이후 1904년 < 제1차 한일협약 >을 강제 체결한 일본은 재정고문제도를 통해 대한제국의 재정 정리 작업에 착수한 데 이어서 1907년 7월에는 재정고문제도를 폐지하고 일본인관리가 직접 재정을 정리하도록 함과 동시에 12월 13일자로 탁지부 관제를 개정하였다. 1907년 개정된 탁지부관제 개정에 따른 탁지부의 구성은 1895년 단계와 비교할 때 대신관방·사세국·사계국을 둔 것은 1895년 단계와 동일하였지만, 출납국·회계국·서무국을 폐지하고 이재국·임시재산정리국을 신설한 점에서 차이를 보였다.
이 중에서 예산회계 관장 기관인 사계국은 ①총예산 총결산에 관한 사항 ②특별회계의 예산결산 ③예비금지출 및 예산에 정한 사항의 나용(用) ④지불예산에 관한 사항 ⑤수입지출의 과목 ⑥주계부(主計簿)의 등기 ⑦제계산서(諸計算書)의 하검사(下檢査) ⑧출납관리 감독 및 신상보증 ⑨금전 및 물품회계의 통일 등에 관한 사항을 관장하도록 하였다.
1910년 8월 22일 < 한일합방조약 >을 체결한 일본은 9월 30일 < 조선총독부관제 >를 제정공포하여 구한국정부의 체제를 완전히 폐지시키고 조선의 재정은 식민지국가의 특별회계로 전락시켰다.13↓)
조선총독부의 관제는 1관방(官房), 5부(部), 9국(局)의 체제로 이루어져있다. 총독관방(總督官房)을 비롯하여 총무부, 내무부, 탁지부, 농상공부, 사법부 등이 설치되었다.14↓) 같은 날 공포된 조선총독부훈령 제2호 < 조선총독부사무분장규정 >에 의하여 예산관련 업무는 종전과 마찬가지로 탁지부에서 관장하였으며, 탁지부 내에는 서무과·세관공사과(稅關工事課)·사세국·사계국 등이 설치되었다.15↓)
이 중 사세국에는 세무과와 관세과를 두고
세무과는 ①국세와 기타 세무 ②재원조사 ③세외 제수입 ③세법위반자 처분 ④인지류의 매하교부금(賣下交付金) 및 오납금의 환불 등에 관한 사항을, 관세과에서는 ①관세·이출입세·톤세·선세 및 세관 제수입 ②관세경찰 및 범칙자 처분 ③상옥창고(上屋倉庫) ④항무(港務) 및 해항검역(海港檢疫) ⑤선박·항로·해원(海員) 및 기타 해사(海事) 등에 관한 사항을 관장하게 하였다.
사계국에는 예산결산과와 재무과를 두었는데, 예산결산과는 ①회계법규 ②예산결산 ③예비금 지출 및 예산 유용 ④과목(科目) 설치 ⑤주계부(主計簿) 등기 ⑥세입세출의 보고 등에 관한 사항을 담당하게 하고, 재무과에서는 ①국채 및 차입금 ②자금 운용 ③화폐 및 태환권(兌換券) ④은행 기타 금융기관 ⑤보관물 및 공탁물(供託物) ⑥지방재무감독 등에 관한 사항을 관장하게 하였다.
이와 같은 탁지부의 사무분장에 의하면 예산회계에 관련된 업무는 사계국 예산결산과에서 전담하였으며, 이는 통감부 시기와 큰 차이를 보이지 않는 것이었다.
탁지부 관제는 1915년 제2차 관제개정 때 개편되었다.16↓) 이때의 개정으로 탁지부에서는 서무과와 국(局)이 폐지되고 세무과·관세과·사계과·이재과·전매과 등의 5과 체제로 바뀌었다.
이에 따라 사계국의 업무는 사계과와 이재과로 나뉘어 졌으며 그 사무분장은 다음과 같다.
예산결산 담당은 이제 사계과에서 전담하게 되며, 그 업무로는 ①예산결산 ②정액 이월(繰越) 및 연도 개시전 지출 ③지불(仕拂) 예산, 예비금 지출 및 예산유용 ④과목(科目) 설치 ⑤주계부(主計簿) 등기 ⑥세입세출의 보고 등에 관한 업무를 담당하게 되었다.