김 내정자가 2009년부터 2년간 대검 중수부장으로 재직할 때 윤 대통령이 대검 중수2과장으로 초기 대장동 의혹과 관련된 부산저축은행 비리 수사를 함께 한 인연이 있다. 지난 대선에서 윤석열 후보 캠프에서 정치공작 진상규명 특별위원회 위원장을 맡아 네거티브 대응을 했다.
김 내정자는 검찰의 대장동 수사기록에도 일부 등장한다. 2011년 대검 중수부장 시절 화천대유 대주주 김만배씨로부터 대장동 자금책인 조우형씨 관련 수사를 잘 봐달라는 청탁을 받았다는 내용이다. 남욱 변호사는 2021년 11월19일 검찰에서 “김만배가 당시 중수부장이던 김홍일 검사장에게 조우형이 사건에 협조할 테니 잘 좀 봐달라는 취지로 부탁을 했다고 했다. 2011년 8월경 중수부장이 최재경으로 바뀌었는데 최재경 중수부장에게 같은 취지로 부탁을 했다고 했다”며 “(김만배가 조우형으로부터)변호사 소개비 등으로 1500만원을 받은 것으로 안다”고 진술했다고 뉴스타파가 보도했다.