진에어의 국내선 전 운항편, 전 기종을 대상으로 운영되는 사전 좌석 지정 제도는 홈페이지나 고객서비스센터, 공항 카운터 등을 통해 신청(최저 2000원~최대 1만5000원)할 수 있다.
좌석은 위치와 편의, 특성에 따라 총 5개로 구분된다. 일반석보다 앞뒤 간격이 6인치 정도 더 넓고 위탁 수하물 우선 처리 혜택이 제공되는 지니플러스시트는 1만5000원(고객서비스센터 또는 공항 카운터), 홈페이지에서 사전 예약 시 1만원에 선택할 수 있고, 가장 앞 좌석 또는 비상구 좌석은 7000원(홈페이지 예약 5000원), 비상구 좌석 또는 기타 일반 좌석은 4000원(홈페이지 예약 2000원)에 각각 선택할 수 있다.