농지법상 농지가 아니어서 농지취득자격증명 발급 대상이 아닌데, 법원이 특별매각 조건으로 농지취득자격증명을 요구할 때가 있다. 예를 들면 적법한 건물이 지어져 있는 농지가 경매로 나온 경우, 농지에 분묘가 있어 농지로 볼 수 없는 경우, 농지의 일부가 현황 도로로 사용되고 있는 경우 등이다.
먼저 적법한 건물이 지어져 있는 농지가 경매로 나온 경우이다. 만약 사용승인까지 마친 경우라면 건축물대장이 있기 때문에 관할 행정청은 농지법상 농지에 해당하지 않는다는 이유로 농지취득자격증명의 발급을 거부하게 된다. 이럴 때는 행정청에 '농지법상 농지에 해당하지 않는다'라는 취지의 문구가 명시된 반려통지서를 발급해 달라고 해서 제출해야 법원은 매각허가결정을 한다.
다음으로 농지에 분묘가 있어 농지로 볼 수 없는 경우이다. 이 경우에도 위와 같은 취지의 반려통지서를 발급받아 제출하면 농지취득자격증명 없이도 소유권을 취득할 수 있다는 선례도 있으나, 현실은 원상회복을 조건으로 발급을 해 주거나 분묘가 소재한다는 이유로 발급을 안 해 주는 행정청이 많다. 그러나 이러한 행정청의 태도는 부당하며, 최근 이러한 발급담당자의 농지취득자격증명 거부처분에 대한 행정소송에서 행정청이 계속 패소하고 있는 실정이다.
마지막으로 경매로 취득하려고 하는 농지의 일부가 현황 도로로 사용되고 있는 경우이다. 이 경우에도 행정청은 현황도로 부분이 불법적으로 형질 변경되었다는 이유로 농지취득자격증명을 잘 발급해 주지 않는다. 따라서 이 경우에는 먼저 농지전용허가제도가 처음 도입된 1973. 1. 1. 이전에도 현황 도로로 사용된 것인지 확인해 본다. 그 전부터 사용된 것이 확인된 경우에는 농지취득자격증명을 발급받지 않고 농지의 소유권을 취득할 수 있다. 만약 현황 도로가 주변 농업인의 농사를 위해 이용되는 도로라면 농로로 볼 수 있다. 농로는 농지법상 농지로 인정되기 때문에 별도의 조치 없이 농지취득자격증명의 발급이 가능하다.
따라서 발급담당자에게 현황 도로가 농로임을 주장 입증하여 농지취득자격증명을 발급하도록 설득하여야 한다. 다음으로 농지전용을 통해 지목을 도로로 변경하고 누구나 자유롭게 도로로 이용할 수 있게 하겠다고 발급담당자에게 대안을 제시하여 허락받은 다음 농지취득자격증명을 발급받는 방법도 있다. 즉 현황 도로 부분만 기부채납하고 농지취득자격증명을 발급받을 수도 있다.
경매로 농지를 취득하는 경우에는 최고가 매수신고인으로 정해지면 법원에서 최고가 매수신고인 증명서를 발급받아 그 증명서를 가지고 농지 소재지를 관할하는 시장, 구청장, 읍장 또는 면장에게 농지취득자격증명 신청서를 제출한다. 주말·체험영농목적의 농지를 취득하는 경우에 종전에는 농지취득자격증명만 발급받으면 되었으나 농지법 개정으로 주말·체험영농계획서를 작성하여 발급신청해야 한다. 농지취득자격증명 신청서를 제출할 경우에 매수하려는 농지가 1,000㎡ 이상인 경우에는 농업경영계획서가 필요하다. 이때 기존에 농지를 가지고 있다면 구입하는 농지면적과 합산하여 1,000㎡ 이상이면 농업경영계획서를 작성해야 하고, 합산하여 1,000㎡ 미만이면 주말·체험영농 용도로 주말·체험영농계획서를 작성하여야 된다.
농지취득자격증명을 발급받으려는 자는 취득 대상 농지의 면적, 취득 대상 농지에서 농업경영을 하는 데에 필요한 노동력 및 농업 기계·장비·시설의 확보 방안, 소유 농지의 이용 실태, 농지취득자격증명을 발급받으려는 자의 직업·영농경력·영농거리 등이 모두 포함된 농업경영계획서 또는 주말·체험영농계획서를 작성하고 농림축산식품부령으로 정하는 서류를 첨부하여 농지 소재지를 관할하는 시·구·읍·면의 장에게 발급신청을 하여야 한다.
시·구·읍·면의 장은 농지취득자격증명의 발급신청을 받은 때에는 그 신청을 받은 날부터 7일(농업경영계획서를 작성하지 아니하고 농지취득자격증명의 발급신청을 할 수 있는 경우에는 4일, 농지위원회의 심의 대상의 경우에는 14일) 이내에 신청인에게 농지취득자격증명을 발급하여야 한다. 농지취득자격증명을 발급받으려는 자가 농업경영계획서 또는 주말·체험영농계획서에 포함하여야 할 사항을 기재하지 아니하거나 첨부하여야 할 서류를 제출하지 아니한 경우 농지취득자격증명을 발급받을 수 없다. 또한 1필지를 공유로 취득하려는 자가 시·군·구의 조례로 정한 수를 초과한 경우(7인 이내)에는 농지취득자격증명을 발급하지 아니할 수 있다.