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세계 각지에서 사과나무, 배나무 등 20과 34속 식물에서 발견되며 비교적 온난하고 다습한 지방에서 많이 발생한다. 자낭포자는 강우가 없어도 전반이 이루어지지만 분생포자는 강우시에 전반된다. 병자각에서 분출되는 병원균의 양은 강우의 양과 지속시간과 관계가 있다. 병원균은 균사, 병자각, 자낭각의 형태로 사마귀 조피증상이나 가지마름증상, 전년도 이병과실에서 월동하고 다음해 5월 중순~8월 하순경사이 비가 올 때 포자가 누출되고 빗물에 튀어 과실의 과점 속에서 잠복하고 있다가 과실이 성숙되어 수용성 전분함량이 10.5%에 달하는 생육후기에 발병한다. 포자가 과실 표면에 도달하여 감염이 성립되기 위해서는 15℃에서는 24시간, 20℃에서는 10시간, 25℃에서는 8시간의 보습기간이 필요하며 우리나라에서 감염최성기는 장마 기간 중이다. 1970년대부터 병원균에 감수성이 높은 후지품종의 재배증가와 무봉지재배 그리고 이전까지 사과원에서 빈번히 사용되어온 보르도액이 제조상의 번거로움과 과실 색택의 문제로 인해 사용되지 않게 되어 이 병의 발생이 증가되었다. 1999년에는 홍로품종의 주간부 피목부위에서 수액이 누출되면서 짙은 적색으로 썩는 증상이 다발생한 사례가 있으며, 이것은 봄철의 관배수 관리와 밀접한 연관성이 있다.
과실, 가지에 주로 발생한다. 과실에는 처음 황갈색의 작은 반점이 생기고, 점차 확대되어 윤문상의 큰 병반이 형성되고, 심하면 물이 흐르고, 과일 전체가 부패, 낙과한다. 한편 흑갈색 또는 황갈색의 원형 반점이 형성, 진전이 매우 느리고 병반 주위에 적색의 테를 형성하기도 한다. 탄저병과 다른 점은 중앙에 까만 소흑점(병자각)이 형성되고, 과일을 쪼개보면 심부까지 부패하며, 병반이 함몰되지 않는 것이 특징이다. 가지에서는 사마귀형성(조피), 굵은가지의 윤문증상, 가지마름증상 등으로 나타나는데, 사마귀증상의 피해가 가장 크다.
○ 병원균의 월동처에서 비산된 포자가 과실에 부착하지 못하게 하는 봉지 씌우기 재배가 가장 효과적인 방법이지만 노동력 투하로 인한 생산비 상승이 문제된다. 우리나라에서는 봉지 씌우기를 6월 상순에서 중순에 걸쳐 이행하는데 겹무늬썩음병 방제만을 고려한다면 장마가 시작되기 전까지만 봉지를 씌우면 방제에는 큰 문제가 없다. ○ 이 병은 감염가능 기간이 길고 이 기간 중 비만 오면 언제든지 대량감염의 우려가 있으므로 최대 비산 및 감염시기가 되는 장마기 전부터 8월하순까지 매회 방제효과가 높은 약제를 살포해야 한다. ○ 어린 유목시기에 가지에 형성된 사마귀 병반부위를 도포제 혹은 수성페인트로 발라두면 병원균의 비산방지와 예방에 효과가 있으나 노목의 경우 도포처리의 어려움과 비용 과다로 효과적이지 못하다. ○ 석회보르도액이 겹무늬썩음병에 방제효과가 높으나, 사용시는 약해와 외관 품질에 대한 점을 정밀하게 검토해야 한다. ○ 전정한 나무가지를 사과원에 방치하지 않도록 한다. 사과원 바닥에 전정가지를 방치하면 여기에 병원균이 부생적으로 기생하여 다량의 포자를 형성하게 되어 이들이 전염원이 될 수도 있다. 약제 살포시 가지에 약이 충분히 묻도록 하는 것도 중요하다.