아르케라는 행성의 사람들은 뛰어난 과학문명을 이용하여 그들 자신의 항성계 뿐만 아니라 성단 전체에 식민지를 건설, 지배한다. 그들은 인간의 잠재된 에너지(일종의 초능력이다)를 성단 간 우주선의 추진력으로 이용하는 방식을 사용하는 것이다. 이러한 인간능력은 유전공학과 물리학의 두가지 기술 영역에서 각각 독자적으로 크게 발전되어왔다. 유전공학자들은 인간의 DNA를 조작하는 방법을 통해 신인류의 초능력을 극대화하였으며 물리학자 그룹은 물리적 보조장치의 계발로 인류의 초능력을 발전시켜온 것이다.
어느날 아르케인들은 아주 멀리 떨어진 우주 공간에 자신들이 살아가기에 적합한 항성계(안타리아)가 존재한다는 것을 알게된다. 그리하여 아르케인들은 물리학자, 생명공학자들이 포함된 100명의 탐사대를 인공 동면시킨 후, 성단 간 우주선-오딧세이 호에 탑승시켜 일차적으로 파견한다.
그러나 우주선 내부의 예기치 못한 기술적 문제로 인해 100명의 승무원 중 겨우 25명만이 깨어나고 나머지는 기약없는 가사상태에 빠져든다. 살아남은 25명은 자신들이 착륙한 행성을 안타리아라 부르고, 후속대가 올 동안 기초적인 조사를 수행한다. 그러나 몇 년이 지나도 후속대는 오지 않았고, 25명의 승무원들은 안타리아에서 살아가는 동안 자신들이 전혀 늙지 않으며 생식능력 또한 상실한 것을 알게 된다.
승무원들은 안타리아를 아르케와 비슷한 환경으로 꾸며 나갔으며 동시에 그들 자신의 DNA를 복제하여 인간들은 만들어 살게 한다. 승무원들은 스스로를 신이라 칭하며, 그들이 만든 인간들은 불로불사(?)인 자신들의 창조자를 경배하며 새로운 문명을 건설한다.
그러던 중 신들은 그들의 출신 성향에 따라 두 파로 나뉘어져 싸움을 하게된다. 과거 물리학자 출신이었던 12명은 스스로를 주신이라 칭하며 선택받은 인간들로 구성된 천사군을 이끌고 13명의 생명공학자들, 즉 암흑신들을 타도하고자 한다. 주신들은 고도의 물리학적 지식을 이용해 마장기(인간의 능력을 극대화해주는 기계갑옷)를 만들고 이로 인해 암흑신들은 열세에 몰리게 되나 암흑신들은 암흑마법을 주무기로 이에 대항한다. 암흑마법은 물질과 차원의 균형을 붕괴시켜 자신의 존재내부로부터 강력한 힘을 이끌어내는 마법으로 이를 사용한 암흑신들은 신체가 비정상적으로 변형, 추악한 모습으로 변한다. 창세 초기의 신들의 전쟁을 라그나뢰크라 한다.
라그나뢰크 도중 모종의 이유로 잠들어 있던 75명의 승무원들이 깨어나게 되고, 그들은 이성을 상실한 채 엄청난 능력으로 안타리아를 파괴해 간다.(파괴신의 등장) 그들의 힘을 두려워한 25명의 신들은 스스로를 봉인하게 되고 파괴의 대상을 잃은 파괴신들은 멈추어 선 채로 석화된다. 신들의 전쟁을 끝났지만, 주신과 암흑신을 따르던 인간의 무리들 사이의 갈등은 깊어만 갔고 급기야 안타리아 전체는 두 파로 나뉘어 전쟁을 치르게 된다.
이 때 암흑신을 숭배하는 국가들의 연합 다크 아머의 맹주인 게이시르 제국의 황태자 칼 슈타이너(이하 흑태자)는 독창적인 전술(방진대형을 탈피한 사선대형의 도입)과 절륜한 무예로 주신들의 숭배하는 실버 애로우 동맹을 차례차례 격파해 나간다. 원래 이야기는 어쩌구 저쩌구 아주 복잡 다단하게 얽히지마는. . .
흑태자의 절친한 친구 베라딘(게이시르 제국의 재상)은 안타리아 인들이 알아서는 안될 한가지 사실을 알게 된다. 그것은 베라딘 자신이 과거 봉인되었던 암흑신 중 한명인 베라모드의 환생이며, 자신들이 살고있는 안타리아 행성은 아르케에서 멀리 떨어진 항성계에 있는 것이 아니라 과거의 아르케라는 사실이었다. 과거, 아르케인들이 관측한 안타리아 항성계의 빛은 블랙홀의 거울효과로 인해 휘어졌던 과거 아르케의 모습이었던 것이다.
블랙홀 주변의 강한 중력장으로 인해 빛은 그 경로가 휘어지기도 하며 블랙홀에 흡수되기도 한다. 그런데 어떤 쪽에서 진행해 온 빛이 블랙홀 주변을 휘다못해 아예 자신이 온 방향으로 되돌아 가는 경우가 있는데 이것을 블랙홀의 거울효과라 한다.
오딧세이 호의 100명의 승무원들은 자신들 행성의 과거로 여행한 것이며 그로 인해 자신들의 시간선에서 미래의 아르케(자신들이 떠나왔던)는 소멸해 버린 것이다. 여기엔 평행우주의 개념이 도입되는데, 승무원들이 안타리아(사실은 아르케)에 도착한 순간 그들은 자신들이 온 우주와는 다른 평행우주로 여행한 것이었다. 그래서 아르케로부터의 탐사 후속대는 결코 올 수 없었던 것이다.
베라딘은 자신의 고향, 즉 미래의 아르케가 오딧세이호의 여행으로 붕괴되는 것을 막기 위해, 자신들이 여행하기 직전의 아르케로 시공간 도약을 하여 항해를 막으려는 계획을 세운다. 그렇게 하면 베라딘은 고향 아르케로 돌아갈 수 있으며 아르케는 그의 시간선에서 붕괴되지 않는 것이다. 그러나 이 경우 오딧세이 호의 여행 자체가 일어나지 않게 되므로 안타리아 행성의 과거는 바뀌게 되며 안타리아의 무수한 인간들은 그 존재가 소멸하게 된다. 이는 곧 안타리아의 멸망을 의미하는 것이다.
베라딘은 각지에 흩어져 있던 파괴신상들을 모아 그에 내재한 에너지로 오딧세이 호를 타고 과거 또는 미래(?)의 아르케로 돌아가려 한다. 이를 안 신들은 그에 찬성하는 여부를 놓고 두패로 갈리어 싸움을 하게 되고, 인간들 역시 신들의 계획을 눈치채고 지들끼리의 싸움을 멈추고 신들의 계획을 막으려한다.
오딧세이 호가 안타리아의 대기권을 벗어난 순간, 마지막까지 오딧세이의 궤도를 추적한 유일한 인물인 흑태자는, 베라딘을 죽이고 그 계획의 실현을 막는다. 이렇게 하여 안타리아는 구원되었으나 과도한 능력의 사용과 사랑하는 연인이자 적국의 왕녀인 이올린의 공격에 의해 흑태자는 영원히 잠들게 된다. 흑태자가 자신이 사랑하는 사람이었다는 사실을 알게 된 이올린이 자결하는 것으로 이 이야기는 끝을 맺는다.
비록 게임 소프트웨어의 시나리오의 몸이지만 정말 멋진 스토리라고 생각한다. 실제 스토리는 캐릭터들 사이의 애증과 오해가 얽혀 보다 복잡하지만. . .아무튼 시나리오 뿐만 아니라 여러가지 면에서 창세기전2는 우리나라 최고의 게임이라고 생각한다.