2013년 시행 조세특례제한법령 개정 해설 - 법인세 등 세무조정시 참조하세요

[박연주 회계사]

2013년 시행 조세특례제한법령 개정 해설 ………<택스넷 박재혁>

목차

1. Ⅰ. 개정방향
2. Ⅱ. 주요내용
3. Ⅲ. 구체적 개정사항
4. Ⅳ. 중소기업에 대한 조세특례
5. Ⅴ. 연구 및 인력개발에 대한 조세특례
6. Ⅵ. 투자촉진 및 고용지원을 위한 조세특례
7. Ⅶ. 기타 조세특례

Ⅰ. 개정방향

일자리 창출 및 성장동력 확충을 위해 조세특례제도의 고용창출 기능을 제고하고, 연구･인력개발비 투자와 중소･벤처기업의 창업지원을 강화하는 한편, 내수활성화 및 서민생활 안정을 위해 소비와 주택거래 활성화를 지원하고, 서민･중산층 및 농어민･노인･장애인 등 사회취약계층에 대한 지원을 강화하며, 재정건전성 제고를 위해 비과세･감면을 정비하고, 조세특례에 대한 성과관리를 강화하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선･보완하는 방향으로 개정되었다.

Ⅱ. 주요 내용

• 창업중소기업 등에 대한 세액감면 기간을 4년에서 5년으로 연장하고, 적용기한을 2015년 12월 31일까지 3년 연장하였다.
  • 중소기업 세제 지원 대상 업종에 사회복지 서비스업과 일반도시가스사업을 추가하고, 알뜰 주유소를 운영하여 발생한 소득에 대한 소득세와 법인세를 감면하도록 하였다.
  • 연구･인력개발비에 대한 세액공제 제도를 합리화하기 위하여 중견기업에 대해 당기분 세액공제율(8%)을 신설하고, 증가분 세액공제 방식을 적용함에 있어 현행 직전 4년간 발생한 연구･인력개발비의 연평균을 초과하는 금액에 세액공제율을 곱하여 계산하는 방식에서 직전 과세연도 연구･인력개발비를 초과하는 금액에 세액공제율을 곱하여 계산하는 방식으로 변경하되, 해당 과세연도에 발생한 연구･인력개발비가 직전 4년간 발생한 연구･인력개발비의 연평균 금액보다 적은 경우에는 해당 과세연도에 발생한 연구･인력개발비에 세액공제율을 곱하여 계산하는 방식만 적용하도록 하였다.
  • 중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제의 적용기한을 2014년 12월 31일까지 2년 연장하고, 개인투자조합을 통한 벤처기업 투자 또는 개인의 벤처기업 직접투자 시 소득공제율을 100분의 20에서 100분의 30으로 인상하였다.
  • 외국인근로자에 대한 소득세 단일세율 과세특례의 적용기한을 2014년 12월 31일까지 2년 연장하고, 적용세율을 100분의 15에서 100분의 17로 인상하였다.
  • 외화예금의 장기예치를 유도하여 외화조달구조를 안정화하고 조달비용을 절감하기 위하여 비거주자 또는 외국법인의 만기 1년 이상 정기외화예금의 이자소득에 대해 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니하도록 하였다.
  • 기업의 안전설비 투자를 지속적으로 유도하기 위하여 안전설비투자 등에 대한 세액공제의 적용기한을 2014년 12월 31일까지 2년 연장하고, 중소기업이 기술유출 방지설비에 투자하는 경우에는 세액공제율을 100분의 3에서 100분의 7로 인상하였다.
  • 일자리 창출을 지원하기 위하여 수도권과밀억제권역 밖에 투자하는 일반기업의 경우 고용창출투자세액공제의 기본공제율을 수도권 안은 100분의 3에서 100분의 2로, 수도권 밖은 100분의 4에서 100분의 3으로 인하하고, 고용증가와 연계된 추가공제율은 100분의 2에서 100분의 3으로 인상하며, 중소기업은 고용이 감소한 경우 기본공제금액에서 감소인원 1명당 1천만원을 차감하도록 하였다.
  • 산업수요맞춤형고등학교 등을 졸업한 사람을 병역 이행 후 2017년 12월 31일까지 복직시킨 중소기업에 대해서는 복직 후 2년 이내 지급한 인건비의 100분의 10에 해당하는 금액을 소득세･법인세에서 공제하도록 하였다.
  • 조합법인 등의 지원을 위하여 조합법인 등에 대한 당기순이익 과세제도의 적용기한을 2014년 12월 31일까지 2년 연장하고, 일부 세무조정 사항을 추가하며, 복식부기에 의한 기장을 의무화하였다.
  • 고용여건이 취약한 장애인 및 취약계층의 일자리 창출을 지원하기 위하여 사회적 기업 및 장애인 표준사업장에 대한 법인세 등의 감면기간을 4년에서 5년으로 연장하였다.
  • 임대주택 리츠･펀드 투자자의 배당소득에 대한 소득세 저율(100분의 5) 분리과세 기준금액을 1억원에서 3억원으로 인상하였다.
  • 수산업협동조합 우선출자지분을 취득한 소액주주인 수산업협동조합 근로자의 자사지분 배당소득에 대해 농업협동조합 근로자와 동일하게 비과세하도록 하였다.
  • 서민･중산층의 재산형성 지원을 위해 총급여 5천만원 이하 근로자, 종합소득금액 3천5백만원 이하 사업자가 2015년 12월 31일까지 재형저축에 가입할 경우 이자소득 또는 배당소득에 대한 소득세를 비과세하도록 하였다.
  • 노인 1인가구의 근로유인 제고 및 소득지원을 위해 근로장려금 신청대상에 부양자녀 또는 배우자가 없는 60세 이상 거주자를 추가하였다.
  • 외국단체 중 동업기업과세특례를 적용받을 수 있는 국내단체와 유사하고 일정한 기준에 해당하는 외국단체에 대해서도 동업기업과세특례를 적용받을 수 있도록 하였다.
  • 내국인이 산업수요맞춤형고등학교 등에 직업훈련용 시설 등을 기부하는 경우를 대학 맞춤형 교육비용 등에 대한 세액공제 대상에 추가하였다.
  • 해외진출기업의 국내복귀를 통한 국내투자 활성화 및 일자리 창출을 지원하기 위하여 국내복귀에 대한 세액감면 제도를 2015년 12월 31일까지 3년 연장하고, 해외사업장을 폐쇄하고 국내로 복귀하는 경우에는 중소기업에 한해 관세의 100분의 100을 경감하며, 해외사업장을 폐쇄하지 않더라도 국내 생산시설이 없는 해외진출 중소기업이 국내에 창업하거나 사업장을 신설하는 경우에는 국내복귀로 인정하여 소득세 또는 법인세를 3년간 100분의 100, 그 후 2년간 100분의 50 감면하고, 관세도 100분의 50을 경감하도록 하였다.
  • 개인택시 경영여건 개선을 위해 개인택시 차량구입비에 대한 부가가치세를 2015년 12월 31일까지 면제하였다.
  • 2012여수세계박람회 조성사업구역에 2015년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설하는 기업이 그 구역 안의 사업장에서 하는 사업에 대하여 법인세 또는 소득세를 3년간 100분의 100, 그 후 2년간 100분의 50을 감면하도록 하였다. • 건전소비 유도 및 자영업자의 수수료 부담 경감을 위해 현금영수증 사용분의 소득공제율을 100분의 20에서 100분의 30으로 인상하고, 신용카드 사용금액의 소득공제율을 100분의 20에서 100분의 15로 인하하며, 대중교통 이용 활성화 등을 위해 신용카드 등으로 지출한 대중교통비에 대해 100분의 30의 소득공제율을 적용하고, 공제한도를 100만원 추가하도록 하였다. • 과세표준이 100억원을 초과하는 법인 및 개인의 사업소득에 대한 최저한세율을 인상하였다. • 조세지출 성과관리 제도를 도입하였다.

Ⅲ. 구체적 개정사항

그 구체적인 개정사항은 다음과 같다. 다만, 소득세법 등 개별세법과 관련된 사항은 제외하였다.

Ⅳ. 중소기업에 대한 조세특례

1. 중소기업 투자세액공제 적용기한 연장(「조세특례제한법」제5조)

종전	개정
□중소기업 투자금액의 3%를 소득세･법인세에서 세액공제 ∙(대상업종) －제조업, 영상오디오 기록물제작 및 배급업, 관광사업, 출판업, 광고업, 음식점업, 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다) 등 ∙적용기한：2012.12.31.	･적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유

중소기업의 투자활성화를 지원하기 위해 중소기업 투자세액공제 적용기한을 3년간 연장

2. 중소기업 지원세제 대상 업종에 일반도시가스업 추가(「조세특례제한법 시행령」제2조 ①)

• 개정내용

종전	개정
□조세지원✽ 대상 중소기업 업종 ✽중소기업 투자세액공제 등 (단, 중소기업 특별세액감면, 창업중소기업 세액감면 적용대상 업종은 아님) ∙제조업, 광업, 건설업, 물류산업, 출판업, 방송업, 전기통신업, 연구개발업, 전문디자인업 등 41개 업종 <추 가>	∙(좌 동) ∙일반도시가스사업

• 개정이유

지방 중소도시 도시가스 보급 지원

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용

3. 중소기업 지원세제 대상 업종에 사회복지서비스업 추가(「조세특례제한법」제7조, 「조세특례제한법 시행령」제2조)

• 개정내용

종전	개정
□중소기업 지원세제✽ 대상업종 ✽중소기업투자세액공제(41개), 중소기업 특별세액감면(38개), 창업중소기업 세액감면(26개) 등 ∙제조업, 광업, 건설업, 물류산업, 출판업, 방송업, 전기통신업, 연구개발업, 전문디자인업 등 <추 가>	∙(좌 동) ∙사회복지서비스업

• 개정이유

사회복지 서비스업의 창업･투자 및 영업활동을 지원

• 적용시기 및 적용례

2013.1.1. 이후 투자(투자세액공제)･창업(창업중소기업)하거나, 지정(창업보육센터사업자)･확인(창업벤처중소기업)받거나, 개시(중소기업특별세액감면)하는 과세연도 분부터 적용

4. 중소기업 정보화지원사업에 대한 과세특례 적용기한 연장(「조세특례제한법」제5조의 2)

종전	개정
□중소기업정보화지원사업 출연금✽을 다음 설비에 투자한 경우 손금산입 허용(익금불산입) ✽｢중소기업기술혁신촉진법｣, ｢산업기술혁신촉진법｣, ｢정보통신산업 진흥법｣에 따라 지급받는 출연금 －전사적 기업자원 관리설비 －전자상거래설비 －경영 및 유통관리를 전산화하는 소프트웨어 설비 ∙적용기한：2012.12.31.	∙적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유

▪ 정보화를 통한 중소기업의 생산성 향상 유도

5. 창업중소기업 등에 대한 세액감면 확대 등(「조세특례제한법」제6조)
• 개정내용

종전	개정
□창업중소기업 등에 대해 4년간 소득세･법인세 50% 감면 ∙대상 －과밀억제권역 외에서 창업한 중소기업 －창업 후 3년 내 벤처기업으로 확인받은 중소기업 －창업보육센터사업자 －창업 후 3년 내 에너지신기술 중소기업에 해당하는 기업 ∙감면업종：제조업, 건설업, 음식점업 등 <추 가> ∙적용기한：2012.12.31.	□ 감면 기간：4년 → 5년 (종전과 같음) ∙사회복지 서비스업 ∙적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▪ 중소기업･벤처기업 등의 창업을 유도하고, 사회복지 서비스업의 창업･투자 및 영업활동을 지원
• 적용시기 및 적용례
▪ 2013.1.1. 이후 창업(창업중소기업)하거나, 지정(창업보육센터사업자)･확인(창업벤처중소기업)받는 분부터 적용
6. 알뜰주유소 전환시 중소기업 특별세액감면율 확대(「조세특례제한법」제7조)
• 개정내용

종전	개정
□ 중소기업에 대한 특별세액 감면율(소매업의 경우) ∙소기업：10% ∙지방 소재 중기업：5% ※ 수도권 소재 중기업은 감면 없음	∙일반주유소가 알뜰주유소✽로 전환시 2년간✽ 20% 감면(수도권 소재 중기업도 포함) ✽2012년･2013년 발생소득분 ✽한국석유공사와 알뜰주유소 석유제품 공급계약을 체결하고 알뜰 주유소 상표로 영업

• 개정이유
▪ 알뜰주유소의 조기정착과 확산을 통한 유류 가격 안정 도모
• 적용시기 및 적용례
▪ 2013.1.1. 이후 신고하는 과세연도 분부터 적용
Ⅴ. 연구 및 인력개발에 대한 조세특례
1. R&D비용 세액공제의 증가분 산식 조정(「조세특례제한법」제10조)
• 개정내용

종전	개정
□ 증가분방식 R&D 비용 세액공제 ∙증가분 산식：당해 연도 R&D 비용－직전 4년 평균 R&D 비용 ∙공제세액：증가분 × 공제율 중소기업(유예기간 포함) 50% 일반기업 40%	□ 증가분 산식의 조정 ∙증가분 산식：직전 3년 평균 R&D 비용(2013) → 2년 평균(2014) → 직전연도(2015 이후) ∙단, 직전연도 R&D비용이 직전 4년 평균 R&D비용보다 적은 경우 증가분방식 적용 배제

• 개정이유
▪ R&D비용 증가분방식의 세액공제 방식을 합리적으로 조정
• 적용시기 및 적용례
▪ 2013.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용
2. 중견기업에 대한 일반 R&D 비용 세액공제 구간 신설(「조세특례제한법」제10조)
• 개정내용

종전

개정

□ 당기분 방식✽ R&D비용 세액공제
　

구분	공제율(%)
	일반	신성장원천기술
중소기업(유예기간 4년 포함)	25	30
이후 1~3년차	15	20
이후 4~5년차	10
일반기업	3~6**


✽✽3%(기본공제율)＋해당 과세연도의 수입금액에서 R&D 비용이 차지하는 비율×1/2
<중견기업의 범위 신설>d>

□ 중견기업에 대한 별도 공제율 구간 신설
　

구분	공제율(%)
	일반	신성장원천기술
중소기업(유예기간 4년 포함)	25	30
이후 1~3년차	15	20
이후 4~5년차	10
중견기업	8
일반기업	3~6**


･ 중견기업의 범위(아래 ⅰ,ⅱ, ⅲ 요건 모두 충족)
ⅰ)｢조세특례제한법｣상 중소기업 업종을 영위할 것
ⅱ) 상호출자제한기업집단 소속기업이 아닐 것
ⅲ) 직전 3년 평균 매출액 3천억원 미만인 기업일 것
• 개정이유
▪ 중견기업에 대한 R&D 세제지원을 강화
• 적용시기 및 적용례
▪ 2013.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용
3. 신성장동력･원천기술 분야 R&D비용 세액공제 대상기술에 신약연구개발 추가(「조세특례제한법 시행령」별표 7･8)
• 개정내용

종전	개정
□신성장동력･원천기술분야 R&D비용 세액공제 ∙(공제대상) －신성장동력(11개 분야 62개 기술) ✽그린카, 바이오의약품, 신재생에너지 등 <추 가> －원천기술(18개 분야 28개 기술) ✽연료전지･2차전지, 원자력 등 <추 가>	･(좌 동) －백신✽ ✽바이러스나 박테리아에 의한 감염을 방어하기 위한 목적 항원에 대한 기술을 접목한 치료 및 예방목적의 백신 제조 기술 －임상평가 기술✽ ✽임상약리시험 평가기술(임상1상 시험)：신약 후보물질의 초기 안정성, 잠재적 치료효과 추정 등을 위한 평가기술 ✽치료적 탐색 임상평가기술(임상2 시험)：신약 후보물질의 용량 및 투여기간 추정 등을 위한 평가기술 －혁신형 개량신약✽ ✽혁신형 개량신약 개발 및 제조 기술：기존 신약보다 안전성, 유효성, 유용성, 효능 등을 현저히 개선시킨 개량 신약을 개발･제조하는 기술

• 개정이유
▪ 국내 제약기업의 신약연구개발 지원
• 적용시기 및 적용례
▪ 2013.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용
4. 국가 등의 출연금으로 지출한 연구･인력개발비에 대하여 세액공제 배제(「조세특례제한법 시행령」제8조,「조세특례제한법 시랭령」제9조)
• 개정내용

종전	개정
□｢조세특례제한법｣ 제10조의2에서 규정한 법률✽에 따라 지원받은 연구개발 관련 출연금에 대하여 R&D 비용 세액공제 배제 ✽기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률, 산업기술혁신 촉진법, 정보통신산업 진흥법, 중소기업기술혁신 촉진법, 부품･소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법, 대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법, 기초연구진흥 및 기술개발 지원에 관한 법	(좌 동) －｢조세특례제한법｣ 제10조의2에 근거하지 않은 출연금을 지출하는 경우에도 R&D 비용 세액공제 배제

• 개정이유
▪ R&D 비용에 대한 과도한 조세지원을 축소
• 적용시기 및 적용례
▪ 2013.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용
6. 위탁연구개발비의 범위 명확화(「조세특례제한법 시행령」별표6)
• 개정내용

종전	개정
□R&D비용 세액공제 대상 범위 ∙국내외 기업의 전담부서 등에 위탁･재위탁함에 따른 비용	∙(좌 동) －다만, 전담부서 등에 위탁함에 따른 비용은 전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한함

• 개정이유
▪ 비전담부서에서 발생한 R&D 비용은 세액공제 적용 배제
7. 신성장동력 및 원천기술분야 R&D비용 세액공제 적용기한 연장(「조세특례제한법」제10조)
• 개정내용

종전	개정
□신성장동력･원천기술 R&D세액공제(일반 R&D보다 우대 적용) ∙공제율：당해 연도 발생액×20%(중소기업 30%) ∙세액공제 대상 －신성장동력(11개 분야 62개 기술) ✽그린카, 바이오의약품, 신재생에너지 등 －원천기술(18개 분야 28개 기술) ✽연료전지･2차전지, 원자력 등 ∙적용기한：2012.12.31.	∙적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▪ 미래성장동력 확보를 위한 기업투자를 지속적으로 지원
8. R&D 세제지원제도 적용기한 연장(「조세특례제한법」제10조의 2, 「조세특례제한법」제11조,「조세특례제한법」제12조)
• 개정내용

종전	개정
□연구개발 관련 출연금✽ 등의 과세특례 ∙수령시 익금으로 보지 않고, 지출시 손금으로 보지 않음 ✽｢기술개발촉진법｣,｢정보화촉진법｣등 관련법에 따라 지급받는 출연금 □연구 및 인력개발을 위한 설비✽ 투자에 대한 세액공제 ∙투자금액의 10% 소득세･법인세 세액공제 ✽연구시험용 시설, 직업훈련용 시설, 신기술사업화 설비 등 □중소기업의 기술✽취득에 대한 세액공제 ∙기술 취득금액의 7% 소득세･법인세 세액공제 ✽특허권, 실용신안권, 기술비법 등 □(적용기한) 2012.12.31.	□적용기한 3년 연장 □(적용기한) 2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▪ 성장잠재력 확충 지원
9. 연구개발특구 입주기업 세액감면 적용기한 연장(「조세특례제한법」제12의2)
• 개정내용

종전	개정
□ 연구개발특구✽ 입주기업에 대하여 법인세･소득세 3년간 100%, 2년간 50% 감면 ✽대전, 대구, 광주광역시 내에 소재 ∙적용기한：2012.12.31.	∙적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▪ 연구개발특구 조성을 지원
Ⅵ. 투자촉진 및 고용지원을 위한 조세특례
1. 생산성향상시설 투자세액공제 적용기한 연장(「조세특례제한법」제24조)
• 개정내용

종전	개정
□ 생산성향상시설 투자세액공제 ∙시설：공정개선･자동화･정보화시설, 첨단기술시설, 지식관리시스템 등 ∙공제율：3% (중소기업 7%) ∙적용기한：2012.12.31.	∙(좌 동) ∙적용기한：2014.12.31. (2년 연장)

• 개정이유
▪ 첨단기술설비 등 기업의 생산성 향상시설 투자를 지속적으로 지원
2. 안전설비 투자세액공제 적용기한 연장 및 일부시설 공제율 인상(「조세특례제한법」제25조)
• 개정내용

종전	개정
□ 안전설비 등 투자세액공제 ∙시설： －산업재해예방시설, 유통산업합리화시설, 대･중소기업 상생협력시설, 광산보안시설, 위해요 소방지시설 등 －기술유출방지시설 ∙공제율：3% <신 설> ∙적용기간：2012.12.31.	∙공제율：3% －중소기업의 기술유출방지시설 투자：7% ∙적용기간：2014.12.31.(2년 연장)

• 개정이유
• 산재예방 등 안전설비 투자를 지속 유도 • 산업기술 유출로 인한 중소기업의 피해 방지를 위해 기술유출방지시설 적극 투자 유도
• 적용시기 및 적용례
▪ 2013.1.1. 이후 투자하는 분부터 적용
3. 유통산업합리화시설의 범위 명확화(규칙 별표 3)
• 개정내용

종전	개정
□ 유통산업합리화시설의 범위 ∙저온보관고 등 ∙탱크시설 －물품의 보관･저장 및 반출을 위한 탱크시설(지상 또는 지하에 고정설치된 것에 한함)	－반출 → 반입･반출 －탱크시설(지상 또는 지하에 고정설치된 것에 한하고, 탱크시설에 필수적으로 부수되는 배관시설 등을 포함)

• 개정이유
▪ 고용창출투자세액공제 대상이 되는 유통산업합리화시설의 범위를 명확화
4. 에너지절약시설투자 세액공제 대상 확대(규칙 별표 8의3)
• 개정내용

종전	개정
□ 에너지절약시설 투자세액 공제✽대상 시설 ✽투자금액의 10% 세액공제 ∙LED조명, 무정전 전원장치, 프리미엄 전동기 등 <추 가> <추 가>	∙(좌 동) ∙지식경제부장관이 고효율에너지기자재로 인증한 전력저장장치 ∙지경부장관이 대기전력저감우수제품으로 인증한 자동절전제어장치

• 개정이유
▪ 전기절약시설 투자 확대 및 전력 소비절감 유도
• 적용시기 및 적용례
▪ 시행규칙 시행일 이후 투자하는 분부터 적용
5. 환경보전시설투자 세액공제대상 시설 추가(「조세특례제한법 시행령」제22조의 3, 「조세특례제한법 시행규칙」제13조의 3 ③)
• 개정내용

종전	개정
□ 환경보전시설 투자세액공제 ∙공제율：10% ∙적용기한：2013.12.31. ∙대상시설 －대기오염방지시설, 수질오염방지시설, 폐기물처리시설 등 <추 가>	∙대상시설 추가 －온실가스 감축시설 ∙이산화탄소(CO2) 저장, 수송, 전환 및 포집기술 ∙메탄(CH4) 포집, 정제 및 활용기술 ∙아산화질소(N2O) 재사용 및 분해기술 ∙불소화합물(HFCs, PFCs, SF6) 처리, 회수 및 대체물질 제조기술

• 개정이유
▪ 국가 온실가스 감축목표 달성 및 저탄소 녹색성장을 지원
• 적용시기 및 적용례
▪ 시행령 시행 후 투자하는 분부터 적용
6. 고용창출투자세액공제의 합리적 개선(「조세특례제한법」제26조)
• 개정내용

종전

개정

∙투자세액 공제율

구분	일반기업		중소기업
	수도권 내	수도권 밖
기본공제 *(고용감소시배제)	3%	4%	4%
추가공제*(고용증가비례)	2%	2%	3%
합계	5%	6%	7%


※ 1) 기본공제：전년대비 고용유지기업에 대해 3%~4%의 공제율 적용
2) 추가공제한도：마이스터고 2천만원, 청년 1,500만원, 기타 1천만원　

∙공제율 조정

구분	일반기업		중소기업
	수도권 내	수도권 밖
기본공제	2%	3%	4%
	고용감소시 배제		허용 *
추가공제*(고용증가비례)	3%	3%	3%
합계	5%	6%	7%


※ 1) 기본공제：중소기업에 한해 고용감소시에도 투자금액에 기본공제율을 곱한 금액에서 감소인원당 1,000만원 공제금액 축소
2) (종전 유지)　
• 개정이유
• 일반기업에 대해 기본공제율은 인하하고 고용증가와 관련 있는 추가공제율은 인상하여 일자리창출효과 제고
• 대기업 등 일반기업이 고용을 감소시킨 경우에는 현행과 같이 기본공제를 배제하여 일자리 창출기능 강화하되, 중소기업의 경우는 고용감소 인원수에 따라 기본공제를 축소하여 1명이라도 고용이 감소한 경우 기본공제 전액을 공제받지 못하는 불합리 해소
• 적용시기 및 적용례
▫ 2013.1.1. 이후 투자하는 분부터 적용
7. 고용창출투자 세액공제 적용대상 업종 확대(「조세특례제한법 시행령」제23조)
• 개정내용

종전	개정
□ 고용창출투자세액공제대상 업종 ∙대상 업종 (총 32개 업종) －농업, 축산업, 어업, 광업, 제조업, 하수･폐기물처리(재활용 포함)･원료재생 및 환경복원업 등 <추 가>	∙대상 업종 확대 (15개) ∙자료처리, 호스팅 및 관련 서비스업, 포털 및 기타 인터넷 정보매개 서비스업, 그외 기타 정보서비스업 ∙시장조사 및 여론조사업, 그외 기타 전문, 과학 및 기술 서비스업, 사업시설 유지관리 서비스업, 건물 및 산업설비 청소업, 조경 관리 및 유지 서비스업, 인력공급 및 고용알선업, 경비 및 경호 서비스업, 보안시스템 서비스업, 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 전시 및 행사 대행업 ∙사회복지 서비스업 ∙｢도시가스사업법｣ 제2조 제4호에 따른 일반도시가스사업

• 개정이유
지역주민 에너지비용 부담 경감 및 서비스산업 육성을 통한 일자리 창출 지원
• 적용시기
▫2013.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용
8. 고용창출투자 추가세액공제시 우대되는 청년근로자의 범위 확대(「조세특례제한법 시행령」제23조)
• 개정내용

종전	개정
□ 추가공제대상 청년근로자 범위 ∙15세 이상~29세 이하인 자	□ 청년근로자 범위 확대 ∙15세 이상~[29세 ＋ 군 복무기간(최대 6년)]

• 개정이유
▫ 군 복무에 따른 불이익이 없도록 추가공제시 우대되는 청년근로자 연령기준에 군 복무기간 합산
• 적용시기
▫ 2013.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용
9. 합병･분할 등의 경우 상시근로자 수 산정방법 명확화(「조세특례제한법 시행령」제23조 ⑩ 3호, 「조세특례제한법 시행령」제27조의4 ⑥ 3호)
• 개정내용

종전	개정
□증감된 상시근로자 수 산정시 직전연도 상시근로자 수 ∙창업：0 ∙법인전환, 폐업 후 재개업：종전사업의 직전연도 상시근로자 수 ∙합병･분할･현물출자 또는 사업의 양수 등 －종전사업을 승계한 기업：직전연도 상시근로자 수＋승계받은 상시근로자 수 <신 설>	－종전사업을 승계시킨 기업：직전연도 상시근로자 수－승계시킨 상시근로자 수

• 개정이유
▫ 합병･분할 등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우에는 상시근로자를 승계시킨 기업의 경우에도 상시근로자 수에 증감이 없음을 명확화


10. 산업수요맞춤형고등학교 등 졸업자를 병역 이행 후 복직시킨 중소기업에 대한 세액공제 신설(「조세특례제한법」제29조의 2)
• 개정내용

종전	개정
<신 설>	□ 특성화고 등 졸업자를 군 전역후 복직시킨 중소기업에 대한 세액공제 ∙(공제신청자) 중소기업 ∙(고용･복직자) －(고용) 특성화고, 산업수요맞춤형고(마이스터고), 직업과정 위탁교육 일반고등학교 졸업일부터 2년이 경과하지 아닌한 자를 고용 －(복직) 상기 고용된 자가 군 등 병역✽ 이행 후 1년 이내에 복직 ✽｢병역법｣에 따른 현역병 및 공익근무요원, ｢군인사법｣에 따른 장교･준사관 및 부사관 ∙(세액공제) 복직 후 2년간 지급한 인건비✽의 10% ✽근로대가로 해당 근로자에게 지급되는 비용(퇴직소득 및 퇴직급여충당금 제외) ∙(적용기한) 2017.12.31.(3년) ※ 고용창출투자세액공제, R&D비용세액공제, 사회보험료 세액공제와 중복 적용 가능

• 개정이유
▫ 군 전역 후 복직시키는 중소기업을 지원함으로써 군 미필 특성화고 등 졸업자의 취업을 지원
• 적용시기
▫ 2013.1.1. 이후 복직시키는 분부터 적용
11. 고용유지 중소기업 등에 대한 과세특례 적용기한 연장(「조세특례제한법」제30의3)
• 개정내용

종전	개정
□고용유지 중소기업✽ ✽매출액 또는 생산량 10% 이상 감소 또는 재고량 50% 이상 증가 중소기업 ∙임금삭감액의 50%를 소득공제 □ 소속 근로자 ∙임금총액 감소분의 50%를 소득공제 □적용기한：2012.12.31.	□ 적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▫ 경영상 어려움에도 일자리 나누기(Job－sharing)를 통해 고용을 유지하는 중소기업 및 소속 근로자를 지속 지원
Ⅶ. 기타 조세특례
1. 사업전환･무역조정기업에 대한 세액감면 적용기한 연장(「조세특례제한법」제33조의 2)
• 개정내용

종전	개정
□ 사업전환 중소기업✽ 및 무역조정기업✽✽에 대한 세액감면 ✽5년 이상 영위한 업종을 수도권 과밀억제권역 밖에서 다른 지원업종으로 전환 ✽✽FTA피해업종을 다른 지원업종으로 전환 ∙소득세･법인세 4년간 50% 세액감면 ∙적용기한：2012.12.31.	□ 적용기한 3년 연장 ∙적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▫ 중소기업 및 무역조정기업의 사업전환을 지원
2. 농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면 적용기한 연장(「조세특례제한법」제64조)
• 개정내용

종전	개정
□ 농공단지 입주기업 등✽에 대하여 법인세･소득세 4년간 50% 감면 ✽인구 20만 이상인 시지역 외의 지역에 소재하는 농공단지, 개발촉진지구, 지방중소기업특별지원지역에 입주하는 기업 ∙적용기한：2012.12.31.	∙적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▫ 지역경제 활성화를 통한 고용창출을 지원
3. 사회적 기업 및 장애인 표준사업장에 대한 세액감면 확대(「조세특례제한법」제85조의 6)
• 개정내용

종전	개정
□ 사회적기업 및 장애인 표준사업장에 대해 4년간 소득세･법인세 50% 감면 ✽사회적기업：취약계층에게 사회서비스 또는 일자리를 제공하는 등 사회적 목적을 추구하면서 영업활동을 수행하는 기업 ✽✽장애인표준사업장：장애인수 10인 이상(고용비율 30% 이상), 중증장애인 고용 등의 기준을 갖춘 사업장	□ 감면 확대 ∙4년간 50% → 5년간 50%

• 개정이유
▫ 장애인 및 취약계층의 일자리창출 지원
• 적용시기
▫ 2013.1.1. 이후 인증받은 사회적기업 및 인정받은 장애인 표준사업장부터 적용
4. 근로자 복지증진시설 투자세액공제 적용기한 연장(「조세특례제한법」제94조)
• 개정내용

종전	개정
□ 근로자 복지증진시설 투자세액공제 ∙시설：종업원용 기숙사 무주택 종업원용 임대국민주택 직장어린이집, 장애인･노인･임산부 편의증진시설, 종업원용 휴게실･체력단련실 등 ∙공제율：7%✽ ✽지방 미분양 기숙사･임대주택과 직장 어린이집：10% ∙적용기한：2012.12.31.	∙적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▫ 주거 안정 및 근무 환경 개선을 위한 근로자 복지증진시설투자 유도
5. 산림개발소득에 대한 세액감면 적용기한 연장(「조세특례제한법」제102조)
• 개정내용

종전	개정
□ 산림개발소득에 대한 세액감면 ∙감면대상 소득：산림경영계획, 특수산림사업지구사업✽에 의한 산림, 채종림, 산림보호구역 산림을 10년 이상 조림한 후 벌채･양도한 소득 ✽산림자원의 조림 및 관리에 관한 법률 ∙감면액：벌채, 양도소득의 50% 소득세･법인세 감면 ∙적용기한：2012.12.31.	□ 적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▫ 산림의 공익적 가치 증진 및 저탄소･녹색성장을 지원
6. 제3자물류비용 세액공제 적용기한 연장 (「조세특례제한법」제104조의 14)
• 개정내용

종전	개정
□ 제3자물류비용 세액공제 ∙공제대상：‘① 또는 ②’ ① 직전연도 대비 제3자 물류비용 증가분 ② 당해 연도 제3자 물류비중이 30% 초과시 그 30% 초과분 ∙공제율：3% ∙적용기한：2012.12.31.	□ 적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▫ 전문물류기업 육성을 통한 물류비 절감 지원
7. R&D시설 기부에 대한 세액공제대상 학교 추가(「조세특례제한법」제104조의 18)
• 개정내용

종전	개정
□ R&D시설✽의 학교 기부에 대한 세액공제✽✽ ✽연구･시험용시설, 직업훈련용시설 ✽✽기부금액의 10% 세액공제 ∙기부받는 학교의 범위 －대학교 <추 가>	－｢초중등교육법｣에 따른 산업수요맞춤형고등학교 등✽ ✽특성화고, 마이스터고 등

• 개정이유
▫ 특성화고 등의 직업훈련시설 확충을 지원
• 적용시기
▫ 2013.1.1. 이후 시설을 기부하는 분부터 적용
8. 해외진출기업의 국내복귀에 대한 세제지원 확대 (「조세특례제한법」제104의24, 법 118의2, 「조세특례제한법 시행령」제104의21, 「조세특례제한법 시행령」제115의2)
• 1) 해외사업장 유지방식 추가 및 해외사업장 철수기한 연장

종전	개정
□ 해외사업장 철수방식에 대한 세액감면 ∙감면요건 (ⓐ 또는 ⓑ) ⓐ (先복귀－後폐쇄) 국내사업장 개설 후 2년 이내 해외사업장 양도･폐쇄 ⓑ (先폐쇄－後복귀) 해외사업장 양도 －폐쇄 후 1년 내 국내사업장 개설 ∙세액감면 －소득세･법인세：5년간 100%, 그 후 2년간 50% <추 가> <신 설> □ (적용기한) 2012.12.31.	ⓐ 해외사업장 철수기한 연장(2년 → 4년) ⓑ (좌 동) －관세：중소기업의 자본재 수입에 대해 5년간 100%감면 □ 해외사업장 유지방식✽에 대한 세액감면 ✽부분매각, 생산물량 감축 등 ∙(감면요건) 국내생산시설이 없는 해외진출 중소기업일 것 ∙(세액감면) －소득세･법인세：3년간 100%, 그 후 2년간 50% －관세：자본재 수입에 대해 5년간 50% 감면 □ (적용기한) 2015.12.31.(3년 연장))

• 개정이유
▫ 해외사업장의 국내 복귀를 통한 국내 투자 활성화 및 일자리 창출 지원
• 적용시기
▫ 2013.1.1. 이후 국내에서 창업하거나 사업장을 신설하는 분부터 적용
• 2) 국내복귀대상 사업자의 범위(「조세특례제한법 시행령」제104조의 21)

종전	개정
□ 국내복귀대상 사업자 ∙내국인	□ 사업자의 범위 조정 ∙해외사업장을 소유하거나 실질적으로 지배하고 있는 대한민국 국민(재외동포 포함) 또는 내국법인(외국인투자기업 포함)

• 적용시기
▫ 2013.1.1. 이후 국내에서 창업하거나 사업장을 신설하는 분부터 적용
• 3) 국내복귀기업에 대한 관세감면 기준 등 신설(「조세특례제한법 시행령」제115조의 2 신설)

종전	개정
<신 설>	□ 국내복귀기업의 관세감면 대상 기준 등 규정 ∙감면대상 자본재 －｢외국인투자 촉진법｣에 따른 자본재 －국내복귀기업 선정 후 5년이내 수입되는 자본재 ∙추징 기준, 감면신청 절차 등

• 개정이유
▫ 영 시행일 이후 수입신고 하는 분부터 적용
9. 석유제품 전자상거래 세액공제율 인상(「조세특례제한법」제104조의 25)
• 개정내용

종전	개정
□ 석유제품 전자상거래✽ 세액공제 ✽다수의 판매자(정유사 등)와 수요자(대리점, 주유소 등)가 석유제품을 거래하는 한국거래소 온라인 사이트 ∙공제대상자：전자상거래 사이트를 통한 석유제품(휘발유, 경유, 등유 등) 공급자 ∙공제율：공급가액의 0.3%(산출세액의 10% 한도) ∙적용기한：2013.12.31.	∙공제율 인상(0.3% → 0.5%)

• 개정이유
▫ 석유제품 경쟁촉진 및 거래투명성 제고
• 적용시기
▫ 2013.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용
10. 제주개발 관련 입주기업 세액감면 적용기한 연장(「조세특례제한법」제121조의 8, 「조세특례제한법」제121조의 9)
• 개정내용

종전	개정
□ 제주첨단과학기술단지✽ 입주기업에 대하여 법인세･소득세 3년간 100%, 2년간 50% 감면 ✽제주특별자치도에 생물산업 등 첨단지식산업의 육성을 위하여 조성된 국가산업단지 □ 제주투자진흥지구✽ 및 제주자유무역지역 입주기업에 대하여 법인세･소득세 3년간 100%, 2년간 50% 감면 ✽관광산업 등의 투자를 유치하기 위하여 제주도 내에 지정된 투자진흥지구 ∙적용기한：2012.12.31.	∙적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▫ 제주첨단과학기술단지･제주투자진흥지구･제주자유무역지역 조성 지원
11. 아시아문화중심도시 입주기업 세액감면 적용기한 연장(「조세특례제한법」제121조의 20)
• 개정내용

종전	개정
□ 아시아문화중심도시✽ 입주기업에 대하여 법인세･소득세 3년간 100%, 2년간 50% 감면 ✽아시아 문화의 연구 등 일련의 활동이 보장되도록 국가적 지원의 특례가 실시되는 도시(광주시 지정) ∙적용기한：2012.12.31.	∙적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▫ 아시아문화중심도시 조성을 지원
12. 금융중심지 입주기업 세액감면 적용기한 연장(「조세특례제한법」제121조의 21)
• 개정내용

종전	개정
□ 금융중심지✽ 창업기업에 대하여 법인세･소득세 3년간 100%, 2년간 50% 감면 ✽국제금융허브 조성을 위해 국가적 지원이 실시되는 곳으로 금융위가 지정하는 지역(부산 문현동) ∙적용기한：2012.12.31.	∙적용기한：2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유
▫ 금융중심지 조성을 지원
9. 13. 기업도시 등 지역개발 세액감면 대상지역 추가(「조세특례제한법」제121조의 17)
• 개정내용

종전	개정
□ 기업도시 등 지역개발을 위한 세액감면 ∙대상지역 －기업도시 －신발전지역 <추 가> ∙감면내용：소득세･법인세를 3년간 100%, 2년간 50% 감면	－2012 여수Expo 조성사업구역 ∙(좌 동)

• 개정이유
▫ 2012 여수세계박람회 개최 시설 등의 사후활용을 지원
• 적용시기
▫ 2013.1.1. 이후 창업하거나 사업장을 신설하는 분부터 적용
14. 기업도시･신발전지역 창업기업에 대한 세액감면 적용기한 연장 등(「조세특례제한법」제121조의 17, 법률 제9921호 부칙 78)
• 개정내용

종전	개정
□ 기업도시 입주기업 세액감면 ∙적용기한：2012.12.31. ∙입주기업 경과조치✽ ✽2012.12.31.까지 입주협약이나 양해각서를 체결한 기업이 2014년말까지 입주시 세액감	∙적용기한：2015.12.31.(3년 연장) ∙입주협약･양해각서 체결시기에 대한 경과조치 기한 1년 연장(2012.12.31. → 2013.12.31) －다만, 2013년에는 수도권 기업이 입주협약이나 양해각서를 체결하는 경우로 한정

• 개정이유
▫ 기업도시 조성지원
15. 세액감면과 세액공제간 중복지원 배제 기준 명확화(「조세특례제한법」제127조 ⑩)
• 개정내용

종전	개정
□ 세액감면과 세액공제간 중복지원의 배제 ∙세액감면과 세액공제 요건을 둘 다 충족하는 경우에는 그 중 하나만 선택 적용	∙사업장을 구분하여 세액감면과 세액공제를 각각 적용하는 경우 중복지원에 해당하지 않음을 명확화

• 개정이유
▫ 사업장 구분경리시의 중복지원 배제기준을 명확화 ✽기획재정부 유권해석을 법령에 반영(조세특례제도과－284, 2010.3.23.)
16. 법인･개인사업자의 최저한세율 조정(「조세특례제한법」제132조)
• 개정내용

종전	개정
∙일반법인 최저한세율 100억원 이하 10% 100억원~1,000억원 11% 1,000억원 초과 14% ∙중소법인：7% －유예기간 이후 1~3년간：8% －그 후 2년간：9% ∙개인 사업소득자 최저한세율 －감면 전 산출세액의 35%	∙일반법인 최저한세율 조정 100억원 이하 10% 100억원~1,000억원 12% 1,000억원 초과 16% ∙(좌 동) ∙개인 사업소득자 최저한세율 －감면 전 산출세액 3천만원 이하분：현행과 같음 －감면 전 산출세액 3천만원 초과분：45%

• 개정이유
▫ 납부여력이 있는 대기업 등의 과도한 비과세･감면 혜택 축소
• 적용시기
▫2013.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용
17. 조세지출에 대한 성과관리 강화(「조세특례제한법」제142조,「조세특례제한법」제142조의 2)
• 개정내용

종전	개정
□ 조세지출예산서 ∙근거법규：｢국가재정법｣ <추 가> □ 기획재정부는 ｢조세특례 및 제한에 관한 기본계획｣을 작성하여 각 부처에 통보(3.31.까지) <추 가> □ 각 부처는 조세감면 건의서 및 평가서를 작성하여 매년 5.31.까지 기획재정부장관에게 제출 □ 조세감면평가서✽ 내실화 <추 가> ✽적용기한 종료대상, 시행 후 2년 미경과, 감면확대 사항 등 <신 설>	∙｢조세특례제한법｣상 근거마련 －소관부처, 정책목표, 목표달성도, 세출예산과의 연계내용 등 성과정보 추가 ∙기본계획을 국무회의에 보고 □ 제출기한 단축 ∙5.31. → 4.30. ∙각 부처의 조세감면평가시 전담기관 등에서 작성지원 및 평가 검증 □ 주요 조세지출 항목에 대한 종합평가 실시 ∙전담기관 등에 조사･연구 위탁

• 개정이유
▫ 조세지출 성과관리 제도 도입
• 적용시기
▫2013.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용
18. 조세지출 종합평가 대상 및 조세지출예산서 작성방법(「조세특례제한법 시행령」제135조, 「조세특례제한법 시행령」제135조의 2)
• 개정내용

종전	개정
<신 설> <신 설>	□ 조세지출 종합평가 대상 (i) 분야별로 일괄하여 평가가 필요한 사항 (ⅱ) 향후 지속적 감면액 증가가 예상되어 객관적 검증을 통해 조세지출 효율화가 필요한 사항 (ⅲ) 그 밖에 기획재정부장관이 심층적인 분석･평가가 필요하다고 인정하는 사항 □ 조세지출예산서 세부작성사항 ∙작성 내용 및 자료제출 요청대상 기관 등 ※ 조세지출예산서 근거법규 이관(국가재정법→조세특례제한법)에 따른 위임규정 이관

• 개정이유
▫ 조세지출 성과관리 신설에 따른 종합평가 대상 규정 및 조세지출예산서 작성방법 상세화
• 적용시기
▫ 영 시행일 이후부터 적용

[박정규 세무사]

박회계사님! 고생많으셨습니다 ^^