임대용 고정자산을 법인에 양도후 통합법인이 이를 자가사용시 이월과세 적용 여부

[박정규 세무사]

임대용 고정자산을 법인에 양도후 통합법인이 이를 자가사용시 이월과세 적용 여부

「조세특례제한법」 제31조의 규정은 같은법 시행령 제28조에 따라 중소기업자가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 경우에 적용되는 것으로, 임대사업에 사용하던 부동산을 임차자인 통합법인에게 양도한 후 통합법인이 동 부동산을 자가사용 및 일부 임대하는 경우 사업의 동일성이 유지되지 않는 것임

【문서번호】부동산납세-679, 2014.09.12

【질의】

(사실관계)

o 2005.5.10. AA기업(개입사업자) 개업, 업종(제조, 도ㆍ소매, 부동산 임대업)

o 2013.1.3. (주)BB 설립. 업종(제조, 도ㆍ소매)

* 2013.1.3.부터 AA기업의 사업장중 일부를 (주)BB에 임대하던 중 중소기업간 통합으로 AA기업은 사업용고정자산을 임차자인 (주)BB에 양도할 예정으로, (주)BB는 AA기업으로부터 양수할 임대용 자산을 자가사용 예정

(질의내용)

o 「조세특례제한법」 제31조를 적용할 때 소멸되는 중소기업의 임대업에 사용하던 자산을 통합법인이 자가사용하는 경우 사업의 동일성이 유지되는 것으로 볼 수 있는지 여부

【회신】

귀 질의의 경우 기존해석사례(재산-1635, 2009.8.7.)를 참고하기 바람.

◈ 재산-1635, 2009.8.7.

「조세특례제한법」 제31조의 “중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등” 규정은 같은법 시행령 제28조에 따라 중소기업자가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 경우에 적용되는 것으로, 동 규정을 적용함에 있어 임대사업에 사용하던 부동산을 임차자인 통합법인에게 양도한 후 통합법인이 동 부동산을 자가사용 및 일부 임대하는 경우 사업의 동일성이 유지되지 않는 것임.

【관련 법령】

○ 조세특례제한법 제31조 【중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 “사업용고정자산”이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2013.1.1>

② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제6조 제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조 제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조ㆍ제64조 또는 제121조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조ㆍ제64조 또는 제121조를 적용받을 수 있다. 다만, 제121조는 제1항에 따른 통합 전에 취득한 사업용재산에 대해서만 적용한다.

⑤ 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.

⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.

⑦ 제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따른 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2013.1.1>

1. 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

○ 조세특례제한법 시행령제28조【중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합”이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2010.2.18, 2013.2.15>

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

② 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업용고정자산”이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다. <개정 2001.12.31, 2008.2.29, 2010.2.18>

③ 법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2008.2.29>

④ 법 제31조 제4항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 창업중소기업 또는 창업벤처중소기업이나 농공단지ㆍ개발촉진지구 및 지방중소기업특별지원지역의 입주기업으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득 또는 승계받은 사업용재산에 대하여 통합당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도 또는 납기분까지 그 감면을 받을 수 있다. <개정 2000.1.10>

⑤ 법 제31조 제4항의 규정을 적용받고자 하는 통합법인은 제5조 제9항 또는 제61조 제3항의 규정을 준용하여 감면신청을 하여야 한다. <개정 2013.2.15>

⑥ 법 제31조 제5항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 관하여 통합당시 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도분까지 그 감면을 받을 수 있다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30>

⑦ 법 제31조 제5항의 규정을 적용받고자 하는 통합법인의 감면신청에 관하여는 제60조 제5항 또는 제65조의 규정은 이를 준용한다. <개정 2001.12.31, 2010.2.18, 2013.2.15>

⑧ 법 제31조 제6항의 규정에 의하여 미공제세액을 승계한 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 자산에 대한 미공제세액상당액을 당해 중소기업자의 이월공제잔여기간내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있다. <개정 2002.12.30>

⑨ 통합법인이 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자로부터 승계받은 제2항의 사업용고정자산을 2분의 1 이상 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제31조 제7항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. <신설 2013.2.15>

1. 통합법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

2. 통합법인이 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

3. 통합법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도한 경우

4. 통합법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

⑩ 법 제31조 제7항 제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2013.2.15, 2014.2.21>

1. 법 제31조 제1항을 적용받은 내국인(이하 이 조에서 “해당 내국인”이라 한다)이 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

2. 해당 내국인이 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

3. 해당 내국인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도, 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

4. 해당 내국인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

5. 해당 내국인이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우