우선 정규시즌 팀당 경기수가 지난해 133게임에서 126게임으로 축소됐다. 이에 따라 더블헤더는 우천 순연과 상관없이 폐지됐다. 반면 2군 경기는 팀당 72게임에서 76게임으로 4게임 늘었다. 지난 91년부터 98년까지 정규시즌이 팀당 126게임으로 치러진 바 있으며 99년에는 132게임, 2000년부터 지난해까지는 133게임으로 진행됐다.
지난시즌 한국시리즈에서 시간제한 연장전이 많은 문제점이 노출됨에 따라 새로운 룰이 마련됐다. 아예 시간제한을 폐지하고 정규리그는 12회, 포스트시즌은 15회까지 실시하기로 한 것. 순위 결정 방식도 최근 2년간 실시된 다승제에서 승률제로 환원됐다.
정규시즌 개막전(4월2일)은 전년도 성적에 따른 대진 방식을 탈피해 지역간 라이벌인 현대-SK(수원), 삼성-롯데(대구), 기아-한화(광주), 두산-LG(잠실) 경기로 치르고 올스타전은 7월16일에 열린다.
준플레이오프제도는 종전 3전2선승제에서 5전3선승제로 바뀌었다. 3만명 이상의 수용구장을 보유한 지방구단이 페넌트레이스 1위로 한국시리즈에 진출할 경우 5∼7차전을 잠실구장에서 하지 않고 5차전만 잠실구장에서 하도록 했다. 6,7차전은 홈에서 치르도록 한 것.
또 선수 사기진작을 위해 1800만원이던 최저 연봉이 2000만원으로 상향 조정됐고 연봉 5000만원 미만의 선수가 1군에 등록하면 연봉 차액의 300분의 1을 추가로 지급한다. 임의탈퇴 선수의 경우 복귀신청은 탈퇴 공시일로부터 만 1년(종전 60일)이 경과하지 않으면 안 된다고 개정했다.
용병 보유 한도는 종전대로 '2명 보유, 2명 출전'을 유지했지만 연봉 상한선이 20만달러에서 30만달러로 증액됐다. 용병이 포스트시즌을 뛸 수 있는 등록시한도 7월31일에서 8월15로 연장됐다. 이밖에 연고팀이 없는 제주도에서 이미 현대와 삼성의 두 차례 시범경기를 벌였고 정규시즌에도 3연전을 치러 야구 저변 확대를 꾀한다.