1969년 서울특별시 강서구에서 태어났다.
아버지는 6.25 전쟁 참전 용사인 국가유공자이며 전쟁에서 외상을 당했다. 어린 시절 집이 가난해서 동사무소에서 밀가루를 배급 받았고 상이군경과 장애인에 대한 사회적 시선이 나빴던 탓에 중학교 시절까지만 해도 국가유공자 아들이라는 걸 숨기고 지냈다. 지병으로 축농증을 앓았기 때문에 국가 유공자에게 주어지는 의료복지카드로 병원을 다녔는데, 병원 입장에서 돈이 안 됐기 때문인지 진료를 거부당한 적도 많았고, 또 집 근처에 큰 병원이 없어서 먼 길을 걸어 여러 군데를 다녀야만 했다고. 이런 주변 환경 속에서 상처를 많이 받았지만, 만화영화 주인공 캔디처럼 '외로워도 슬퍼도 난 쓰러지지 않는다'라는 생각으로 이 악물고 버텼다고 한다. 이러한 경험으로 이국종은 '내가 나중에 어른이 되면 아픈 사람들을 함부로 대하지 않겠다.'고 다짐했다고 한다.
그중에서 의료복지카드를 들고오는 자신에게 일반 환자와 같은 대우를 해주는 '김학산 외과'라는 병원이 있었는데, 이국종은 그에 감사하면서도 의문을 갖고 의사에게 "왜 저를 일반 환자와 같이 대해주시나요??"고 물었다. 그러자 의사는 의아해하며 "그건 네가 신경 쓸 문제가 아니야"라고 답했다고. 되려 본인부담금도 안 받고 오히려 이국종에게 "아버지가 자랑스럽겠구나" 라고 하며 용돈을 주곤 했다고 한다.