2024 하계 분자유전 파트 (정재연, 정주현, 조다혜)

분자 유전 파트 조현미 파트장 선생님, 이점순 선생님, 이충건 선생님, 연민지 선생님, 조은희 선생님, 윤유림 선생님 8시 10분-15분 출근11시 50분~13시30분 점심시간 (저희는 13시20분까지 들어갔습니다.)4시 20분-30분 퇴근 출근 전<ul style="list-style-type: '—  ';" data-ke-list-type="'—  '"><li>KF94 마스크 챙겨서 꼭 쓰셔야합니다.</li><li>출근은 8시 15분 부터 선생님들 모두 함께 청소를 합니다. 15분 전까지 출근하셔서 문앞 테이블에 있는 휴지타올을 챙겨 장비, 책상, 시약 냉장고 등을 닦으시면 됩니다.</li><li>나갔다 들어오시면 무조건 문앞 세면대에서 손을 닦으셔야합니다.</li></ul> Day 1오전오전에는 파트장선생님께서 전체적인 파트에서 하는일에 대한 설명을 해주십니다. 분자유전파트에서 하는일과 함께 사용하는 장비에 대해 설명해주십니다. 이후에는 책과 검사수기를 꺼내주셔서 읽어보고 공부하라고 하십니다.책에서는 PCR, Hybridization, DNA 염기서열 결정법, NGS 등을 읽어보시는걸 추천드리며검사수기에서는 임상적 의의, 검사 원리를 중점으로 읽어보시는걸 추천드립니다. 오후오후에는 이점순 선생님 실험을 봤습니다. multiplex pcr검사로 Diarrhea 검사를 합니다. 선생님 설명 잘 들으시면 됩니다. 두번째로는 SFTS(중증열성혈소판감소증) 검사를 합니다. 이 질병에 대해 간단히 알아가면 도움이 될 것 같습니다. 이 또한 순서에 맞게 잘 듣고 필기하시면 됩니다! 질문Q1. spectrometry 기기 설명 중 버튼에 있는 A260, A280 버튼이 무엇을 의미하는가?: absorb 값으로 흡광도를 의미한다. protein의 최고 흡광도 이며 protein의 양에 따라 순도를 측정한다.Q2. Post pcr zone에서 3500 genetic Analyzer 기기 설명 중에 sequencing이란?: DNA 합성시 -OH기의 산소원자에 다음 dNTP가 연결되어 이어지게 되는데 이때 산소원자가 없는 dideoxy NTP (ddNTP)를 넣어주면 DNA합성이 정지된다. 이를 이용해 염기서열을 짧은 것부터 나열하며 서열을 알수있게 된다.(sanger, NGS 원리도 한번씩 보고오시는걸 추천드립니다. 설명 부족하게 하면 선생님 설명이 끝나고 ddNTP구조 그려오라 하십니다. 책에서 찾아서 그리시면 됩니다.)Q3. Intergrated sequence 기기 설명 중 장단점은?: 몇백개여도(대용량) 사용 가능, 그러나 error가능성이 높음. 이는 치료에 영향을 미침(이 기기는 NGS기기 이니 NGS 원리 알아가시면 도움이 될 것 같아요!)Q4. DNA PCR시 사용 요소는?: primer, taq polymerase, target DNA, buffer(Mg2+), dNTP Day 2오전<윤유림 선생님>오전에는 윤유림 선생님께서 TB 핵산 추출하는 과정을 보여주시면서 설명해주십니다. colon 검체를 사용하였는데 다른 TB 검체와는 달리 colon은 자동화 장비를 이용하지 않고 따로 지정된 메뉴얼로 진행된다고 하셨습니다.검사 시작에 앞서 환자 정보와 검체를 반드시 확인이 중요하다고 강조하셨습니다. 한 사람에게서 다양한 검체가 올 수 있기 때문에 검체 번호 또한 표기해야한다고 하셨습니다. 검체 전처리로는 NaOH 희석액을 사용하며 NaOH는 결핵균을 제외하고 다른 불순물을 제거하는 역할을 합니다. 그리고 핵산 추출을 진행하면서 클린벤처 내부에 물품 놓는 순서도 알려주셨습니다.  두번째로 RV(Respiratory virus) PCR 진행하는 과정을 보여주셨습니다.  검체 전처리, 핵산 추출과정, PCR 순으로 진행하였습니다. TB와 마찬가지로 환자 정보와 검체 확인이 가장 중요하다고 강조하셨습니다. 검체 전처리를 마친 후 E3 system 자동화장비를 사용하여 핵산 추출을 진행하였습니다. 핵산 추출이 진행되는 동안 PCR kit를 준비하는데 사용 전 사용 날짜를 기입, 입고 날짜 확인, lot 번호 확인을 한 후 사용하게 된다고 하셨습니다. 참고로 윤유림 선생님께서 진행하시는 검사는 대부분 magnetic bead 법으로 핵산 추출을 합니다. <연민지 선생님>오후에는 연민지 선생님과 환자의 serum에서 DNA 추출을 직접 해볼 수 있게 해주셨습니다. 시작에 앞서 Quick Gene DNA whole blood kits 프로토콜을 읽어보라고 주십니다. 사용되는 시약과 쓰임, 전반적인 추출 과정을 읽어 보시면 될 것 같습니다.  이 과정에서 99% 이상 ethanol을 사용하는데 그 이유는 DNA를 침전시키기 위해서입니다. DNA 추출을 완료한 후 spectrometer 이용하여 DNA 순도를 측정합니다. 잘 추출 되었나 확인용으로 측정하는 것 같습니다. 첫날에 팀장님께서 spectrometer을 설명해주시니 기억해두시면 좋을 것 같습니다. 측정하면서 tube의 투명한 부분과 불투명한 부분도 설명해주시고 순도가 1.8~2.0 사이로 나와야한다고 하셨습니다. 0.1 정도의 오차는 괜찮다고 하셨습니다. <이점순 선생님>마지막으로 이점순 선생님께서 post PCR zone에 있는 NGS 장비와 sequencing 에 관하여 설명해주셨습니다. 분자진단에서 배운 NGS를 공부해가면 도움될 것 입니다. 질문Q1. 초록색 tube는? A. Heparine tube Q2. NTM이란? (Nontuberculosis mycobacterium) A. TB가 아닌 비결핵균이다. Day3오전<이점순 선생님>보통 8시 15분쯤 청소 시작하신다고 하셔서 그 전에 시간 맞춰 출근했습니다. 이점순 선생님께서 Diarrhea multiplex PCR 검사를 한 번 더 알려주셨습니다. 검체는 stool 이었고 magnetic bead 원리를 이용해 RNA를 추출했습니다. 추출하려는 것이 DNA인지 RNA인지에 따라 전처리 과정이 다름을 알려주셨고 환자 확인과 tube 위치가 중요하다고 검사하시는 동안 거듭 말씀하셨습니다. 다음 검사로 HBV PCR에 대해 설명해주셨습니다. 검체는 serum 이었으며 새로 들어온 장비인 COBAS 5800를 이용했습니다. 이 장비는 검체만 넣어주면 전체 PCR 과정을 다 해주는 장비입니다. 검사하기 전에 장비 안에 부족한 시약을 채우고 장비를 다루는 방법과 진행과정을 지켜봤습니다. 검체를 장비에 넣고 빼는 작업을 직접 하게 해주셨습니다. 오후<이점순 선생님>이점순 선생님께서 어제 말씀하신 NGS 검사결과를 분석해주셨고 이를 통해 JAK2 같은 변이 유전자를 알아낼 수 있음을 알려주셨습니다. 그 후 각자 공부했습니다. 원래 염색체를 배울 예정이었으나 선생님들이 바쁘셔서 못했습니다. 질문Q1. TB 미생물 배양과 PCR의 장단점?- 배양은 8주 (오래걸림) / PCR로 시간 단축- 배양은 균이 살아있어야 양성 / PCR은 살아있든 죽었든 검출됨 Day 4오전<조은희 선생님>오전에는 조은희 선생님께서 염색체 harvest하는 방법에 대해 설명해주셨습니다. 사용하는 시약에서 냄새가 많이나니까 마스크 착용하시는 걸 추천드립니다!PB, BM 검체를 사용합니다. Fixative solution을 제작한 후 염색체 관찰에 가장 좋은 metaphase에서 고정액으로 고정합니다. 관찰을 위한 slide 제작을 위하여 염색체 수확실에 온도와 습도를 맞춘 후 slide에 검체를 떨어뜨립니다. Slide제작까지만 선생님께서 설명해주셨습니다.  <이충건 선생님>오후에는 이충건 선생님께서 염색체 분석에 대해 알려주십니다. 처음에는 선생님 자리에서 염색체에 대한 이론을 배웠습니다. 이때 염색체 번호에 따른 특징을 잘 필기해두세요!! 설명 이후 선생님께서 염색체 사진을 프린트하여 주시면 랜덤배치된 염색체가 몇번 염색체인지 저희가 찾으면 됩니다. 30-40분 후 선생님께서 오셔서 몇번 염색체인지 알려주십니다. 염색체 현미경이 있는 방에 들어가 현미경으로 어떻게 염색체 사진을 찍어내는지 보여주신 후 실제 환자의 염색체를 분석한 karyotype을 보여주십니다.