먼저 이 문제에 답하기 전에 조사의 분류에 대해 말해야 할 것 같네요.
조사에는 격조사와 보조사가 있습니다.
격조사는 말그대로 격을 표시해주는 조사입니다. 주격조사, 목적격 조사, 호격 조사 등등..이런 것들 말이죠. 여기에서 '이/가'는 주격조사에 속합니다. 한마디로 주격을 표시하는 거죠.
보조사는 특정한 격을 표시해주는 조사는 아닙니다. 주격, 목적격 등 여려 격에 두루 쓰일 수 있습니다. 대신 격조사와 달리 "체언과 결합할때 그 체언에 특수한 의미를 더해줍니다." 아주 중요한 특징입니다.
'은/는, 도, 만...'등등 이런 것들이 보조사에 속합니다. 이런 것들은 예문을 만들면 확실히 차이가 드러나죠.
예: 1. 지은이가 '공부를' 한다.
2. 지은이가 '공부도' 한다.
지은이가 '공부만' 한다.
목적격조사가 쓰인 1번 예문과 그 자리에 '도, 만'과 같은 보조사가 쓰인 2번 에문과의 차이가 확실히 보이시죠?
물론 '은/는'이 '이.가'처럼 주격조사로 쓰이면 의미의 명확한 구분이 힘든 것은 사실입니다. 이 부분은 학자들 끼리도 말이 많다나요??
사전에 의하면 '는/은'은 그 말을 특별하게 지정해서 가리키거나 다른 말과 대조하는 뜻을 나타내준다고 합니다.
음..차이점은 이런데요...설명해주실 때 힘드실 것 같네요..한국어는 매우 섬세한 언어라 그 뉘앙스를 우리 스스로도 명확하게 분석해내지 못하거든요...그렇다고 영어처럼 문법이 딱 떨어지게 공식화 되는 언어도 아니고..