2012년 이전 발생한 임상1상시험, 임상2상시험 관련 연구개발비가 일반 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 여부

[박정규 세무사]

2012년 이전 발생한 임상1상시험, 임상2상시험 관련 연구개발비가 일반 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 여부

2013년 [별표8]에 신설된 임상1상, 임상2상 시험 기술비용이 2012년 이전 발생비용이라 할지라도 [별표6]에 해당하는 비용은 ‘일반 연구및인력개발비 세액공제’를 적용 받을 수 있음

【문서번호】법인-278, 2014.06.23

【질의】

(사실관계)

o 당사는 신약개발을 위한 연구개발업을 영위하는 법인으로 임상 연구개발 비용이 일반 연구및인력개발비세액공제 대상인지 여부에 상반된 견해가 있어 질의함.

(질의내용)

〈갑설〉 2013년 [별표8]에 신설된 임상1상, 임상2상 시험 기술비용이 2012년 이전 발생비용이라 할지라도 [별표6]에 해당하는 비용은 ‘일반 연구및인력개발비 세액공제’를 적용 받을 수 있음.

〈을설〉 [별표8]에 기재된 원천기술은 ‘일반 연구및인력개발비 세액공제’를 못받는 연구개발비에 대하여 신약개발에 대한 지원 취지로 추가된 것이므로 2012년 이전의 임상1상 및 임상2상 시험 기술비용은 ‘일반 연구및인력개발비 세액공제’를 받을 수 없음.

【회신】

2012년 이전에 발생한 임상1상, 임상2상 시험 관련 비용이 「조세특례제한법 시행령」 제8조 및 같은 법 시행령 [별표6]에 해당하는 경우 「조세특례제한법」 제10조 제1항 제3호에 따라 일반연구인력개발비세액공제를 적용할 수 있는 것임.

【관련법령】

o 조세특례제한법 제9조 【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. <개정 2011.12.31>

o 조세특례제한법 시행령 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15>

1. 법 제10조의 2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다. <개정 2012.2.2>

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

o 조세특례제한법 시행령 제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. <개정 2011.12.31>

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. <개정 2011.12.31>

o 조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31>

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우: 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)

100분의 3 ＋ 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

o 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)을 말한다. <개정 2012.2.2>

1. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 8에 따른 원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조 및 별표 6에서 “원천기술연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

2. 원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

o 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구및인력개발비의 범위】

② 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 연구소 및 전담부서”란 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 전담부서등으로서 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 신성장동력산업연구개발업무 및 원천기술연구개발업무(이하 이 항에서 “해당업무”라 한다)만을 수행하는 전담부서등(이하 이 조에서 “신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서등”이라 한다)을 말한다. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등이 있는 경우로서 그 전담부서등 내에 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 이를 신성장동력산업·원천기술연구개발 전담부서등으로 본다. <신설 2010.4.20, 2011.4.7, 2012.2.28>

o 조세특례제한법 시행령 [별표8] (원천기술 분야별 대상기술)

구 분	분 야	대상기술
14. 화합물의약품	가. 혁신형 신약후보물질	2) 임상약리시험 평가기술(임상1상 시험): 신약 후보물질의 초기 안정성, 내약성, 약동학적, 약력학적평가 및 약물대사와 상호작용평가, 초기 잠재적 치료효과 추정을 위한 임상약리시험 평가기술 3) 치료적 탐색 임상평가기술(임상2상 시험): 신약 후보물질의 용량 및 투여기간 추정 등 치료적 유용성 탐색을 위한 평가기술

o 조세특례제한법 시행령 [별표6]

구 분

비 용

1. 연구개발

가. 자체연구개발 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. (2013. 2. 15. 개정) 가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 (2013. 2. 15. 개정) 나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금 (2013. 2. 15. 개정) 다) 「법인세법 시행령」 제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등 (2013. 2. 15. 개정) 2) 전담부서등에서 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 3) 전담부서등에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조 제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용 나. 위탁 및 공동연구개발 1) 다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 가) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학 나) 국공립연구기관 다) 정부출연연구기관 라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

o 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구및인력개발비의 범위】

① 영 별표 6의 제1호가목1)에서 “기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)를 말한다. <개정 2008.4.29, 2009.4.7, 2009.8.28, 2010.4.20, 2011.4.7, 2012.2.28>

1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조 제1항 및 제2항에 따라 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의 3에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서