이처럼 남민전 사건, 통혁당 사건, 5·3사태, 부산 미문화원, 제헌위회 사건, 반제동맹사건, 구학련 사건(서울대), 남노련 사건, 구미유학생 사건(일본), 재일교포 유학생 사건 등 시국사범 대부분이 석방되었음에도 불구하고 대전, 대구, 광주, 전주, 안동 등 교도소와 청주 감호소에는 위에서 말했던 장기구금 양심수 260여 명이 남아 있었다. 감호소에서 풀려난 서준식, 강종건씨 등과 장기구금 양심수와 함께 있다 풀려난 남민전 사건 관련자들에 의해서 이들 장기구금 양심수의 실상과 인원수 등 보다 구체적인 사실들이 알려지게 되었다. 정권으로부터는 반인간적인 처우를 받아왔고 사회로부터는 완전히 격리되었던 이들의 구명운동이 민주화실천가족운동협의회 내부에서 그리고 석방양심수를 중심으로 일어나게 되었다. 이런 움직임과 함께 양심수후원회 준비위원회가 꾸려졌고 석방자 증언을 토대로 3개월여에 걸친 장기구금양심수 실태 조사와 함께 후원회 발기인 모집운동을 벌였다. 후원회 명칭에서 '장기수 후원회'로 하자는 의견도 있었지만, 이들을 양심수로 규정한다는 뜻에서 그리고 장기수보다는 양심수로 부르는 것이 일반성이 있기 때문에 그리고 민가협 사업의 연장이기도 했기에 민가협 양심수 후원회로 정했다. 민주화실천가족운동협의회가 구속학생, 구속노동자, 농민, 구속청년, 민주인사, 구속장기구금양심수 가족 단위의 협의체였다면 양심수후원회는 구속자 가족을 떠난 청년, 학생, 교사, 교수, 변호사, 의사, 농민, 노동자, 가정주부, 석방양심수 등, 각계 각층이 망라된 사회대중 단체이다. 양심수후원회는 따로 회칙을 갖고 사업목적과 사업내용 단체성격, 운영세칙, 회원자격, 기관과 임원을 정하고 있다. 최고 의결기구로써 총회를 두고 집행기구로 운영위원회를 두며 회장단과 운영위원으로 구성된 운영위원회에서 후원사업의 모든 업무를 관장하고 있다. 또한 감사를 두어 후원회 일반사업, 특별사업과 회계일체를 감사하며, 재정과 활동내용의 투명성과 공개 원칙을 실천하고 있다. 양심수후원회는 260여 장기구금 양심수를 처음으로 '양심수'로 규정하고, 면회와 편지쓰기, 영치금 영치물을 보내고 자매결연을 맺었다. 선전, 홍보물(후원회 소식지 등)을 통해 이들의 존재와 참상을 나라 안팎에 알리고 석방과 후원 활동을 했다. 물론 민주화 운동, 통일운동, 민중 생존권과 사회진보를 위해 활동하다 구속된 모든 양심수의 석방과 후원도 함께 하고 있다. 그리하여 1989년 12월 21일 127명, 1991년 5월 11일 36명이 석방되었으며, 1991년 2월 5일엔 70세 이상 30년 이상 된 비전향장기수 5명이 처음으로 형집행정지로 풀려났다. 그뒤에는 91년 5월 11일 노약자, 병약자로 2명, 12월 24일 4명 93년 3월 6일 5명, 95년 8월 15일 세계 최장기 복역 양심수 김선명 노인등 3명, 98년 3월 13일 6명, 99년 2월 25일 19명, 99년 12얼 31일 2명 등 양심수후원회 창립 10년만에 260여 장기구금양심수 모두를 석방해냈고, 석방된 뒤에도 '만남의 집(1989년부터)'을 마련 무연고 출소자에 대한 안정적 생활공간과 생활지원금을 드리고 있었다. 또한 인도주의 실천 의사협의회와 건강사회를 위한 치과의사회에 의뢰 종합검진과 구강검진, 보철 치료를 해왔고 또한 1992년부터 장기구금양심수 송환운동을 벌여 93년에 이인모 노인을 2000년 9월 2일에 이종, 김선명등 63명을 가족이 있는 신념의 고향으로 돌아갈 수 있게 송환추진 운동을 주도해 왔다.