농협 전산용역 부가세 면제 종료…농업용 석유류 감면기한은 연장

[김범구]

강병구 세제발전심위위원장(가운데)이 26일 서울 대한상공회의소에서 열린 제54차 세제발전심의위원회에서 발언하고 있다. 연합뉴스
정부, 2021년 세법개정안 발표
농협 조세부담 커져 사업 차질
농민 지원 축소 우려 목소리
면세유 적용은 2023년까지
 
농협중앙회와 NH농협은행이 자회사·계열사에 공급하는 전산용역에 대한 부가가치세 면제가 올해말로 종료된다. 농업용 석유류에 대한 부가세 감면 적용기한은 당초 올해말에서 2023년말까지로 연장된다.

정부는 26일 세제발전심의위원회를 열고 이런 내용의 ‘2021년 세법개정안’을 내놨다.

정부는 7월27일∼8월12일 입법예고, 8월24일 국무회의를 거쳐 9월3일까지는 국회에 개정안을 제출한다는 계획이다.

개정안에 따르면 올해말 일몰이 도래하는 농협·수협의 전산용역 부가세 면제의 적용기한이 연장되지 않고 그대로 종료된다. ‘금융기관간 형평성 고려’라는 이유에서다.

농협은 2012년 금융지주회사와 경제지주회사를 출범하는 사업구조 개편을 단행하면서 전산망도 분리했다. 다만 모든 자회사와 계열사가 별도의 전산망을 갖추려면 큰 비용이 들기 때문에 농협중앙회와 농협은행이 각 자회사와 계열사에 전산용역을 공급하는 방식을 취했다.

자회사와 계열사는 별도의 법인이기 때문에 전산용역에 대한 부가세를 부담하는 게 원칙이다. 하지만 사업구조 개편 당시 정부는 농협의 세 부담이 사업구조 개편 전보다 높아지지 않도록 하겠다고 했고, 전산용역 부가세 면제도 이런 배경에서 이뤄졌다.

그런데 이런 혜택이 사라져 농협의 조세 부담이 커지면 경제사업 활성화 등 사업구조 개편의 취지를 달성하는 데 차질이 생기고 농민 지원도 줄어들 수 있다는 우려가 제기된다. 지난해 기준 해당 혜택을 통한 감면세액은 56억원으로 추정된다.

특히 ‘금융기관간 형평성 고려’라는 이유도 농협이 농민 지원이라는 특수한 목적을 지니고 있다는 점, 사회공헌활동 참여도가 높다는 점 등을 고려하면 맞지 않는다는 지적이 나온다.

한편 개정안은 농업용 석유류에 대한 부가세 등 면제의 적용기한을 당초 올해말에서 2023년말까지 2년 연장하기로 했다. 지난해 농업용 면세유를 통한 감면세액은 6830억원으로 추산된다.

이밖에 ▲영농조합법인 및 농업회사법인에 대한 법인세 면제 ▲농어업경영 및 농어업작업 대행용역에 대한 부가세 면제 ▲농협 등 조합원의 인지세 면제도 함께 연장한다.

‘면세농산물 의제매입세액 공제 한도 특례’ 적용기한도 올해말에서 2023년말까지로 연장한다. 부가세가 면제되는 농축수산물을 원료로 사들이면 구입금액의 일정 비율을 매입세액으로 의제해 공제하는 제도다. 개인사업자는 공제 한도가 매출액의 40∼50%지만 이를 올 연말까지 45∼55%(음식점업은 50∼65%)로 한시 적용하고 있는데, 이 혜택을 2년 더 늘리겠다는 것이다.

양석훈 기자