특허권 유동화 거래 해지로 특허권을 취득하는 경우 과세여부 및 매입세액공제 여부

[박정규 세무사]

특허권 유동화 거래 해지로 특허권을 취득하는 경우 과세여부 및 매입세액공제 여부

특허권의 경제적 소유자가 투자회사에 특허권의 실질적인 통제권을 이전하는 경우 재화의 공급에 해당하고, 그 공급시기는 실질적 통제권이 이전되는 시점이며, 투자회사가 특허권을 과세사업에 사용하는 경우 관련 매입세액은 공제받을 수 있음

【문서번호】법규부가2014-547, 2014.12.16

【질의】

(사실관계)

o “을”이 특허권 유동화 목적으로 특허권을 “갑”투자신탁에 양도하면서 특허권 전용실시권과 우선매수권을 부여받아 특허권을 사용하고 2년 후 해당 특허권의 양도금액과 동일한 금액으로 재매입하기로 하였으나

- “을”이 경영실적 악화 등으로 매각 또는 청산 예정으로 당초 약정한 특허권 재매입 우선권행사의 이행이 불가능해 짐.

- 이에 따라 “갑”은 “을”의 특허권에 대한 전용실시권 부여계약 및 특허권 재매매계약을 별도의 책임추구 없이 합의 해지하여, 특허권에 대한 진정한 소유권을 확정하고자 “해지합의서(안)”를 작성함.

- 해지합의서(안)에는 특허권을 실질적으로 “갑”이 통제 소유하게 되고 “을”에게 통상 실시권을 부여하며, 추후 제3자에게 매각을 고려중임.

o “갑”은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제6조 제1항 제3호에 따른 “집합투자업”을 영위하기 위해 설립된 아이디어브릿지자산운용 주식회사와 동 제6호에 따른 “신탁업”을 영위하는 농협 간 신탁계약으로 설립된 집합투자기구로서

- 동법 제229조 제3호에 규정되어 있는 특별자산을 운용대상으로 하며, 동법 제9조 제18항 제1호에 해당하는 신탁 형태의 집합투자기구 즉 “투자신탁”에 해당함.

o “을”의 특허권 유동화거래가 차입거래인지 양도거래인지 여부에 대한 세법해석 사전답변신청에 대하여

- 국세청은 특허권 양도와 특허권 전용실시권 및 재매입 거래가 약정내용 등 제반 사항으로 미루어 볼 때

- 특허권 양도 형식을 취했더라도 실질적인 통제권이 이전되지 않아 부가가치세 과세대상 재화의 공급이 아니라 실질과세원칙 상 차입거래로 회신함(＜법규부가2012-407, 2012.12.18.＞).

구 분	내 용
1. 투자신탁 기간	ㆍ설정일로부터 24개월
2. 투자목적	ㆍ자본시장법 제229조 제3호의 특별자산 중 지식재산권 및 지식재산 권으로부터 발생하는 권리를 주요 투자대상으로 운용하며 이러한 주요 투자대상자산으로부터 발생하는 수익을 운용수익으로 추구하는 것을 목적으로 함
3. 집합투자업자 관련 사항	ㆍ아이디어브릿지자산운용 주식회사(이하 ‘아이디어브릿지 자산운용’)은 아이디어브릿지 투자신탁1호 및 2호의 집합재산을 운용하는 집합투자업자임 ㆍ2011년 10월 6일에 자본시장법상의 특별자산집합투자기구 운용 및 지식재산권 관련 컨설팅 등을 목적으로 설립되었음. ㆍ2012년 3월 21일 금융위원회로부터 자본시장법에 따른 금융투자업에 대한 인가를 받았음
4. 신탁업자 관련 사항	ㆍ농협은행(주)는 아이디어브릿지 투자신탁 1호 및 2호의 집합투자재산의 관리를 위한 신탁업자임. ㆍ자본시장법에 따른 신탁업자에 해당되며, 집합투자업자인 아이디어 브릿지 자산운용의 운용지시를 받아 집합투자재산을 관리하고 있음.

(질의내용)

o 거래의 실질상 양도담보 성격의 특허권 유동화거래에서 우선매수권이 있는 “을”의 재매입약정 등이 종료되어 장기대여금을 회수하는 대신 “을”의 특허권을 실질적으로 소유하게 된 경우

- 특허권의 실질적 소유권이 “갑”에게 이전되는 것이 부가가치세 과세대상 거래인지와 관련 매입세액의 공제여부 및 공급시기가 언제인지 여부

【회신】

내국법인(“을”)이 보유 중인 특허권에 대한 자산유동화를 위해 투자신탁(“갑”)에 양도하면서 해당 특허권 사용에 대한 전용실시권을 부여받고 일정기간이 경과한 후 해당 특허권을 재매수하는 거래가 특허권의 실질적 통제권의 이전을 수반하지 아니하는 차입거래에 해당하였으나, “갑”과 “을”이 당초 계약을 변경하여 “갑”이 “을”로부터 특허권에 대한 실질적 통제권을 이전받기로 한 경우에는 “갑”은 계약변경으로 실질적 통제권이 유효하게 이전되는 때를 공급시기로 하여 「부가가치세법」 제9조 및 같은 법 제32조에 따라 “을”에게 세금계산서를 발급하는 것이며, “갑”이 이전받은 특허권을 운용ㆍ처분하는 등의 부가가치세 과세사업에 사용하거나 사용할 예정인 경우 특허권을 취득하는 때에 부담한 매입세액은 「부가가치세법」 제38조 제1항에 따라 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임.

【관련 법령】

○ 부가가치세법 제2조【정 의】

1. “재화”란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. “용역”이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조【재화의 범위】

① 「부가가치세법」 제2조 제1호의 물건은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 상품, 제품, 원료, 기계, 건물 등 모든 유체물

2. 전기, 가스, 열 등 관리할 수 있는 자연력

② 법 제2조 제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】

⑧ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제22조【재화의 공급으로 보지 아니하는 담보 제공】

법 제10조 제8항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 질권, 저당권 또는 양도담보의 목적으로 동산, 부동산 및 부동산상의 권리를 제공하는 것을 말한다.

○ 부가가치세법 제15조【재화의 공급시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제28조 【구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기】

② 반환조건부 판매, 동의조건부 판매, 그 밖의 조건부 판매 및 기한부 판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 지나 판매가 확정되는 때를 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

11. 금융ㆍ보험 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제40조 【면세하는 금융ㆍ보험 용역의 범위】

① 법 제26조 제1항 제11호에 따른 금융ㆍ보험 용역은 다음 각 호의 사업에 해당하는 역무로 한다.

2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 다음 각 목의 사업

다. 집합투자업. 다만, 집합투자업자가 투자자로부터 자금 등을 모아서 부동산, 실물자산 및 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 자산에 운용하는 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 시행규칙 제27조 【면세하지 아니하는 집합투자업자 등의 투자대상 자산의 범위】

영 제40조 제1항 제2호다목 단서, 같은 항 제13호 단서, 같은 항 제14호 단서 및 같은 항 제16호 단서에서 “기획재정부령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.

1. 지상권ㆍ전세권ㆍ임차권 등 부동산의 사용에 관한 권리

2. 어업권

3. 광업권

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 자산과 유사한 재산 가치가 있는 자산

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

○ 법인세법 제4조 【실질과세】

① 자산(資産)이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 법인세법 제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】

내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

○ 법인세법 시행령 제71조 【임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도】

④ 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 「자산유동화에 관한 법률」 제13조에 따른 방법에 의하여 보유자산을 양도하는 경우 및 매출채권 또는 받을어음을 배서양도하는 경우에는 기업회계기준에 의한 손익인식방법에 따라 관련 손익의 귀속사업연도를 정한다.

○ 법인세법 시행령 제79조 【기업회계기준과 관행의 범위】

법 제43조에 따른 기업회계의 기준 또는 관행은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준(해당 회계기준에 배치되지 아니하는 것으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 관행을 포함한다)으로 한다.

1. 국제회계기준

1의2. 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제13조 제1항 제2호 및 같은 조 제4항에 따라 한국회계기준원이 정한 회계처리기준

2. 증권선물위원회가 정한 업종별회계처리준칙

3. 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 제정된 공기업ㆍ준정부기관 회계규칙

4. 기타 법령에 의하여 제정된 회계처리기준으로서 기획재정부장관의 승인을 얻은 것

○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제6조【금융투자업】

① 이 법에서 “금융투자업”이란 이익을 얻을 목적으로 계속적이거나 반복적인 방법으로 행하는 행위로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 업(業)을 말한다.

3. 집합투자업

6. 신탁업

④ 이 법에서 “집합투자업”이란 집합투자를 영업으로 하는 것을 말한다.

⑤ 제4항에서 “집합투자”란 2인 이상에게 투자권유를 하여 모은 금전등 또는 「국가재정법」 제81조에 따른 여유자금을 투자자 또는 각 기금관리주체로부터 일상적인 운용지시를 받지 아니하면서 재산적 가치가 있는 투자대상자산을 취득ㆍ처분, 그 밖의 방법으로 운용하고 그 결과를 투자자 또는 각 기금관리주체에게 배분하여 귀속시키는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외한다.

1. 대통령령으로 정하는 법률에 따라 사모(私募)의 방법으로 금전등을 모아 운용ㆍ배분하는 것으로서 대통령령으로 정하는 투자자의 총수가 대통령령으로 정하는 수 이하인 경우

2. 「자산유동화에 관한 법률」 제3조의 자산유동화계획에 따라 금전등을 모아 운용ㆍ배분하는 경우

3. 그 밖에 행위의 성격 및 투자자 보호의 필요성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우

⑧ 이 법에서 “신탁업”이란 신탁을 영업으로 하는 것을 말한다.

○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조【그 밖의 용어의 정의】

<18> 이 법에서 “집합투자기구”란 집합투자를 수행하기 위한 기구로서 다음 각 호의 것을 말한다. <개정 2013.5.28.>

1. 집합투자업자인 위탁자가 신탁업자에게 신탁한 재산을 신탁업자로 하여금 그 집합투자업자의 지시에 따라 투자ㆍ운용하게 하는 신탁 형태의 집합투자기구(이하 “투자신탁”이라 한다)

○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제229조【집합투자기구의 종류】

집합투자기구는 집합투자재산의 운용대상에 따라 다음 각 호와 같이 구분한다.

3. 특별자산집합투자기구 : 집합투자재산의 100분의 40 이상으로서 대통령령으로 정하는 비율을 초과하여 특별자산(증권 및 부동산을 제외한 투자대상자산을 말한다)에 투자하는 집합투자기구

○ 특허법 제94조(특허권의 효력)

특허권자는 업으로서 특허발명을 실시할 권리를 독점한다. 다만, 그 특허권에 관하여 전용실시권을 설정하였을 때에는 제100조 제2항에 따라 전용실시권자가 그 특허발명을 실시할 권리를 독점하는 범위에서는 그러하지 아니하다.

○ 특허법 제100조(전용실시권^*)

① 특허권자는 그 특허권에 대하여 타인에게 전용실시권을 설정할 수 있다.

^* 전용실시권(專用實施) : 특허권자가 그 특허발명에 대하여 기간ㆍ장소 및 내용의 제한을 기하여 다른 사람에게 독점적으로 허락한 실시권(전용실시권자는 민형사상의 권리 주장이 가능하며, 전용실시 기간 동안 특허권자는 해당 특허를 실시할 수 없음)

② 전용실시권을 설정받은 전용실시권자는 그 설정행위로 정한 범위에서 그 특허발명을 업으로서 실시할 권리를 독점한다.

③ 전용실시권자는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 특허권자의 동의를 받아야만 전용실시권을 이전할 수 있다.

1. 전용실시권을 실시사업(實施事業)과 함께 이전하는 경우

2. 상속이나 그 밖의 일반승계의 경우

○ 특허법 제102조(통상실시권)

① 특허권자는 그 특허권에 대하여 타인에게 통상실시권을 허락할 수 있다.

② 통상실시권자는 이 법에 따라 또는 설정행위로 정한 범위에서 특허발명을 업으로서 실시할 수 있는 권리를 가진다.