법인명은 학교법인 감리교학원이고, 교훈은 '진리·사랑·봉사'이다. 대전광역시 서구 도안동 800번지에 있다. 1954년
5월 감리교 대전신학원으로 인가를 받아 1957년 5월 감리교 대전신학교로 설립되었는데, 당시 설립자는 도익서(본명은 Charles D.
Stoke)이다. 1965년 1월 감리교 대전신학대학으로 개편되었고, 1969년 이후에는 감리교 산하의 신학교육기관으로 일관해온 종래의 성격에서
벗어나 교육목표의 포괄적 확대를 꾀했다. 1972년 12월 일반대학으로 되면서 목원대학으로 이름을 바꾸었고, 1992년 종합대학으로 승격되었다.
1999년 2월 대전 중구 목동에서 지금의 캠퍼스로 이전하였다.
신학대학·인문대학·공과대학·테크노과학대학·사회과학대학·음악대학·미술대학·사범대학 등 8개 단과대학에 18개 학부 및 29개 학과로 구성되어
있다. 또한 야간대학인 이부대학에 9개 학과를 운영하고 있다. 대학원으로는 일반대학원 외에 신학대학원·산업정보대학원·교육대학원·언론광고홍보대학원
등이 있다. 목원대학교는 신학대학이 아니지만 신학과를 설치하여 목회자를 양성하고 있는 것이 특징이다.
도서관·대학신문사·대학방송국·생활관·산학협력단·교수학습센터 등의 부속기관이 있고, 1979년에 설립된 산업경영연구소를 비롯하여
인문과학연구소·자연과학연구소·사회과학연구소·이주여성연구소·조형예술연구소·IT연구소·신학연구소·건축도시연구센터 등 부설연구소가 있다.