제 3국을 통하지 않은 남북한의 개신교 대표들의 직접적인 대화와 교류는 1981년 6월에 재미동포인 김성락 목사의 방북과 동년 9월에 홍동근 목사가 방북하면서 남북 교류의 물꼬를 열었다. 1986년 4월에 미국 NCC소속 재미동포 이승만․김인식․손명결 등 3명의 목사가 방북하였다. 이승만은 다시 1992년 8월 15일에도 재미기독교협의회 대표단 단장 자격으로 방북하였으며, 뉴욕 등지에서 방북보고회를 갖기도 하였다. 이들은 모두 미국 국적을 가지고 북한을 방문할 수 있었다.
1990년대에 들면서, 개신교의 양대 연합기구인 한국기독교교회협의회(KNCC)와 한국기독교총연합회(한기총)은 남북한 기독교인들의 직접적 대화, 교류, 상호방문 등을 적극 추진하였다. 남한 내의 개신교인으로서는 1991년 9월(9.24-10.1일)에 곽선희 목사(서울 강남 소망교회)가 처음으로 「남북교류협력법」제정(1990년 12월) 이후 개인 자격으로는 최초의 방북이었다. 1992년 1월 (1.7 - 1.13)에는 권호경 목사(당시, 한국기독교교회협의회 총무)는 방북하여 기독교 관계자들과 “북한 기독교인들의 한국기독교교회협의회 총회 참석”에 대한 논의를 하였다. 또한, 김일성 주석도 면담하여 북한 개신교 대표들의 남한 방문에 대한 긍정적 답변을 들었으나, 북한의 기독교 대표들의 남한 방문은 무산되었다.
1992년 5월 한국기독교출판협의회는 조동진 목사를 통하여 김일성종합대학에 기독교 서적 2,570권을 기증했으며, 홍동근, 조동진 목사는 평양신학원과 김일성대학 종교학과에서 여러 해 동안 기독교 강의를 하기도 했다. 1995년 7월 김일성 주석이 사망했을 때 애도의 뜻을 표하기 위해 조국통일해외기독자회 이영빈 회장과 김순화 총무가 평양을 찾았으며, 서울의 기독교청년회전국연맹(대한 YMCA연맹) 강문규 사무총장이 조전을 보낸 일도 있다.
이후, 지속적인 회동을 하였으며, KNCC는 1997년 9월에 김동완 목사(한국기독교교회협의회 총무) 등이 방북(평양, 1997.9.23)하여 남북 교회간 교류 및 협력방안에 관하여 북한 측과 논의했다. 또한, 한기총에서도 동년 9월(1997.9.25~26)에 지덕 목사(한국기독교총연합회 공동회장) 등이 북경에서 북한 대표들과 회동하여 금강산 교회 복구 문제 등에 대해 협의하였다. 1998년 5월(5.26-6.2)에 조선기독교도련맹 중앙위원회 위원장 강영섭의 초청으로 민병억 목사ㆍ김동완 목사ㆍ이재정 신부(성공회) 등을 비롯한 KNCC 대표들의 방북과 1998년 9월(9.22-29)에 김동완 목사를 비롯한 KNCC 대표들의 방북을 통해 다음과 같은 협의를 하였다.
남북교회 협의문
한국교회 방문단은 9월 22일에서 29일까지 조선기독교도련맹(위원장 강영섭)의 초청으로 평양을 방문하여 KCF와 세 차례 회의를 갖고 다음과 같이 협의문을 작성하여 각각 발표하기로 하였다.
1. 남북교회는 NCCK와 KCF를 창구로 하여 상호방문과 협력을 계속하기로 하였다. 특히 남북교회 여성들의 방문 등 다양한 방법의 방문을 계속 강화하기로 하였다.
2. 인도주의 원칙에 따라 남북간의 나눔운동을 적극적으로 추진하기로 하였다. 이번 10월 19일 한국교회 제7차 지원은 한국교회 각 단체 대표자 5명을 KCF에 직접 지원키로 하였다.
3. 남북간에 합의된 남북 기본 합의서를 남북 정부가 실천할 수 있도록 양교회가 적극 노력하기로 하였다.
4. 조선기독교도련맹의 한국방문은 빠른 시일내에 적극 실현토록 하였다.
1999년 5월에는(5.18~5.25) 기독교대한감리회 서부연회 소속 김명기 목사 등 대표 6명이 방북하였으며, 10월에도 방북하여 평양에 제 3의 교회설립 방안, 감리회 지원으로 운영 중인 봉수국수공장을 방문, 재북 기독가족의 생사확인 및 평양신학교 지원방안 등에 대해 논의하였다. 동년 10월에 기독교대한감리회 산하 한민족통일선교협의회의 주봉택 목사 등 대표단과 서부연회 대표단도 방북하여 이산가족 문제 등에 대해 논의하였다. 기독교대한감리회 서부연회는 사회문화협력사업자(2000.5.20)로서 평양신학원 재개원 사업을 협력사업으로 추진하는 단계로 발전하였다. 조국통일기도동지협의회는 2001년 4월(4.8)에 평양 칠골‧봉수교회에서 부활절 연합예배를 보았으며, KNCC는 2001년 6월에 독일 프랑크푸르트에서 개최된 독일 교회의 날(2001.6.11~17)에 북한의 개신교 대표들과 공동 참석하여 「남북정상회담 1주년 기념예배」를 실시하였으며, 제5차 글리온 회의를 2002년에 금강산에서 개최하기로 합의를 보았다. 이와 같이, 개신교는 제3국의 공동행사에 정기적으로 참여하는 가운데, 직접적인 종교교류 목적의 방북을 증대시켜 나갔다.
1980년대와 1990년대에 남북한 정부들은 종교인 및 종교단체간의 교류를 허용해 왔지만, 강력한 통제를 행사하였다. 1989년 문익환 목사, 임수경 학생, 문규현 신부 등이 정부의 허가 없이 북한을 방문한 이유로 국가보안법 위반으로 구속당하였으며, 허가를 받지 않고 북한의 종교계 인사들을 만난 경우에도 구속을 하는 사례가 1990년대 까지 속출하였다. 이 경우는 개신교에만 해당된 것이 아니라, 한국 종교계에 일반적으로 적용이 되었다.