 20일, 그는 광주광역시북구 오치동에 위치한 노씨 문중 선산에서 열린 종친회 삼릉단 제종회 대제에 참석해 제관인 초헌관 자격으로 제를 지냈다. 같은 날 오후에는 국립 5·18 민주묘지를 참배했다.
옮긴 건에 대하여 검찰에 불법적인 ‘무단 유출’로 기록물에 관련된 전 비서관과 행정관들을 고발하여 수사가 진행되었다. 기록원의 고발 조치에 대해 노무현 측 비서관인 김경수는 “청와대와 정부의 목적이 기록 회수가 아닌 참여정부 흠집 내기였음이 분명해진 것”이라고 밝히며 “참모진과 향후 대응 방안을 논의하겠다”라고 말했다. 검찰이 대통령 기록물 유출 실체 규명에 나서게 됨에 따라 신·구 정권 간 대립과 갈등이 격해질 것이라는 시각도 있다. 한편 회수 조치를 하는 와중에 기록이 담긴 하드디스크(데이터)뿐만 아니라 노무현이 개인 자금으로 구매한 e-지원 시스템 서버(하드웨어)까지 반환하라고 요구했고, 노무현 측은 개인 재산이라는 이유로 거부했다. 이때 대통령기록물 관리에 관한 법률 제17조 5항에 따르면, 전직 대통령 및 전직 대통령이 지정한 대리인은 대통령 기록물을 열람할 수 있고, 그것이 비밀로 지정되어 있지 않다면, 그것을 출판하거나 언론매체에 공표할 수 있다고 규정되어 있다(다만 이 조항은 2010년 2월 4일 개정되었다). 그러나 법률 내용에도 불구하고 외부로 반출하여 지정되지 않은 장소에 보관하는 것은 기록물의 관리 및 보안상 유출 우려가 있어 인정할 수 없다는 것이 법학자들의 다수 견해가 있었다.
2008년 9월 18일, 그는 건전한 토론 문화 조성을 취지로 인터넷 토론 사이트 ‘민주주의 2.0’을 개설했다. 노무현 측은 사용자 참여 중심의 인터넷 환경인 ‘웹 2.0’에서 착안한 이름으로 체계적 토론을 통해 더 나은 민주주의 공동체를 만들어 가자는 뜻을 담고 있다고 설명했다.
2008년 10월 21일, 보수적 성향의 시민단체인 자유시민연대(대표회장 이강욱)는 노무현을 국가보안법 및 대통령 기록물 관리에 관한 법률 위반 혐의로 서울중앙지검 첨단범죄수사부에 소송을 제기하였다.
2009년10월 29일, 노무현과 관련한 기록물 유출 의혹 사건을 노무현의 자살로 인하여 검찰에서 불기소 종결했다.
*가족·친인척 비리 검찰 수사
노무현은 재임 기간 친인척의 비리를 경계하여 인명부를 작성하여 관리까지 하면서 친인척 비리를 근절하려 했으나, 부인과 자녀 등이 노무현의 퇴임 후 금품을 수수한 혐의로 검찰 수사를 받게 되었다. 노무현 본인은 부인과 가족이 금품을 수수한 사실을 몰랐다고 주장했으나, 포괄적 뇌물죄 혐의로 검찰 소환 조사를 받게 되었다. 노무현이 직접 금품을 수수한 것은 아니지만, 그의 딸인 노정연 등 가족들이 미국 주택 계약서를 찢어버렸다고 주장 하고 박 전 회장에게서 받은 개당 1억원 상당의 명품 외제시계 2개를 버렸다고 주장하는 등 금품 수사에 대한 증거를 인멸하는 것으로 여겨지는 행위를 시도했다는 점에서 금품수수 사실이 기정사실화되어 비판이 제기되었다.
추후 2009년12월 18일, 박연차로부터 금품을 받은 정상문의 재판 판결문에서 노무현이 박연차로부터 돈을 빌렸다는 내용이 포함되었다.
2008년 10월, 박연차가 정관계 인사 등에게 로비를 벌였다는 의혹이 제기되었다. 이때 이명박의 친형 이상득 의원이 로비 상대로 거론되었다.
2008년 12월 4일, 노무현의 친형 노건평은 세종증권 매각비리 의혹과 관련, 농협의 인수 청탁과 함께 29억여 원을 받은 혐의로 영장 실질 심사를 거쳐 구속 수감되었다.
2008년 12월 5일, 자신의 친형인 노건평의 비리 사건에 대해 “내가 사과하면 형님의 죄를 인정하는 것”이라며 대(對)국민 사과를 거부하였다.
2009년 3월 26일, 이호철 전 민정수석과 정윤재 전 비서관이 금품을 수수했다는 오보를 문화일보 등에서 보도하였다. 이때 노무현 게이트라는 말을 문화일보에서 처음으로 사용했고, 이로 말미암아 이호철 및 정윤재로부터 명예훼손에 따른 손해배상 소송에 휘말렸다.
2009년 4월 7일, 노무현은 검찰이 정상문 전 청와대 비서관을 체포하자 자신의 개인 공식 홈페이지에 부인 권양숙이 박연차로부터 돈을 받아 사용했다는 내용의 사과문을 게재했다.그러나 사과문에 대해 한나라당 최고위원 박순자는 같은 날 기자 회견에서 “석고대죄를 해도 시원찮을 판에 노회한 승부수를 던지는 모습에 국민들은 참담한 배신감을 느끼고 있다”라며 비판하였다.
2009년 4월 10일, 검찰은 노무현에 대해 ‘포괄적 뇌물 수수죄의 공범’ 혐의를 주장했다.
2009년 4월 11일, 기업인 박연차의 돈을 뇌물 수수한 혐의로 조카사위 연철호가 긴급 체포되었다.2009년 4월 12일, 뇌물 수수 관련 혐의로 그의 부인인 권양숙이 검찰 소환 조사를 받았다. 이때 문재인은 변호인 자격으로 동행하였다. 같은 날 아들 노건호가 소환 조사 받았다.
2009년 4월 19일, 권양숙 여사가 빌려 썼다는 3억 원에 대해 ‘검찰이 거짓임을 확인’했다고 보도했다. 당시 권양숙 여사가 정상문 비서관에게 말해 박연차로부터 돈을 빌렸다고 진술했다. 그러나 12월 18일 정상문 유죄 판결문에서는 노무현이 3억 원을 빌렸다는 사실을 적시했다.
2009년 4월 22일, 검찰이 노무현에게 박연차의 정관계 로비 의혹 수사와 관련된 서면 질의서 7장을 발송했다. 그에 대한 답변서(진술서)를 4월 25일 노무현이 검찰에 전자 우편으로 먼저 제출했고, 검찰은 이것을 검토하였다.
2009년 4월 30일, ‘포괄적 뇌물 수수죄’ 피의자 혐의로 노무현은 검찰에 출석, 10시간 가량의 조사를 받았다. 뇌물 수수에 관해 대체로 부인한 것으로 알려졌다. 박연차 태광실업 사장과 대질 신문은 노무현 측의 거부로 결국 실시되지 않았다.
2009년 5월 13일, 노무현의 부인 권양숙이 노무현의 회갑 선물로 받은 1억 원짜리 시계 두 개를 논두렁에 버렸다고 검찰에 진술하였다고 언론에 보도되었다. 이에 “부인·아들에 딸까지 돈을 받고 이제는 증거 인멸 시도까지 하느냐”며 강하게 비판하는 여론이 형성되었다. 검찰은 노무현이 검찰 조사에서 “논두렁”이라는 말은 없었고, “집에서(권양숙 여사로부터) 버렸다는 말을 들었다”라고 진술했다고 확인했다.
2009년 5월 14일, 노무현의 딸 노정연이 받은 40만 달러를 놓고 검찰과 노무현 측이 진실 공방을 벌였으며, 검찰은 권양숙을 5월 16일 재소환하기로 했다.
2009년 6월 12일, 검찰은 23일 박연차 사건과 관련하여 노무현을 조사하던 부분을 ‘공소권 없음’ 처분을 하고, 관련된 수사를 종결하기로 결정했다. 또한 박연차의 정·관계 로비에 관한 수사도 노 전 대통령의 장례가 마무리될 때까지 당분간 중단하기로 했다. 장례가 마무리된 이후에 검찰은 수사에 착수했으나, 노무현에게 뇌물 수수 혐의가 있다고만 했을 뿐 그 구체적인 내용이나 증거 등에 대해서는 밝히지 못했다. 또한 박연차로부터 금품을 직접 받은 민 모 전 전주 지검장, 박 모 부장판사, 이 모 전 청와대 민정수석 등과 박연차가 로비를 벌였던 이상득 의원 등에 대해서는 무혐의 처분을 했으면서, 금품을 직접 받은 적이 없는 노무현에 대해서만 혐의를 씌운 검찰에 대해 형평성을 잃었다는 비판이 있다. 한편 박연차 관련 뇌물 수수 사건에서 박연차는 대가성을 부인하였다.
2009년 9월 9일, 해운회사로부터 비자금과 관련해 세무 조사를 무마해 달라는 청탁과 함께 거액을 받은 혐의로 기소됐던 정상문 전 청와대 총무비서관이 1심부터 대법원까지 모두 무죄 판결을 받았다.
2009년 9월 17일, 박연차가 여러 정치인에게 뇌물을 준 뇌물공여죄의 혐의로 1심에서 유죄 판결을 받았다. 그러나 노무현 및 그 가족과 관련해서는 뇌물 수수 혐의가 확인되었다고 발표했으나 기소하지 않았다. 이에 대해 보수 언론은 “노무현이 재판을 받았다면 유죄”라고 단정하거나 추정했다.
2009년 12월 16일, 이호철 전 민정수석과 정윤재 전 비서관이 금품을 수수했다는 문화일보의 기사 내용이 오보이므로 손해배상 및 정정 보도를 하라고 판결했다.
2009년 12월 18일, 박연차로부터 금품을 받은 정상문 전 청와대 총무비서관이 항소심에서도 유죄 판결을 받았다. 그러나 “(노무현을 위해) 15억 원이나 관리하면서 박연차로부터 노무현이 3억 원이나 빌릴 때에도 그 돈을 내놓지 않고 차명 계좌에 은닉하고 있었다는 것을 믿을 국민은 없다”라고 판시하면서 노무현이 뇌물 수수에 관련되지 않았음을 밝혔다.
검찰 수사에 대해서는 형평성을 잃었다는 비판이 제기되었으며, 여론 조사에서도 검찰 책임론이 대두되었으나 검찰은 원칙대로 수사하였다고 주장하였다. 서거 이후 ‘노무현 정권에 대한 정치 보복’이라는 말은 공공연해졌다. 또한 노무현의 죽음에 대해 민주당 천정배 의원은 “노무현 전 대통령의 서거는 권력기관의 사유화와 보수언론의 탐욕이 만들어낸 재앙이다”라고 말하여 보수 언론과 함께 검찰에게 책임이 있음을 강조하였다.
박연차 태광그룹 회장으로부터 시작된 검찰 수사는 노무현의 일가와 주변 인물에만 집중됐다는 지적이 있다. 정상문 전 비서관 구속으로 이어졌고, 대부분의 ‘언론’은 봉하 마을에 있는 노무현의 사저 앞에서 24시간 대기에 들어갔다. 노무현은 자신의 홈페이지에 “저의 집은 감옥입니다”라고 괴로운 심경을 드러냈다. 검찰이 박연차 회장으로부터 세무 조사 무마 청탁을 받은 것으로 알려진 이명박 대통령의 친형인 이상득 의원에 대해서는 혐의가 없어 수사 초기 단계에서 제외됐다는 점을 문제 삼았다. 이번 검찰 수사는 2008년 7월 ‘태광실업 특별 세무 조사’에 대한 한상률 당시 국세청장의 청와대 보고 후 시작됐다. 검찰은 여기서부터 현 정권 핵심의 의중에 따라 수사를 진행했을 가능성이 제기돼 왔었다. ‘정권의 하수인’으로 검찰이 노무현을 수사했다는 의혹이다. 그리고 검찰이 수사 과정을 언론에 피의사실을 공표하여 피의 사실 공표 금지법을 검찰 스스로 위반하였으며, 그 뒤 수사 과정에서 노무현 및 그 가족의 피의 사실 입증에 실패하자 스스로 ‘빨대’ 논쟁을 일으키는 등의 무리수를 두었다는 지적이 있다. 검찰의 수사에 대한 비판은 한나라당 내부에서도 제기되었다. 한나라당 홍준표 의원은 “나는 가장 큰 실수가 노 대통령에 대한 신병처리 결정을 빨리 하지 않은 거라고 본다. 구속 여부를 신속하게 했어야지. 전직 대통령 수사를 하면서 이래저래 모욕감을 주는 행동을 한 셈”이라며 검찰을 비판했다.
그러나 이는 노무현 측근들의 지속된 거짓 증언 및 증거 인멸로 의심되는 행위를 하는 등 노무현 측근들이 스스로 자초한 측면도 있다는 지적이 있다. 한편에서는 그 물품 자체를 받은 사람이 노무현 부처가 아니라 노건평이었다는 주장도 있었다.
이후 검찰 책임론이 거세지자 임채진 검찰총장은 모든 책임을 지고 사표를 제출해 퇴임했고, 이인규 대검찰청 중수부장도 사표를 내 퇴임했다.
또한 노무현에 대한 구속 여부에 대해 불구속으로 내정한 상태라고 했던 검찰 발표에 대해서는 부적절했다는 의견도 있다. 박연차에게서 금품을 직접 받은 사람은 모두 참고인으로서 이미 “불구속”이 확정된 상태였음에도 유독 금품을 받지 않은 노무현에게만 피의자로서 구속 여부를 심의했다는 점도 불공평했다는 비판이 있다. 이 때문에 금품을 직접 받은 사람은 참고인, 금품을 직접 받지 않은 사람은 피의자가 되는 불합리한 일이 벌어지기도 했다. 한편 박연차는 금품은 주었지만 대가성은 없었다고 주장했다. 그러나 포괄적 뇌물죄는 돈을 직접 받을 경우 대가성이 없더라도 처벌이 가능하다는 점에서 비판이 있다. 노무현 본인에게서는 아무런 혐의점을 찾지 못했음에도 대가성을 거론하며 처벌이 가능하다고 주장했다는 비판이 있다. 그러나 측근들이 금품을 받은 것을 알고 있었고 묵인했다면 대가를 바라고 준 것이므로 처벌하는 것이 옳다는 주장도 있다.
결국 검찰의 ‘표적 수사’ 논란 속에서 “박연차 리스트” 수사가 전직 대통령의 자살이라는 큰 상처만 남기고 종결됐다. 야당과 진보 성향의 시민 단체들은 검찰 수사에 대한 노골적인 비판을 가했으며, 검찰 수사와 관련된 시국 선언도 줄을 이었다. 대검찰청 홈페이지에는 검찰을 비하하는 ‘떡검’이라는 표현이 넘치며, 검찰을 견제하기 위한 공직자 부패 수사처를 신설해야 한다는 주장과 비판이 제기되었다. 그러나 보수 언론 및 시민단체에서는 전직 대통령이라도 법 위에 군림할 수 없고 죄를 지으면 누구나 처벌받을 수 있다는 원칙을 다시 세움으로써 대한민국이 법치국가임을 재확인했다고 주장했다. 그럼에도 불구하고 검찰은 노무현과 관련한 인물에 대해 그가 죽었다는 이유로 기소하지 않은 데 대해 이의가 제기되었다. 이는 예전에 노건평과 남상국 사이에 벌어졌던 뇌물 수수 사건에서 남상국이 자살했음에도 노건평을 기소한 예와도 모순이 된다는 의견도 있으며, 검찰이 노무현과 관련한 사항에서 유죄가 확실하지 않았기 때문에 기소하지 않았다는 비판이 있다. 이와 별개로 검찰은 노무현의 아내인 권양숙의 거짓 증언이 사법 방해에 해당한다고 주장하면서 이를 근거로 뇌물 수수 혐의로 기소하려 했으나 노무현의 자살에 따른 동정 여론으로 인해 기소조차 하지 못했다는 비판도 있다. 앞서의 남상국 예와 같이 과거에 자살한 사람에 대해 그 상대방을 기소한 전례가 있기 때문이다. 다만 박연차와 권양숙이 관련된 자금에 대해서는 뇌물이 아닌 빌린 돈이라고 정상문 유죄 판결문에서 적시했다.
*입장 표명
“저희 집(권양숙 여사)이 박 회장의 돈을 받아 빚을 갚았다. 퇴임 직후 이 사실을 알았다”
2009년4월 7일, 개인 홈페이지인 ‘사람사는세상’에 “저와 제 주변의 돈 문제로 국민 여러분의 마음을 불편하게 해 드리고 있습니다. 송구스럽기 짝이 없습니다. 더욱이 지금껏 저를 신뢰하고 지지를 표해주신 분들께는 더욱 면목이 없습니다. 깊이 사과드립니다”라고 글을 올렸다.
2009년4월 22일, ‘사람사는세상’을 폐쇄하고 ‘절필’을 선언, “나를 버려라”고 호소했다. “더 이상 노무현은 여러분이 추구하는 가치의 상징이 될 수가 없습니다. 저는 이미 민주주의, 진보, 정의, 이런 말을 할 자격을 잃어버렸습니다. 저는 이미 헤어날 수 없는 수렁에 빠져 있습니다. 여러분은 이 수렁에 함께 빠져서는 안 됩니다. 여러분은 저를 버리셔야 합니다”라고 글을 올렸다.