[조특법] 농어촌ㆍ고향주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용시한 3년 연장

[김태호]

법률 제11133호 [2011.12.31 공포, 2012.1.1 시행]

조세특례제한법 일부개정법률안(대안)(1814393)

■ 제안이유

임시투자세액공제제도를 고용창출투자세액공제제도로 전환하여 일자리 창출을 지원하고, 농협중앙회의 사업구조 개편을 지원하기 위한 세제혜택을 신설하며, 지방이전 기업에 대한 세제혜택을 3년간 연장하여 시행하되 지방 대도시에서 수도권과밀억제권역으로 이전하는 경우에는 세제혜택을 폐지하고, 수도권성장관리권역에 있던 공공기관이 혁신도시로 이전하는 경우 법인세 등 감면혜택을 신설하며, 첨단의료복합단지에 입주하는 기업에 대한 세제혜택을 신설하고, 서비스분야 연구개발에 대한 세액공제를 신설하되 자체 연구개발만으로 혜택범위를 한정하며, 물류산업 육성을 위하여 제3자 물류비용 세액공제의 감면요건을 완화하고, 외화표시채권의 이자소득에 대한 면세혜택을 축소하며, 농어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용기한을 연장하고, 군 체력 단련장에 공급하는 석유류에 대해서는 부가가치세와 개별소비세를 과세하며, 농어민이 직접 수입하는 기자재에 대한 부가가치세 사후환급을 실시하고, 국민주택 규모를 초과하는 공동주택에 공급하는 일반관리·경비·청소용역에 대한 부가가치세 면제 및 영유아용 기저귀와 분유에 대한 부가가치세 면제의 적용기한을 연장하며, 시내·마을버스용 전기버스 공급에 대한 부가가치세를 면제하고, 농어민이 직접 수입하는 기자재의 수입에 대한 부가가치세 면제 기한을 연장하며, 농어업용 및 연안여객선박용 면세유의 공급기한과 금지금에 대한 부가가치세 면제 적용기한 및 일반택시 사업자에 대한 부가가치세 경감제도의 적용기한을 연장하고, 경감세액의 부당지급에 대한 추징금 산정방식을 변경하며, 원산지확인서 발급에 대해 부가가치세액을 공제하고, 전기자동차에 대한 개별소비세를 면제하고, 농식품투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자하는 경우 증권거래세를 면제하려는 것임.

■ 주요내용

가. 중소기업의 경쟁력을 강화하기 위하여 중소기업에 대한 특별세액감면 적용시한을 2014년 12월 31일까지 3년 연장(안 제7조제1항)

나. 대ㆍ중소기업 상생협력 출연금 세액공제 적용대상에 온실가스 감축 및 에너지 절약을 지원하기 위한 출연금을 추가(안 제8조의3제1항)

다. 서비스 개발 활동 등을 과세특례 대상 연구개발의 범위에 추가(안 제9조제5항)

라. 중소기업창업투자회사등의 주식양도차익 등에 대한 비과세 특례 등 신설(안 제13조제1항, 제3항 및 제14조제1항, 제4항, 제5항 및 제8항)
1) 중소기업창업투자회사등이 직접 또는 중소기업창업투자조합 등의 조합을 통하여 신기술창업전문회사에 출자하여 취득한 주식 등에 대해 주식양도차익 및 배당소득에 대한 법인세 등을 비과세하고, 출자할 수 있는 조합의 범위에 농식품투자조합을 추가함.
2) 대학 보유 기술의 사업화 촉진 및 농식품투자조합의 활성화에 이바지할 것으로 기대됨.

마. 중소기업창업투자조합 출자 등 소득공제 의무보유기간 완화(안 제16조제2항)
1) 중소기업창업투자조합 등에 출자 시 소득공제 혜택을 받기 위한 출자지분 등의 보유기간을 5년에서 3년으로 단축함.
2) 투자자들의 투자금 조기 회수를 통한 재투자 활성화에 이바지할 것으로 기대됨.

바. 외국인기술자에 대한 소득세 감면제도의 적용시한을 2014년 12월 31일까지 3년 연장(안 제18조제1항 및 제2항)

사. 국내에서 발행되는 외화표시채권의 이자 및 외국법인의 국내사업장이 인수하는 외화표시채권ㆍ어음ㆍ예금증서 등의 이자에 대해서 소득세ㆍ법인세를 면제하였으나 앞으로는 과세로 전환(안 제21조제1항)

아. 에너지절약시설 투자에 대한 세액공제 적용시한을 2013년 12월 31일까지 2년 연장(안 제25조의2제1항)

자. 고용창출투자세액공제제도의 공제율 및 공제한도 확대(안 제26조)

차. 중소기업 취업 청년에 대한 소득세 감면제도 신설(안 제30조)
중소기업에 취업하는 청년에 대하여 취업 후 3년간 근로소득세를 100퍼센트 감면함.

카. 고용유지중소기업 등에 대한 과세특례 적용시한을 2012년 12월 31일까지 1년 연장(안 제30조의3제1항 및 제3항)

타. 중소기업의 고용증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제제도 신설(안 제30조의4)

파. 현물출자 등을 통한 법인전환 시 양도소득세 이월과세 혜택에 대한 사후관리규정 마련(안 제32조제5항)

하. 공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례 등 적용시한을 2014년 12월 31일까지 3년 연장하되(안 제60조제2항, 제61조제3항, 제63조제1항, 제63조의2제1항), 지방 대도시에서 수도권성장관리권역으로 이전하는 경우에 대한 과세이연 혜택은 폐지(안 제60조제2항)

거. 중소기업의 공장 이전에 대한 과세특례 적용시한 3년 연장(제85조의8 제1항)

너. 농어가목돈마련저축 비과세 적용시한 3년 연장(안 제87조의2)

더. 노인 등의 생계형저축 비과세 적용시한 3년 연장(안 제88조의2제1항)

러. 세금우대종합저축 과세특례 적용시한 3년 연장(안 제89조제1항)

머. 해외자원개발투자회사 등 배당소득에 대한 과세특례 적용시한 3년 연장(안 제91조의6제1항)

버. 농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용시한 연장(제99조의4 제1항)
도시자금의 농어촌ㆍ고향지역 유입을 유도하기 위하여 농어촌주택ㆍ고향주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용시한을 2014년 12월 31일까지 3년 연장함.

서. 저소득 근로빈곤층에 대한 근로장려금 제도 개선(안 제100조의3제1항, 제100조의4제1항, 제100조의5제1항, 제100조의6제6항, 제100조의9제1항 및 제100조의13)
부양자녀가 없는 경우에도 소득에 따라 근로장려금을 받을 수 있도록 하고, 대통령령으로 정하는 일부 사업소득자를 근로장려금의 적용대상에 포함시키며, 주택 요건을 완화하고, 일시적으로 저소득이 발생한 고임금 상용근로자를 수급대상에서 제외하기 위하여 총소득기준을 월별로 환산하여 적용하도록 하며, 부양자녀 수에 따라 적용대상 범위와 지급금액을 합리적으로 차등 조정하는 등 근로장려금 제도를 개선ㆍ보완함.

어. 마이스터고 등 재학생의 현장훈련수당 등 세액공제 신설(안 제104조의18제4항 신설)

저. 석유제품 전자상거래에 대한 세액공제 신설(안 제104조의25 신설)

처. 농어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용기한을 2014년 12월 31일까지 3년간 연장(안 제105조제1항)

커. 군 체력 단련장에 공급하는 석유류에 대해서는 부가가치세와 개별소비세를 과세(안 제105조제1항제2호)

터. 농어민이 직접 수입하는 기자재에 대해 부가가치세 사후환급 실시(안 제105조의2)

퍼. 국민주택 규모를 초과하는 공동주택에 공급하는 일반관리·경비·청소용역에 대한 부가가치세 면제의 적용기한을 2014년 12월 31일까지 3년 연장(안 제106조제1항제4호의2)

허. 시내·마을버스용 전기버스 공급에 대한 부가가치세를 2014년 12월 31일까지 면제(안 제106조제1항제9호의2)

고. 영유아용 기저귀와 분유에 대한 부가가치세 면제의 적용기한을 2014년 12월 31일까지 3년 연장(안 제106조제1항제11호)

노. 농어민이 직접 수입하는 기자재의 수입에 대한 부가가치세 면제 기한을 2014년 12월 31일까지 3년 연장(안 제106조제2항 제9호)

도. 농어업용 및 연안여객선박용 면세유의 공급기한을 2015년 12월 31일까지 연장(안 제106조의2)

로. 금지금에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2012년 12월 31일까지 1년 연장(안 제106조의3)

모. 일반택시 사업자에 대한 부가가치세 납부세액 경감제도의 적용기한을 2013년 12월 31일까지 2년 연장하고, 경감세액의 부당지급에 대한 추징금 산정방식을 변경(안 제106조의7제1항 및 제3항)

보. 원산지확인서 발급에 대해 부가가치세액을 공제(안 제106조의8)

소. 전기자동차에 대해 2014년 12월 31일까지 개별소비세를 면제(안 제109조제4항부터 제6항까지)

오. 농식품투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자하는 경우 2012년 12월 31일까지 증권거래세를 면제(안 제117조제1항)

조. 외국인투자기업의 증자에 대한 조세감면제도 개선(안 제121조의4제2항 및 제4항)
1) 외국투자가가 이익처분등에 의하여 배당받은 주식 또는 출자지분으로 증자하는 경우에는 그 배당의 근거가 되는 소유주식 또는 출자지분의 감면의 예에 따라 남은 기간에 대해서만 감면을 적용함.
2) 감면종료된 사업의 자산을 증자한 사업에 사용하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우 감면대상세액에 증자 등기일 이후 취득ㆍ설치한 사업용 고정자산이 증자분 감면사업의 사업용 고정자산에서 차지하는 비율을 곱한 금액에 대해서만 감면을 적용함.

초. 첨단의료복합단지에 입주하는 기업에 대한 법인세·소득세 과세특례 신설(안 제121조의22 신설)

코. 농업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 조세특례를 신설하여 농업협동조합중앙회의 구조개편 시 발생하는 법인세, 부가가치세, 증권거래세, 교육세 등을 면제(안 제121조의23 신설)

토. 신용카드 등 소득공제제도 개편(안 제126조의2제2항)
전통시장 활성화를 지원하고 건전한 소비를 유도하기 위하여 전통시장 사용분에 대해서는 소득공제율을 30퍼센트로 확대하고 추가로 100만원까지 공제한도를 확대하는 한편, 체크ㆍ선불카드 사용금액에 대해서도 30퍼센트로 소득공제율을 확대함.

포. 연구개발특구ㆍ제주첨단과학기술단지ㆍ제주투자진흥지구ㆍ제주자유무역지역 또는 아시아문화중심도시 투자진흥지구 입주기업 등에 대한 감면한도 적용 제외대상을 2010년 12월 31일까지 입주한 기업에서 2010년 1월 1일 전에 연구개발특구 등에 입주하기 위하여 입주협약 또는 양해각서를 체결하고 2012년 12월 31일까지 연구개발특구 등에 입주한 기업도 포함되도록 보완(안 법률 제10406호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제54조, 제63조, 제64조 및 제66조)

부칙

제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제87조제2항 및 제6항, 제100조의3(제1항제2호 각 목 외의 부분 단서 및 같은 호 나목은 제외한다)부터 제100조의6까지, 제100조의9, 제100조의13, 제104조의23 및 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제45조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제116조제1항제5호 및 제121조의23의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행하며, 제100조의15제1항 및 제147조의 개정규정은 2012년 4월 15일부터 시행하고, 제105조제1항제2호의 개정규정은 2013년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.

③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.

⑤ 이 법 중 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 교육세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세물품을 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하는 분부터 적용한다.

⑥ 이 법 중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.

⑦ 이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.

제3조(중소기업에 대한 특별세액감면에 관한 적용례) 제7조제1항의 개정규정은 2012년 1월 1일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.

제4조(대ㆍ중소기업 상생협력을 위한 기금 출연 시 세액공제에 관한 적용례) 제8조의3제1항제2호의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 출연하는 분부터 적용한다.

제5조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제9조제5항의 개정규정은 2012년 1월 1일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.

제6조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세에 관한 적용례) 제13조제1항부터 제3항까지의 개정규정 중 신기술창업전문회사에 관한 부분은 2012년 1월 1일 이후 최초로 출자하는 분부터 적용하고, 농식품투자조합에 관한 부분은 2012년 1월 1일 이후 양도하는 주식이나 출자지분 또는 지급받는 배당소득 분부터 적용한다.

제7조(창업자 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) ① 제14조제1항의 개정규정 중 신기술창업전문회사에 관한 부분은 2012년 1월 1일 이후 최초로 출자하는 분부터 적용하고, 농식품투자조합에 관한 부분은 2012년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용한다.

② 제14조제4항 및 제5항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 발생하는 소득분부터 적용한다.

제8조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) ① 제16조제1항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.

② 제16조제2항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 출자지분 또는 투자지분을 이전ㆍ회수하거나 수익증권을 양도ㆍ환매하는 분부터 적용한다.

제9조(국제금융거래에 따른 이자소득 등에 대한 법인세 등의 면제에 관한 적용례) 제21조제1항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 발행ㆍ차입ㆍ매각하는 외화표시채권, 외화채무, 외화표시어음 또는 외화예금증서부터 적용한다.

제10조(고용창출투자세액공제에 관한 적용례) 제26조 및 제144조제3항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.

제11조(중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 면제에 관한 적용례) 제30조의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 취업하여 지급받는 소득분부터 적용한다.

제12조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제32조제5항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 사업을 폐지하거나 유상감자하는 분부터 적용한다.

제13조 (공공기관이 혁신도시로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 적용례) ① 제62조제1항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 종전부동산을 양도하는 분부터 적용한다.② 제62조제4항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 본점 또는 주사무소를 이전하는 분부터 적용한다.

제14조(청약저축 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제87조제2항 및 제6항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 납입한 분부터 적용한다.

제15조(근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제94조제1항제5호의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 취득하는 분부터 적용한다.

제16조(근로장려금 신청자격 등에 관한 적용례) ① 제100조의3(제1항제2호 각 목 외의 부분 단서 및 같은 호 나목은 제외한다)부터 제100조의6까지, 제100조의9, 제100조의13, 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 제100조의2, 제100조의3 및 제100조의5(제1항 각 호 외의 부분 후단의 개정부분은 제외한다)의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 귀속되는 소득분부터 적용한다.

② 제100조의3제1항제2호 각 목 외의 부분 단서 및 같은 호 나목의 개정규정은 2012년 1월 1일이 속하는 과세연도에 귀속되는 소득분부터 적용한다.

제17조(동업기업과세특례의 적용범위에 관한 적용례) 제100조의15제1항의 개정규정은 2012년 4월 15일 이후 적용신청하는 분부터 적용한다.

제18조(대학 맞춤형 교육비용 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의18제4항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 비용을 지급하는 분부터 적용한다.

제19조(국제회계기준 적용 내국법인등에 대한 대손충당금 환입액의 익금불산입에 관한 적용례) 제104조의23의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.

제20조(석유제품 전자상거래에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의25의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.

제21조(농어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급에 관한 특례의 적용례) 제105조의2의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 환급신청하거나 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.

제22조(일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감에 관한 적용례) 제106조의7의 개정규정은 2012년 1월 1일이 속하는 과세기간의 경감분부터 적용한다.

제23조(원산지확인서 발급에 대한 부가가치세 세액공제에 관한 적용례) 제106조의8의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 재화를 공급하면서 발급하는 분부터 적용한다.

제24조(2012여수세계박람회 외국 참가자 등에 대한 부가가치세 환급에 관한 적용례) 제107조제9항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 환급신청하는 분부터 적용한다.

제25조(증자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의4제2항 및 제4항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 증자하여 조세감면을 신청하는 분부터 적용한다.

제26조(첨단의료복합단지에 입주하는 기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의22의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 첨단의료복합단지에 입주하는 기업부터 적용한다.

제27조(농업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례) ① 제121조의23제1항의 개정규정은 2012년 3월 2일 이후 최초로 분할하는 분부터 적용한다.

② 제121조의23제2항의 개정규정은 2012년 3월 2일 이후 주식의 포괄적 교환을 하는 분부터 적용한다.

③ 제121조의23제3항 및 제4항의 개정규정은 2012년 3월 2일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.

④ 제121조의23제5항의 개정규정은 2012년 3월 2일 이후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.

⑤ 제121조의23제8항의 개정규정은 2012년 3월 2일이 속하는 과세기간 분부터 적용한다.

제28조(신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2제2항의 개정규정은 2012년 1월 1일이 속하는 신용카드 등 사용금액 연간 합계액의 계산분부터 적용한다.

제29조(추계과세 시 등의 감면배제에 관한 적용례) 제128조제3항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 수정신고하는 분부터 적용한다.

제30조(문화접대비의 손금불산입 특례에 관한 적용례) 제136조제3항의 개정규정은 2012년 1월 1일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.

제31조(고용창출투자세액공제에 관한 특례) ① 2012년 1월 1일이 속하는 과세연도에 투자한 금액 중 2012년 1월 1일 전에 투자한 금액에 대하여 종전 제26조제1항 단서에 따른 공제한도를 계산할 때에는 제26조제1항제2호 단서의 개정규정을 적용하여 계산한다.

② 2012년 1월 1일이 속하는 과세연도에 투자한 금액 중 2012년 1월 1일 전에 투자한 금액에 대하여 종전 제26조제3항 전단에 따른 한도를 계산할 때에는 제26조제1항제2호 단서의 개정규정을 준용하여 계산한다. 이 경우 “해당 과세연도”는 “중간예납기간”으로 본다.

제32조(국제금융거래에 따른 이자소득 등에 대한 법인세 등의 면제에 관한 경과조치) 2012년 1월 1일 전에 발행ㆍ차입ㆍ매각한 외화표시채권, 외화채무, 외화표시어음 또는 외화예금증서에 대해서는 제21조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제33조(다른 법령의 인용에 따른 경과조치) 제74조제1항제1호나목의 개정규정 중 “「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단”은 2012년 1월 25일까지는 “「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단”으로 본다.

제34조(증자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 2012년 1월 1일 전의 증자분에 대해서는 제121조의4제2항 및 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.