부과제척기간을 경과하여 수정신고ㆍ납부한 쟁점납부액의 환급여부

[박정규 세무사]

부과제척기간을 경과하여 수정신고ㆍ납부한 쟁점납부액의 환급여부

국세환급금 관련 환급청구에 대한 거부처분은 심판청구의 대상이 되고, 부과제척기간을 도과한 과세기간분에 대한 세액을 수정신고ㆍ납부하여 발생한 쟁점납부액은 「국세기본법」 제51조의 오납금에 해당하므로 처분청이 쟁점납부액에 대하여 환급을 거부한 처분은 잘못임

【문서번호】조심2013서4626, 2015.03.04

【주문】

OOO세무서장이 2013.10.30. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 OOO원의 환급 거부처분은 이를 취소한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 청구법인은 2011.10.12. 부과제척기간을 도과한 2003사업연도 법인세를 수정 신고시 OOO원(이하 “쟁점납부액”이라 한다)을 납부한 후, 2013.7.26. 위 수정신고에 대하여 착오납부를 사유로 「국세기본법」 제51조에 의해 국세환급금신청서를 첨부하여 쟁점납부액을 환급 결정을 청구하였으나, 처분청은 이 건 심판청구일까지 최종 결과를 통지하지 아니하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.18. 심판청구를 제기하였고, 처분청은 2013.10.30. 「심판청구에 대한 답변서」를 통하여 청구법인에게 환급거부의 의사를 통지하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점납부액은 「국세기본법」 제51조에 규정된 “잘못 납부한 금액”에 해당하여 환급신청을 한 것으로서 심판청구일 현재 처분이 없어 심판청구를 제기한 것이므로 적법ㆍ타당한 점, OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)의 특별세무조사 기간이라는 특수한 상황에서 조사청의 채무면제이익으로의 수정신고 권고에 따라 수정 신고한 것으로서 청구법인이 스스로 인지한 것이 아니고, 조사청이 수정신고일(2011.10.12.)에 수정신고서 제출과 납부이행까지 완료하도록 독려하여 청구법인은 충분한 사전검토가 불가능하였던 점, 당초 세법상 원인없는(처음부터 납부의무 없음) 당연 무효에 해당하는 잘못 납부한 금액(「국세기본법」 제51조 및 「국세기본법 집행기준」 51-0-2)에 해당하는 점, 충분한 검토없이 착오 또는 법률상 원인없이 잘못 납부한 금액으로 국가의 부당이득에 해당하는 점, 설령 처음부터 납부의무가 존재한 것이라 하더라도 이미 국세부과 제척기간이 도과하여 납부 의무가 소멸(처분청도 제척기간 도과사실을 인정하고 있음)된 것인 점(세-11:20130108">기획재정부 조세정책과-11, 2013.1.8. 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청은 쟁점납부액을 국세환급금으로 결정하여 청구법인이 위법부당한 처분을 받지 않도록 하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 당초 수정신고가 법률상 원인이 없는 것에 기인한 것이라는 주장이나, 해당 수정신고는 주식회사 OOO 및 본사의 상황을 고려하여 스스로 채무면제이익으로 수정신고한 것으로 청구법인의 외형 및 업무수행능력 등으로 보아 충분한 검토가 있었을 것으로 판단되는 등 법률상 원인이 없다고 볼 수 없는 점, 해당 수정신고가 과세표준이나 세액을 세법에 따라 신고하여야 할 금액보다 많게 신고한 경우에는 경정청구의 절차를 통하여 환급신청하여야 하나 경정청구기한(법정신고기한이 지난 후 3년 이내)이 이미 경과한 점, 청구법인의 경우와 같이 국세부과의 제척기간이 지난 후에 과소신고된 과세표준 및 세액을 스스로 바로잡아 자진신고 납부한 세액에 대하여는 국세부과의 제척기간이 경과하여 환급할 수 없으며, 부과제척기간이 경과하여 수정신고를 하였으므로 납세의무가 소멸 되었다고 주장하나, 「국세기본법」 제45조가 2011.12.31. 개정되기 전에는 부과제척기간 경과여부에 관계없이 수정신고납부가 가능하였으므로 해당 수정신고납부는 정상적인 수정신고에 해당하는 점, 쟁점납부액이 착오납부에 해당한다면 그에 대한 환급청구권은 부당이득 반환청구로 보아 민사소송절차에서 행사되어야 할 것이므로 이 건 환급청구는 각하대상이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부과제척기간을 도과하여 수정신고 납부한 쟁점납부액이 오납금에 해당하여 환급결정 대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 것) [납부의무의 소멸] 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비를 납부할 의무는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에 소멸한다.

1. 납부ㆍ충당되거나 부과가 취소된 때

2. 제26조의2에 따라 국세를 부과할 수 있는 기간에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 끝난 때

3. 제27조에 따라 국세징수권의 소멸시효가 완성된 때

제26조의2(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 것) [국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

제27조(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 것) [국세징수권의 소멸시효] ① 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리는 이를 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다.

② 제1항의 소멸시효에 관하여는 이 법 또는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 「민법」에 따른다.

③ 제1항에 따른 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리를 행사할 수 있는 때는 대통령령으로 정한다.

제45조(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) [수정신고] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

제45조(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 것) [수정신고] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

제45조의2(2013.1.1. 법률 제11604호로 개정된 것) [경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

제51조(2013.1.1. 법률 제11604호로 개정된 것) [국세환급금의 충당과 환급] ① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

제55조(2013.1.1. 법률 제11604호로 개정된 것) [불복] ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

(2) 국세기본법 시행령

제12조의3 [국세 부과 제척기간의 기산일] ① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(「종합부동산세법」 제16조 제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

제33조 [국세환급금 등의 환급] ③ 법 제51조 제1항 후단에 따른 환급청구를 하려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 이 건 수정신고 경위에 대한 주장은 다음과 같다.

(가) 청구법인의 OOO현지법인(주주구성은 청구법인 472,000주, OOO은 2002년 12월 보유하고 있던 청구법인 주식 매각으로 유가증권매각손실 OOO이 발생하였는 바, OOO현지법인은 OOO세법에 의해 2003년 귀속 사업연도에 동 손실액을 결산서에 반영하였다.

(나) 조사청은 2011.1.17.∼2011.10.30. 기간 중 청구법인에 대한 특별세무조사시 OOO현지법인의 유가증권매각손실에 대하여 조사공무원들이 OOO 국세청을 3∼4차례 방문하여 본사인 청구법인과의 자금거래관계 및 채권채무 등을 조사한 결과 청구법인과는 무관한 것으로 종결하였다.

(다) 조사청은 위 (나)와 같이 OOO현지법인의 유가증권매각손실이 청구법인과 무관한 것으로 확인하여 종결함에 있어 청구법인이 특수관계에 있는 OOO현지법인의 손실에 대한 보전의무 개연성이 있으므로 청구법인이 채무면제이익으로 수정신고ㆍ납부할 것을 권고하였고, 청구법인은 오랜 기간의 조사청 세무조사에 의한 피로감으로 정상적인 운영이 어려웠던 바, 세무조사 조기종결의 목적만으로 충분한 사전 검토 없이 2011.10.12. 쟁점납부액을 신고ㆍ납부하였다.

(라) 청구법인과 OOO현지법인의 유가증권 취득 및 매각과 관련하여 그 동안 채권채무관계가 전혀 없었고, 조사청도 청구법인의 심판청구일 현재까지 청구법인과 OOO현지법인 간의 채권채무관계에 대한 아무런 입증자료를 제시하지 못하고 있는 바, 조사청이 OOO현지법인의 유가증권 취득 및 매각과 관련하여 청구법인과 OOO현지법인 간의 채권채무관계가 있음이 확인되었다면 조사청이 직접 고지하였을 것임에도 과세한 사실이 없다.

(2) 처분청이 제시한 증빙은 다음과 같다.

(가) 청구법인의 OOO현지법인 주주명부(2003.12.31.)를 보면, 청구법인은 보통주 472,000주, OOO은 보통주 19,000주를 보유하고 있는 것으로 나타난다.

(나) OOO가 2011.8.30. 작성한 OOO현지 법인 회계처리내역서를 보면, 주식매각손실이 2002년 12월 OOO엔이 각각 발생하였고, 2004.4.1.∼2005.3.31. 사업기간동안 이익금처분(안)으로 OOO을 처리하였으며, 유가증권매각손실소각액 OOO이 발생하여 유가증권매각손실은 합계 OOO으로 기재되어 있다.

(다) OOO현지법인 손익계산서상 유가증권매각손실을 보면, 2003.3.31. 현재 OOO이 각각 계상되어 있는 것으로, 채무면제이익 OOO을 익금산입(기타로 소득처분)하여 쟁점납부액 상당액이 차감납부할 세액으로 증가된 것으로 나타난다.

(라) 기타 국세환급금 신청서(착오납부), 청구법인 재무제표(2003.12.31. 현재) 등이 제시되었다.

(3) 청구법인과 처분청은 2014.10.8. 조세심판관회의에 참석하여 다음과 같이 의견진술을 하였다.

(가) 청구법인은 2011.1.18.경 40여명의 국세청 조사요원이 해외에 OOO원의 비자금 혐의가 있는 것으로 보아 영치 조사하여 당시 언론에도 보도되는 등 매우 어려운 상황이었고, 조사실적이 없자 세무조사기간이 계속 연장되었으며, 조사청 조사공무원이 OOO출장 후 OOO현지법인 손실을 보전할 의무가 있다 하여 청구법인에게 채무면제이익으로 수정신고를 권고하였는바, 청구법인은 장기간의 세무 조사에 따른 피로감, 회사의 비정상적인 운영, 주주들의 불평 등 많은 어려움이 있었고, 청구법인의 세무조사 대리인은 조사청 세무조사의 조속한 종결을 위해서는 조사청의 요청대로 일단 수정신고를 하고, 추후 환급받으면 된다고 하여 수정신고 납부한 것이라는 취지 등으로 의견진술을 하였다.

(나) 처분청은 청구법인의 쟁점납부액이 이미 국세부과제척기간이 도과하여 납부하지 아니하여도 될 세금이라면 청구법인이 OOO원이라는 거액을 납부하지 않았을 것이고, 부과제척기간이 지나지 않았다면 납부하여야 할 정당한 세금으로서 국세청에서 10개월간 조사할 당시 세법전문가인 ○○○, 법무법인 △△에서 수임하였으며, OOO 현지법인의 손실은 본사인 청구법인에게 청구할 의무가 있는데 손실처리를 하였고, OOO 국세청에 수정신고하는 등 정당하게 납부하여야 할 세금을 납부한 것이라는 의견을 제시하였다.

(4) 우리 원은 2014.11.14. 처분청에 2003사업연도 귀속분에 대한 수정신고납부와 관련하여 과세요건사실 등을 확인할 수 있는 조사청의 청구법인에 대한 세무조사 관련 서류 등을 제출하여 줄 것을 요청 하였으나, 처분청은 쟁점납부액에 대한 과세요건사실 등을 확인할 수 있는 세무조사 관련 서류들은 제시하지 못하고 있다.

(5) 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 「국세기본법」 제45조 제1항을 보면, ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출 한 자(「소득세법」 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못하는 때 등에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다’고 규정하고 있다.

(6) 기획재정부에서 발간한 2011 간추린 개정세법에 따르면, 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 「국세기본법」 제45조 제1항의 개정취지는 부과제척기간 경과 후에도 수정신고를 허용하는 것이 국세 관련 권리관계를 조속히 확정시키려는 부과제척기간의 취지에 맞지 않으며, 허용할 실익도 크지 아니하므로 2012.1.1. 이후 수정 신고하는 분부터 관할세무서장이 결정ㆍ경정하여 통지하기 전으로서 부과제척기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있도록 한 것이라고 기재되어 있다.

(7) 한편, 청구법인의 심판청구 건이 각하대상이라는 처분청 의견에 대하여 살펴보면, 조세심판 청구제도는 「국세기본법」 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지못함으로써 권리 또는 이익을 침해 당한 자에 대하여 그 처분의 취소ㆍ변경이나 필요한 처분을 하도록 함으로써 위법ㆍ부당한 조세행정활동으로부터 납세자의 권익을 보호하는데 그 취지가 있으며, 「국세기본법」 제51조 및 제52조에서 납세의무자가 국세, 가산금, 체납처분비 등으로 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급할 세액이 있는 때에는 즉시 과오납액, 초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 하고 환급가산금을 가산하여야 한다고 명시적으로 규정하고 있음에도 이를 처분이 아니어서 조세심판으로 다툴 수 없도록 하는 것은 국세 등의 환급과 관련하여 국가에게 의무를 부여하고 있는 위 「국세기본법」 관련규정이 국가에게 재량을 허용한 것처럼 해석될 소지가 있어 불합리할 뿐 아니라 또한 이 경우, 납세자에게 권리구제측면에서 심히 불이익한 결과를 초래하게 되므로 국세환급금(환급가산금 포함)의 결정 또는 거부처분은 본안심리의 대상에 해당한다(＜국심 92중4209, 1993.3.23.＞ 조세심판관 합동회의, 같은 뜻임) 할 것이다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 수정신고는 법률상 원인이 없다고 할 수 없고, 경정청구기한이 경과하였으며, 쟁점납부액은 국세부과의 제척기간이 경과하여 환급할 수 없고, 「국세기본법」 제45조가 2011.12.31. 개정되기 전에는 부과제척기간 경과 여부에 관계없이 수정신고ㆍ납부가 가능한 것이며, 쟁점납부액이 착오납부에 해당한다면 민사소송절차에서 환급받아야 하는 등 이 건 환급청구는 각하대상이라는 의견이나,

이 건 심판청구는 위 (7)에서 살펴본 바와 같이 본안심리 대상에 해당하고, 「국세기본법」 제51조 소정의 과오납금은 납부해야 할 세액보다 초과납부 하였거나 착오에 의하여 납부의무가 없는 세액을 납부한 경우 그 세액을 말하는 것으로 과납금은 조세의 납부시에는 이에 대응되는 확정된 조세채무가 존재하였으나 후에 불복에 대한 결정ㆍ판결이나 과세관청의 취소 결정 등의 사유로 채무가 소멸하게 된 경우에 생기는 세액을 말하고, 오납금은 납부시 이에 대응되는 조세채무가 존재하지 않거나 납부세액이 조세채무를 초과하는 경우에 생기는 세액을 말하는 것이며, 어떤 세액이 과오납금으로 확인된 경우 과세관청은 즉시 과오납금을 국세환급금으로 결정하여야 하는 점(＜국심 2007서5238, 2008.10.15.＞ 조세심판관 합동회의, 같은 뜻임),

「국세기본법」 제26조 제1항 제2호 및 같은 법 제26조의2에서 국세부과제척기간이 도과한 경우 조세채무가 소멸하는 것으로 규정 하고 있는바, 조세채무가 소멸하면 과세관청이 부과권을 행사한다거나 납세자 및 과세관청이 과세표준 또는 세액을 변경하는 결정ㆍ경정도 할 수 없어 납세자가 납세의무를 부담할 법령상 근거가 있는 것으로 보기 어려울 뿐 아니라, 부과제척기간 경과 후 수정신고를 허용하는 경우 신고내용에 오류 또는 누락이 있더라도 이를 결정ㆍ경정하기 어렵고, 국세 관련 권리관계를 조속히 확정시키려는 부과제척기간의 취지에도 반하게 되는 점,

부과제척기간이 경과하여 소멸된 납세의무가 수정신고를 하였다 하여 다시 성립한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점납부액은 부과제척기간을 도과한 과세기간분에 대한 세액으로서 오납금에 해당 하는 것으로 보이므로 「국세기본법」 제51조 제1항의 적용대상에 해당한다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점납부액에 대하여 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.