영어 고수분들,,,so에 관해서요

[힘든세상ㅠㅠ]

The doctor thinks you have typhoid,but he certainly [ ]의사는 네가 장티푸스에 걸렸다고는 생각하고 있지만 그는 그렇 지 않기를 바라고 있다
괄호안에 맞는답 고르기 인데요

답이 hopes not 거든요
이유가 he hopes (that you have) not (had typhoid)
괄호 부분이 공통되서 생략되고 그렇다네요

이건 그렇다치구
다른 보기에 doesn't hope so랑 doesn't hope it 이 있어 거든요

so와 it도 가능한것 같은데 왜 틀리는지 모르겠어요

it은 명사구 명사 절 다 대신해서 받을수 있고

so도
이미 언급된 절에 think ,hope,believe..등의 뒤에서 긍정의 목적절로 반복될때 so를 쓸수 있다고 알고 있는데
예를 들어 I don't think that he will come=I don't think so 이렇게요

It을 써서
he certainly doesn't hope it 이나
so를 써서
he certainly doesn't hope so 를 써도 뜻은 다 똑같은것 같은데 왜 틀리죠?

[공시인]

hope not : (나의 환자인 소중한 당신이) 당신이 병에 걸리지 않았기(건강하기를)를 바란다. do not hope so : ( 나는 당신이 싫지만 그렇다고 해서 ) 당신이 병에 걸리었기를 바라는 것은 아니다. 문법상으로는 다 맞지만 어감상 차이가 있는 것 같은데요.

[now do it]

공시인님이 설명을 잘 해 주셨네요. hope not . 그러지 않기를 바란다. don't hope so. 그런 것을 바라지 않았다.