과세ㆍ면세 물품을 공급하는 상품공급업을 겸영하는 경우, 물류센터 임차료는 물류대행업과 상품공급업에 동시에 대응하는 비용이므로 공통매입세액 안분계산하

[박연주 회계사]

물류사업장의 물류용역 제공에 따른 물류센터 임차료에 대한 공통매입세액 안분 대상 여부

전국에 판매점을 운영하는 사업자가 물류사업장을 설치하고 사업자에게 과세ㆍ면세 물품을 납품하는 협력업자의 과세ㆍ면세 물품 납품에 따른 물류용역과 과세ㆍ면세 물품을 공급하는 상품공급업을 겸영하는 경우, 물류센터 임차료는 물류대행업과 상품공급업에 동시에 대응하는 비용이므로 공통매입세액 안분계산하는 것임

【문서번호】서면법규-895, 2014.08.19

【질의】

(사실관계)

o 신청법인은 본사, 지역에 대형할인매장, 1개의 물류센터를 두고 자사점포 상품공급업(과ㆍ면세 겸영사업) 및 물류업(과세사업)을 영위하는 사업자임.

- 신청법인에 상품을 공급하는 협력업체는 구매 계약서상 신청법인의 각 매장으로 상품을 운송하여야 하나 물류 약정서를 체결한 경우

- 신청법인의 물류센터에 상품을 배송하면 당사가 각 매장으로 배송 대행용역을 제공하고 수수료를 받고 있음.

- 신청법인의 물류센터는 타인으로부터 건물을 임차하고 신청법인의 직원이 상주하여 운영되고 있으며 운영과 관련하여 임차료, 외주운송비, 포장비, 수선비 등이 발생하고 있음.

o 신청법인은 대형할인점 및 물류업을 운영하는 과ㆍ면세사업 겸영사업자로서 약 2,500여개의 협력업체들로부터 납품을 받으면서 1개의 물류센터를 운영하고 있는 바,

- 협력업체별 상품이 신청법인의 물류대행용역을 이용하여 물류사업장으로 배송되면 물류센터에서 상품의 검수 및 검품 활동을 거쳐 입고 처리한 후 각 대행할인점으로 배송함

- 신청법인은 협력업체로부터 납품된 과ㆍ면세 상품을 신청법인의 물류센터에서 전국의 각 대형할인점으로 공급하면서(이하“자사점포상품매출”이라 함)

- 주사업장 총괄납부 사업자가 과세기간에 반출하는 것은 이를 재화의 공급으로 보지 아니하므로(부법 §10 ③) 매출세금계산서 또는 계산서를 발행하지 아니함.

- 물류대행업은 협력회사의 상품을 대형할인매장으로 배송하는 업무로서 상품의 종류에 관계없이 과세사업에 해당하며,

- 신청법인은 물류대행업을 통해 협력회사로부터 물류대행수수료를 수취하고 수수료 상당액만을 물류대행업에 따른 매출액으로 계상함.

- 자사점포 상품공급업은 협력업체들의 상품을 타법인에 판매하거나 대형할인매장에 직매장반출하는 것으로,

- 물류센터에서 과세상품과 면세상품의 분류 및 배송이 이루어 지는 바, 자사점포 상품공급업은 신청법인의 입장에서 과ㆍ면세사업에 해당함.

o 물류센터의 사업현황

o 신청법인 물류센터의 매출은 물류대행업을 통한 물류수수료 수입과 자사점포 상품공급업에 따른 과ㆍ면세상품매출액으로 구성되어 있으며

- 물류센터의 운영하면서 물류센터 이용에 따른 임차료가 발생하고 있으며

- 신청법인은 부가가치세 신고시 물류센터 임차료에 대한 부가가치세 매입세액을 부가가치세법 시행령 제61조에 따른 안분대상 공통매입세액으로 보아

- 물류사업장의 면세공급가액이 총급가액에서 차지하는 비율(이하 “면세비율”이라함)을 계산하여 면세사업관련 불공제 매입세액을 산정하고 있으며,

- 이 때 총공급가액에 물류수수료 수입과 자사점포상품매출액을 포함하며, 면세공급가액에는 면세상품에 대한 자사점포상품매출을 포함하여 면세비율을 계산함.

(질의내용)

o 전국에 대형할인매장을 두고 과ㆍ면세 재화를 공급하는 사업자가 물류센터를 두고 상품을 납품하는 협력업체에 물류용역을 제공하는 경우,

- 해당 물류센터에서 물류용역 제공에 따라 발생하는 비용 중 물류센터 임차료에 대한 부가가치세 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 함) 을 물류용역으로 보아 전액 공제하여야 하는 지 여부

【회신】

전국에 판매점을 운영하는 사업자가 물류사업장을 설치하고 사업자에게 과세ㆍ면세 물품을 납품하는 협력업자의 과세ㆍ면세 물품 납품에 따른 물류용역과 과세ㆍ면세 물품을 공급하는 상품공급업을 겸영하는 경우, 이와 관련된 물류센터 임차료는 물류대행업과 상품공급업에 동시에 대응하는 비용이므로「부가가치세법 시행령」 제61조 에 따라 공통매입세액 안분계산하는 것임.

【관련 법령】

○ 부가가치세법 제10조 【재화공급의 특례】

③ 사업장이 둘 이상인 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 사업자가 제8조 제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자로 적용을 받는 과세기간에 자기의 다른 사업장에 반출하는 경우

2. 사업자가 제51조에 따라 주사업장 총괄 납부의 적용을 받는 과세기간에 자기의 다른 사업장에 반출하는 경우. 다만, 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 제48조 또는 제49조에 따라 관할 세무서장에게 신고한 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

○ 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. (1992. 12. 31. 단서신설)

면세사업에 관련된 매입세액		공통매입세액		면세공급가액
	＝		×
				총공급가액

② (삭제, 1980. 12. 31.)

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다. (2010. 2. 18. 개정)

1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다. (2010. 2. 18. 개정)

2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액 (2010. 2. 18. 개정)

3. 제48조의 2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액 (1997. 12. 31. 개정)

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. (1995. 12. 30. 단서신설)

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 부가가치세법 시행규칙 제18조의 2 【매입세액의 안분계산】

① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다. (1993. 2. 26. 단서삭제)

③ 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간중에 당해 재화를 공급하여 영 제48조의 2 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 과세표준을 계산한 경우에는 그 재화에 대한 매입세액의 안분계산은 동조 동항의 규정에 의하여 계산한다.