마술피리의 배경은 이집트의 사막. 원래 이웃나라 왕자인 타미노 왕자는 진리를 찾아 여행을 떠나게 되는데, 이곳에서 갑자기 커다란 뱀을 만나게 되어 기절하죠. 이때 밤의 여왕의 세 시녀가 뱀을 죽이고 왕자를 구해줍니다. 하지만 그때 길을 지나가던 파파게노는 마치 자신이 뱀을 죽인 것처럼 거짓말을 하다가 세 시녀로부터 밤의 여왕의 벌을 받게 됩니다. 밤의 여왕은 타미노 왕자의 늠름한 모습을 보고 자라스트로에게 납치된 딸 파미나를 구출해줄 수 있는 인물이라고 생각하고, 세 시녀를 시켜 타미노 왕자에게 파미나의 초상화를 보여줍니다. 그러자 파미나 공주의 아름다운 모습에 완전히 반한 타미노 왕자는 공주를 구출하러 가겠다고 나섭니다. 그러자 밤의 여왕은 파파게노에게 벌 대신 함께 길을 떠나라고 명령을 내립니다. 본인의 의지와는 상관없이 타미노 왕자와 함께 길을 떠나게 된 파파게노는 불만이 가득했지만 곧 원래 성격대로 떠들썩하게 즐거워집니다.
결국 타미노 왕자는 파미나와 만나게 되고, 파미나와 행복하게 맺어집니다. 그런데 즐거운 성격의 파파게노에게는 스스로를 시무룩하게 만드는 하나의 문제가 있었습니다. 바로 여자 친구가 없다는 것이었죠. 그래서“내게도 애인이나 아내를 주세요’이렇게 노래를 불렀습니다. 하루는 파파게노 옆에 아주 나이 많은 노파가 나타납니다. 그런데 이 노파가 자꾸 자신이 파파게노의 짝 파파게나라고 하는 거예요. 파파게노는 무서워졌죠.
하지만 여자가 없는 것보다는 나이든 할머니라도 짝이면 좋겠다고 생각하는 순간, 이 여자가 본 모습을 드러냅니다. 노파 목소리를 내던 사람이 갑자기 망토를 벗으니까 실은 아주 젊은 여인인 것이 아니겠습니까? 파파게노는 무척 좋아하지만 그것도 잠시, 파파게나는 사라집니다. 이제 파파게노는 늘 파파게나만 생각하고 있습니다. 파파게나가 끝끝내 나타나지 않자 죽음을 결심하기도 하죠. 하지만 마지막 순간, 세 어린이 천사가 좌절하지 말라면서 파파게노에게 파파게나를 데려다 줍니다. 드디어 두 사람은 만났습니다. 서로 “파파! 파파!” 하면서 이름을 부르고, 우리 앞으로 아이들 많이 낳고 행복하게 살자면서 즐겁게 2중창을 부릅니다. 바로 파파게노와 파파게나의 2중창 ‘파파게노, 파파게나’입니다. 파파게노에게도 고생 끝에 낙이 온 거예요.