찬성 주장
근거1) 나고야의정서를 피하는것은 불가능으로 보인다.
이미 많은 나라들이 나고야 의정서에 참여중이며 우리나라 역시 참여중이다.
근거2)기업은 거래에 대해 안정성을 확보하게 된다.
국가의 관리를 받게 됨과 동시에 이익을 나누는 공식적인 절차가 생김으로써 주권을 지키는 것 이상으로 도움이 된다.
반대 주장
근거1)나고야 의정서 때문에 기업이 타격을 입을 수도 있다.
제약바이오업계에 따르면 현재 천연물의약품을 개발 중이거나 생산하는 국내 제약바이오 회사는 20여곳에 달한다. 또 국내에서 개발 중인 전체 238개의 신약 파이프라인 중 천연물의약품은 55개로 21.6%의 비중을 차지하고 있다. 천연물의약품은 바이오의약품의 한 종류로 자연 속 천연물 성분을 이용해 개발한 의약품이다.
이와 관련 생물자원 부국(富國)인 중국이 나고야의정서에 대비한 규정을 강화하고 있다. 중국은 지난 3월 ‘생물 유전자원 접근 및 이익 공유(Access to genetic resources and Benefit-Sharing·ABS) 관리 조례’ 입법 예고를 통해 특허 출원시 출처 공개 의무, 생물자원 보유인과의 이익 공유와 별도로 기금 명목으로 이익발생금 0.5~10% 추가 납부 등을 규정했다. 최악의 경우 중국이 자국에 유리하게끔 한국 기업에 이익발생금의 최대치인 10%를 부과할 가능성도 있다.
근거2)나고야 의정서는 모두에게 공유되는 것이 목적이다.
나고야 의정서는 UN 생물다양성협약(CBD: UN Convention on Biological Diversity)의 일부로서, “유전자원의 활용에서 나오는 이익을 공정하고 공평하게 공유하는 것”을 목표로 하며, 모든 생물체를 대상으로 한다. 연구자들은 종래에도 특정 국가에서 샘플을 수집하기 위해서 허가를 받아야 했지만, 이제부터는 나고야 의정서에 따라 “샘플에 대한 접근과 혜택의 공유(ABS: access and benefit sharing)”라는 원칙을 준수해야 한다. 즉, 나고야 의정서는 “연구에 사용하는 생물체로부터 얻는 이익이 누구에게 돌아가야 하는지”, 그리고 “그 이익을 어떻게 공평하게 분배할 것인지”를 규정하고 있다. 예컨대 이익을 분배하는 방법에는 논문의 공동저작권 인정, 제품(예: 약물, 백신, 작물 등)에서 나오는 이익의 공유 등이 있다.