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연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어 사업소득(부동산임대소득 제외)에서 발생한 소득세에 적용하는 것이므로,
질의의 경우 1번 사업장에서는 제조업사업소득, 2번과 3번 사업장에서는 부동산임대소득이 발생한 경우 제조업사업소득에서 발생한 소득세액만을 별도 계산하여 해당 소득세액에 대해서만 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용하고 초과하는 금액에 대해서는 이월하여야 할 것입니다.
[관련법령]
조세특례제한법 제5조 【중소기업 투자 세액공제】
① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2012년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제126조의 2 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다. (2010. 12. 27. 개정)
조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】
① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다. (2010. 1. 1. 개정)