제주특별자치도 서귀포시 상효동 산 39번지에 위치한 대한불교조계종 사찰. 천연계곡 돈내코에서 산 쪽으로 약 2km 정도 올라간 한라산 국립공원의 경계에 자리 잡고 있다.
속칭 덕생이 오름이라 불리는 이곳에 남국선원이 창건된 것은 1977년 혜국 스님이 인법당과 요사채를 건립하면서 부터이다. 개원 후 남국선원에는 전국의 납자들이 몰려들었고 1990년부터 1995년까지 대규모 중창불사가 진행되어 70평 규모의 대웅전과 2층으로 된 100평 규모의 문무관과 제방선원을 완공하기에 이른다. 또한 100평에 이르는 누각 형태의 시민선방과 60평 규모의 지대방 그리고 삼성각, 종각, 보현실 등 수행도량의 면모를 갖추게 되었다.
현재 남국선원은 수행기간 내 문을 걸어 잠근 채 수행하는 무문관(無門關) 선원과, 안거가 있는 제방선원으로 나뉘어 있다. 무문관 선원은 1층 5곳과 2층 제방선원의 좌우에 2곳 등 모두 7개의 무문관이 있다. 제방선원은 2층에 좌우 무문관을 협시로 중앙에 자리하고 있다. 이밖에 남국선원에서는 재가자를 위한 시민선원도 운영되고 있다.시민선원은 일반재가자들의 참선 수행을 돕기 위해 마련된 것으로 스님들의 안거기간에 맞춰 결제에 들어 수행하는 것은 물론, 매달 격주 토요일, 일요일에는 철야로 정진하는 불교 수행법인 용맹정진이 행해진다. 남국선원의 무문관과 제방선원은 대웅전 뒤편에 자리잡고 있다. 2층으로 된 총 100평 규모의 선원이다. 1층에는 5개의 무문관이, 2층에는 중앙의 제방선원과 제방선원 좌우 2개의 무문관이 있다. 시민선원은 대웅전 맞은편에 자리 잡고 있으며 누각 형태의 건물이다. 특히 남국선원은 지난 2006년 12월 8일에 약천사 등의 6개 사찰과 함께 문화관광부로부터 전통사찰로 지정되어, 현재까지도 국가와 시·도로부터 보존 관리되고 있다.
대웅전은 1994년에 중창된 건물로 70평 규모의 팔작지붕이다. 대웅전 안에는 석가모니불을 주불로 하여 좌우 협시로 관세음보살과 지장보살을 봉안하여 놓았다.
관련 문화재 남국선원 소장 불교전적문화재가 제주특별자치도 유형 문화재 제22호로 지정 보호받고 있다. 고려 시대 보조국사 지눌이 수행자를 위해 저술한 수행지침서인 『육경합부(六經合部)』[1486년(성종 22) 무등산 규봉암 간행]와 『몽산화상육도보설(蒙山和尙六道普說)』, 영천공산본사에서 중간한 『묘법연화경(妙法蓮華經)』[1531년] 등 임진왜란 이전에 발간된 희귀 목판본들이다.